Job Description P24240 Confidence 99.53% Date Thu Jan 5 11:41:32 GMT 2012 Rank 94 Aligned Residues 244 % Identity 18% Template d1yq2a5 SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases beta-glycanases Resolution 1.90

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		71	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																																.	.
Query SS confidence																																																																																.	.
Query Sequence		H	R	Y	K	E	D	I	A	L	M	A	E	M	G	F	K	V	F	R	T	S	I	A	W	S	R	L	F	P	Q	G	D	E	I	T	P	N	Q	Q	G	I	A	F	Y	R	S	V	F	E	E	C	K	K	Y	G	I	E	P	L	V	T	L	C	H	F	D	V	P	M	H	L	V	T	E	Y	G	S	W	.	.
Query Conservation																																																																																.	.
Alig confidence																								.	.	.	.	.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.				.	.
Template Conservation																								.	.	.	.	.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.
Template Sequence		A	G	A	R	E	D	L	A	L	M	K	R	F	N	V	N	A	I	R	T	S	H	.	.	.	.	.	Y	P	P	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	R	L	L	D	L	A	D	E	M	G	F	W	V	I	L	E	C	D	L	E	T	H	G	F	E	A	.	.	.	.	G	G	W	V	E
Template Known Secondary structure														T	T							T	T	.	.	.	.	.	S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											T								S				G	G	G	T	T	.	.	.	.	T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.
Template SS confidence
		348	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.						370	.	.	.														.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400					.	.	.	.	.
					149	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.			.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.																								.	.
Query SS confidence		.	.	.																								.	.
Query Sequence		.	.	.	R	N	R	K	L	V	E	F	F	S	R	Y	A	R	T	C	F	E	A	F	D	G	L	.	.	V	K	Y	W	L	T	F	N	E	I	N	I	M	L	H	S	P	F	S	G	A	G	L	V	F	E	E	G	E	N	Q	D	Q	V	K	Y	Q	A	A	H	H	Q	L	V	A	S	A	L	A	T	K	I
Query Conservation		.	.	.																								.	.
Alig confidence		.	.	.																								.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	P	S	D	V	P	A	W	R	D	A	L	V	D	R	M	E	R	T	V	E	R	D	K	N	H	P	S	I	V	M	W	S	L	G	N	E	S	G	T	G	S	N	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	A	M	A	A	W
Template Known Secondary structure			G	G	G		G	G	G																T	T		T	T								S	S								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		406	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															450	.	.	.	.	.
		224	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	H	E	V	N	P	Q	N	Q	V	G	C	M	L	A	G	G	N	F	Y	P	Y	S	C	K	P	E	D	V	W	A	A	L	E	K	D	R	E	N	L	F	F	I	D	V	Q	A	R	G	T	Y	P	A	Y	S	A	R	V	F	R	E	K	G	V	T	I	N	K	A	P	G	D	D	E	I	L	K	N	T	V
Query Conservation
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	H	A	R	D	S	S	R	P	V	H	Y	E	G	D	Y	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	A	Y	T
Template Known Secondary structure							T	T	S					T	T		T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	S
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		456	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.																																																												.	.	.	.
		304	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	F	V	S	F	S	Y	Y	A	S	R	C	A	S	A	E	M	N	A	N	N	S	S	A	A	N	V	V	K	S	L	R	N	P	Y	L	Q	V	S	D	W	G	W	G	I	D	P	L	G	L	R	I	T	M	N	M	M	Y	D	R	Y	Q	K	P	L	F	L	V	E	N	G	L	G	A	K	D	E	F	A	A
Query Conservation
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	V	Y	S	R	M	Y	S	S	I	P	E	T	D	S	I	G	R	N	D	S	H	A	L	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	G	C	D	S	A	E	S	A	R	Q	R	T	K	P	F	I	L	C	E	Y	V	H	A	M	G	N	G	P	G	A
Template Known Secondary structure		S	S					S												S	S						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T										T	T	S								S				S	S
Template Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		477	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.
		384	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440											.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	G	E	I	N	D	D	Y	R	I	S	Y	L	R	E	H	I	R	A	M	G	E	A	I	A	D	G	I	P	L	M	G	Y	T	T	W	G	C	I	D	L	V	S	A	S	T	G	E	M	S	K	R	Y	G	F	V	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	D	R	D	D	A	G	N	G	T	L	T	R
Query Conservation																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	D	Q	Y	E	A	L	V	D	K	Y	P	R	L	H	G	G	F	V	W	E	W	R	D	H	G	I	R	T	R	T	.	A	E	G	M	E	F	F	A	Y	G	G	D	F	G	E	V	V	H	D	S	N	F	V	M	D	G	M	V	L	S	D	S
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												T	T							S		S	B									.	T	T								T	T	T	T			S	S			G	G	G	G				S	B		T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.
Template SS confidence
																		533	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.		.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.
		454	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	R	K	K	S	F	W	W	Y	K	K	V	I
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		T	P	T	P	G	L	Y	E	F	K	Q	I	V
Template Known Secondary structure			B											T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		596	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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