Job Description P24240 Confidence 99.02% Date Thu Jan 5 11:41:32 GMT 2012 Rank 110 Aligned Residues 289 % Identity 16% Template c2w62A_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:glycolipid-anchored surface protein 2; PDBTitle: saccharomyces cerevisiae gas2p in complex with2 laminaripentaose Resolution 1.85 Å

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		36	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	P	H	G	E	H	R	M	A	V	K	L	G	L	E	K	R	F	Q	L	R	D	D	E	F	Y	P	S	H	E	A	T	D	F	Y	H	R	Y	K	E	D	I	A	L	M	A	E	M	G	F	K	V	F	R	T	S	I	A	W	S	R	L	F	P	Q	G	D	E	I	T	P	N	Q	Q	G	I	A	F	Y	R
Query Conservation
Alig confidence																																																									.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																									.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	D	S	E	S	G	E	Q	F	F	I	K	G	I	A	Y	Q	L	Q	R	S	G	A	F	E	T	S	Y	I	D	A	L	A	D	P	K	I	C	L	R	D	I	P	F	L	K	M	L	G	V	N	T	L	R	V	.	.	.	.	Y	A	I	D	P	T	K	S	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D
Template Known Secondary structure				T	T	T			B																S	S		S	S			G	G	G																T		S					.	.	.	.	S				T	T	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																									.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		44	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.					.	100	.	.	.	.	.	.	.												.
		116	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.			.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																										.	.
Query SS confidence																																																										.	.
Query Sequence		S	V	F	E	E	C	K	K	Y	G	I	E	P	L	V	T	L	C	H	F	D	V	P	M	H	L	V	T	E	Y	G	S	W	R	N	R	K	L	V	E	F	F	S	R	Y	A	R	T	C	F	E	A	F	D	G	L	.	.	V	K	Y	W	L	T	F	N	E	I	N	I	M	L	H	S	P	F	S	G	A	G
Query Conservation																																																										.	.
Alig confidence																							.	.	.	.	.	.	.																													.	.																						.
Template Conservation																							.	.	.	.	.	.	.																																																				.
Template Sequence		I	C	M	E	A	L	S	A	E	G	M	Y	V	L	L	D	L	S	E	P	D	.	.	.	.	.	.	.	I	S	I	N	R	E	N	P	S	W	D	V	H	I	F	E	R	Y	K	S	V	I	D	A	M	S	S	F	P	N	L	L	G	Y	F	A	G	N	E	V	T	N	D	H	T	N	T	F	A	S	P	.
Template Known Secondary structure										T	T							S		B	T	T	.	.	.	.	.	.	.	B	S			T	T	S																			T	T		T	T									S	S	S		S	T	T		G	G	G			.
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.																																																				.
Template SS confidence
		117	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.								.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.
		194	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	V	F	E	E	G	E	N	Q	D	Q	V	K	Y	Q	A	A	H	H	Q	L	V	A	S	A	L	A	T	K	I	A	H	E	V	N	P	Q	N	Q	V	G	C	M	L	A	G	G	N	F	Y	P	Y	S	C	K	P	E	D	V	W	A	A	L	E	K	D	R	E	N	L	F	F	I	D	V	Q	A	R	G	T
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	V	K	A	A	I	R	D	A	K	E	Y	I	S	H	S	N	H	R	K	I	P	V	G	Y	S	T	N	D	D	A	M	T	R	D	N	L	A	R	Y	F	V	C	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																S	S	S													T	T	T								T	T	B	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																					189	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.
		274	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	P	A	Y	S	A	R	V	F	R	E	K	G	V	T	I	N	K	A	P	G	D	D	E	I	L	K	N	T	V	D	F	V	S	F	S	Y	Y	A	S	R	C	A	S	A	E	M	N	A	N	N	S	S	A	A	N	V	V	K	S	L	R	N	P	Y	L	Q	V	S	D	W	G	W	G	I	D	P	L	G	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	V	K	A	D	F	Y	G	I	N	M	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	W	C	G	Y	S	T	.	.	.	.	Y	G	T	S	G	Y
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T				S								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S	S			.	.	.	.					S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.
Template SS confidence
																												233	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	250	.					.	.	.	.	.	.
		354	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	I	T	M	N	M	M	Y	D	R	Y	Q	K	P	L	F	L	V	E	N	G	L	G	A	K	D	E	F	A	A	N	G	E	I	N	D	D	Y	R	I	S	Y	L	R	E	H	I	R	A	M	G	E	A	I	A	D	G	I	P	L	M	G	Y	T	T	W	G	C	I	D	L	V	S	A	S	T	G	E	M	S
Query Conservation
Alig confidence											.																		.	.	.	.	.	.	.												.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.
Template Conservation											.																		.	.	.	.	.	.	.												.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.
Template Sequence		R	E	R	T	K	E	F	E	G	.	Y	P	I	P	V	F	F	S	E	F	G	C	N	L	V	R	P	.	.	.	.	.	.	.	R	P	F	T	E	V	S	A	L	Y	G	.	.	N	K	M	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	W	S	G	G	L	A	Y	M	Y	F	E	E	.	.	E
Template Known Secondary structure									T	T	.		S	S											S	S	S	S	.	.	.	.	.	.	.				T						T	S	.	.					T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T							S		S	B			.	.	S
Template Predicted Secondary structure											.																		.	.	.	.	.	.	.												.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.
Template SS confidence
		258	.	260	.	.	.	.	.	.		.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.								.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.			.	.	.	.	.													300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.			.
		434	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	R	Y	G	F	V	F	V	D	R	D	D	A	G	N	G	T	L	T	R	T	R	K	K	S	F	W	W	Y	K	K	V	I	A	S
Query Conservation
Alig confidence														.	.	.	.	.	.
Template Conservation														.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	E	Y	G	V	V	K	I	N	D	N	D	.	.	.	.	.	.	G	V	D	I	L	P	D	F	K	N	L	K	K	E	F	A	K
Template Known Secondary structure		S	S			S					T	T	S	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		314	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.							.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
© Structural Bioinformatics Group, Imperial College, London Lawrence Kelley, Benjamin Jefferys   Disclaimer Terms and Conditions