Job Description P11875 Confidence 99.91% Date Thu Jan 5 11:32:57 GMT 2012 Rank 37 Aligned Residues 328 % Identity 16% Template c3afhA_ PDB info PDB header:ligase Chain: A: PDB Molecule:glutamyl-trna synthetase 2; PDBTitle: crystal structure of thermotoga maritima nondiscriminating glutamyl-2 trna synthetase in complex with a glutamyl-amp analog Resolution 2.00 Å

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		122	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	N	V	A	K	E	M	H	V	G	H	L	R	S	T	I	I	G	D	A	A	V	R	T	L	E	F	L	G	H	K	V	I	R	A	N	H	V	G	D	W	G	T	Q	F	G	M	L	I	A	W	L	E	K	Q	Q	Q	E	N	A	G	E	M	E	L	A	D	L	E	G	F	Y	R	D	A	K	K	H	Y	D
Query Conservation
Alig confidence																									.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																									.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	S	P	T	G	H	L	H	V	G	G	A	R	T	A	L	F	N	W	M	F	A	R	.	.	.	.	.	K	E	G	G	K	F	I	L	R	I	E	D	T	D	T	E	R	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure					S	S	S		B																.	.	.	.	.			T							B					T	T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		31	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.						.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.
		202	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.								.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																									.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																									.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	D	E	E	F	A	E	R	A	R	N	Y	V	V	K	L	Q	S	G	D	E	Y	F	R	E	M	W	R	K	L	V	D	I	T	M	T	Q	N	Q	I	T	Y	D	R	L	N	V	T	L	T	R	D	D	V	M	.	.	.	.	.	.	.	G	E	S	L	Y	N	P	M	L	P	G	I	V	A	D	L	K	A
Query Conservation																																																									.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	E	Y	E	Q	Q	I	L	E	S	L	R	W	C	G	L	D	W	D	E	G	P	D	I	G	G	D	F	G	P	Y	R	Q	S	E	R	L	E	I	Y	R	E	Y	A	E	K	L	V	E
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														T	T				S	B	B	T	T	T	B		T	T				B	G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																	73	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.
		275	.	.	.	.	280																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.				290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.
Query SS confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.
Query Sequence		K	G	L	A	V	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	E	G	A	T	V	V	F	L	.	.	.	D	E	F	K	N	K	E	G	E	P	M	G	V	I	I	Q	K	K	D	G	G	Y	L	Y	T	T	T
Query Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	K	R	A	Y	Y	V	V	Y	D	K	E	D	P	S	K	E	L	F	T	T	Y	E	Y	P	H	E	Y	K	E	K	G	H	P	V	T	I	K	F	K	V	L	P	G	K	T	S	F	E	D	L	L	K	G	Y	M	E	F	D	N	S	T	L	E	D	F	I	I	M	K	S	N	G	F	P	T	Y	N	F	A
Template Known Secondary structure		T	T	S								S	S	S	T	T	S						S	S								T	T											S	S							T	T	T							G	G	G	S								T	T	S		B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		122	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.
		317	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	I	A	C	A	K	Y	R	Y	E	T	L	H	A	D	R	V	L	Y	Y	I	D	S	R	Q	H	Q	H	L	M	Q	A	W	A	I	V	R	K	A	G	Y	V	P	E	S	V	P	L	E	H	H	M	F	G	M	M	L	G	K	D	G	K	P	F	K	T	R	A	G	G	T	V	K	L	A	D	L	L	D	E
Query Conservation
Alig confidence					.	.	.	.													.	.																						.	.										.	.
Template Conservation					.	.	.	.													.	.																						.	.										.	.
Template Sequence		V	V	V	.	.	.	.	D	D	H	L	M	R	I	S	H	V	F	R	.	.	G	E	D	H	L	S	N	T	P	K	Q	L	M	I	Y	E	A	F	G	W	E	.	.	A	P	V	F	M	H	I	P	L	.	.	I	L	G	S	D	R	T	P	L	S	K	R	H	G	A	T	S	V	E	H	F	R	R	E	G
Template Known Secondary structure					.	.	.	.					T	T		S					.	.		G	G	G	G	G	G												T			.	.										.	.				T	T	S	S	B			T	T	T	S			B								T
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.													.	.																						.	.										.	.
Template SS confidence
		202	.	.					.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.			.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.			.	.	240	.	.	.	.	.	.			.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.
		397	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.			460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																	.	.
Query SS confidence																																																																	.	.
Query Sequence		A	L	E	R	A	R	R	L	V	A	E	K	N	P	D	M	P	A	D	E	L	E	K	L	A	N	A	V	G	I	G	A	V	K	Y	A	D	L	S	K	N	R	T	T	D	Y	I	F	D	W	D	N	M	L	A	F	E	G	N	T	A	P	Y	.	.	M	Q	Y	A	Y	T	R	V	L	S	V	F	R	K	A
Query Conservation																																																																	.	.
Alig confidence																														.	.	.	.																																.	.
Template Conservation																														.	.	.	.
Template Sequence		I	L	S	R	A	L	M	N	Y	L	A	L	L	G	W	R	V	E	G	D	E	I	F	T	I	E	E	K	.	.	.	.	L	Q	S	F	D	P	K	D	I	S	N	K	G	V	I	F	D	Y	Q	K	L	E	W	V	N	G	K	H	M	R	R	I	D	L	E	D	L	K	R	E	F	I	E	W	A	K	Y	A
Template Known Secondary structure														T	T				S	S		S								.	.	.	.	G	G	G			G	G	G	S		S	S																				S
Template Predicted Secondary structure																														.	.	.	.
Template SS confidence
		272	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.					300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.
		475	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.													.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.
Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	I	D	E	E	Q	L	A	A	A	P	V	I	I	R	E	D	R	E	A	Q	L	A	A	R	L	L	Q	F	E	E	T	L	T	V	V	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	E	G	T	P	H	V	M	C	A	Y	L	Y	D	L	A	G	L	F	S	G
Query Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	K	E	I	P	S	V	D	E	R	Y	F	S	E	T	L	R	I	C	R	E	K	V	N	T	L	S	Q	L	Y	D	I	M	Y	P	F	M	N	D	D	Y	E	Y	E	K	D	Y	V	E	K	F	L	K	R	E	E	A	E	R	V	L	E	E	A	K	K	A	F	K	D
Template Known Secondary structure		T																			T	T	S		S	S														S												T	T	T	S	T	T														T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		348	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.