Job Description P11875 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:32:57 GMT 2012 Rank 7 Aligned Residues 371 % Identity 18% Template c2x1lC_ PDB info PDB header:ligase Chain: C: PDB Molecule:methionyl-trna synthetase; PDBTitle: crystal structure of mycobacterium smegmatis methionyl-trna2 synthetase in complex with methionine and adenosine Resolution 2.30 Å

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		113	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	T	I	V	V	D	Y	S	A	P	N	V	A	K	E	M	H	V	G	H	L	R	S	T	I	I	G	D	A	A	V	R	T	L	E	F	L	G	H	K	V	I	R	A	N	H	V	G	D	W	G	T	Q	F	G	M	L	I	A	W	L	E	K	Q	Q	Q	E	N	A	G	E	M	E	L	A	D	L	E	G	F
Query Conservation
Alig confidence																																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	P	F	Y	I	T	T	A	I	A	Y	P	N	G	V	P	H	I	G	H	A	Y	E	Y	I	A	T	D	A	I	A	R	F	K	R	L	D	G	Y	D	V	R	Y	L	T	G	T	D	V	H	G	Q	K	M	A	E	T	A	A	K	E	G	I	P	A	A	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure											B			S	S																							T	T													S											T						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		193	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	R	D	A	K	K	H	Y	D	E	D	E	E	F	A	E	R	A	R	N	Y	V	V	K	L	Q	S	G	D	E	Y	F	R	E	M	W	R	K	L	V	D	I	T	M	T	Q	N	Q	I	T	Y	D	R	L	N	V	T	L	T	R	D	D	V	M	G	E	S	L	Y	N	P	M	L	P	G	I	V	A	D	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	A	R	R	N	S	D	V	F	Q	R	L	Q	E	K	L	N	I	S	F	D	R	F	I	R	T	S	D	A	D	H	Y	E	A	S	K	A	I	W	K	R	M
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																T	T				S					T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																								70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.
		273	.	.	.	.	.	.																																																	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.		290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.
Query SS confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.
Query Sequence		K	A	K	G	L	A	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	S	E	G	A	T	V	V	F	L	.	D	E	F	K	N	K	E	G	E	P	M	G	V	I
Query Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.
Template Conservation
Template Sequence		A	D	A	G	D	I	Y	L	D	A	Y	T	E	E	Q	T	Y	F	F	R	L	S	A	Y	T	D	R	L	L	A	L	Y	E	E	H	P	E	F	I	G	P	D	A	R	R	N	E	I	V	S	F	V	S	G	G	L	K	D	L	S	I	S	R	T	T	F	D	W	G	V	P	V	P	D	H	P	D	H	V	M
Template Known Secondary structure				T	T																	G	G	G	S												G	G	G			S												T	T										S	S				S				T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		112	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.
		304	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.			.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.
Predicted Secondary structure															.	.
Query SS confidence															.	.
Query Sequence		I	Q	K	K	D	G	G	Y	L	Y	T	T	T	.	.	D	I	A	C	A	K	Y	R	Y	E	T	L	H	A	D	R	V	L	Y	Y	I	D	S	R	Q	H	Q	H	L	M	Q	A	W	A	I	V	R	K	A	G	Y	V	P	E	S	V	P	L	E	H	H	M	F	G	M	M	L	G	K	D	G	K	P	F	K
Query Conservation															.	.
Alig confidence															.	.												.																																													.	.	.
Template Conservation																												.																																													.	.	.
Template Sequence		Y	V	W	V	D	A	L	T	N	Y	L	T	G	V	G	F	P	D	T	E	S	E	S	F	R	R	.	Y	W	P	A	D	L	H	M	I	G	K	D	I	I	R	F	H	T	V	Y	W	P	A	F	L	M	S	A	G	L	P	L	P	K	R	I	F	A	H	G	W	L	L	N	.	.	.	R	G	E	K	M	S
Template Known Secondary structure									T					T	T	T	T	T		T	T	S						.			S		S						G	G	G						T										T					S											.	.	.		S		S
Template Predicted Secondary structure																												.																																													.	.	.
Template SS confidence
		228	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.		.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.				.	.	300	.	.	.
		382	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.		.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.		.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																											.														.
Query SS confidence																																																											.														.
Query Sequence		T	R	A	G	G	T	V	K	L	A	D	L	L	D	E	A	L	E	R	A	R	R	L	V	A	E	K	N	P	D	M	P	A	D	E	L	E	K	L	A	N	A	V	G	I	G	A	V	K	Y	A	D	L	S	K	N	R	.	T	T	D	Y	I	F	D	W	D	N	M	L	A	.	F	E	G	N	T	A	P	Y
Query Conservation																																																											.														.
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.														.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	S	I	G	N	V	V	D	P	V	N	L	V	D	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	G	L	D	Q	V	R	Y	F	L	L	R	E	V	P	F	G	Q	D	G	S	Y	N	E	D	A	I	I	G	R	V	N	A	D	L	A	N	E
Template Known Secondary structure		T	T	T			S	S									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														S		T	T	S
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		304	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.
		460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	Q	Y	A	Y	T	R	V	L	S	V	F	R	K	A	E	I	D	E	E	Q	L	A	A	A	P	V	I	I	R	E	D	R	E	A	Q	L	A	A	R	L	L	Q	F	E	E	T	L	T	V	V	A	R	E	G	T	P	H	V	M	C	A	Y	L	Y	D	L	A	G	L	F	S	G	F	Y	E	H	C	P	I
Query Conservation
Alig confidence																												.	.	.	.
Template Conservation																												.	.	.	.
Template Sequence		L	G	N	L	A	Q	R	S	L	S	M	V	A	K	N	L	G	A	A	V	P	D	P	G	E	F	.	.	.	.	T	D	E	D	T	A	L	L	A	A	A	D	A	L	L	E	R	V	R	E	H	F	D	V	P	A	M	H	L	A	L	E	A	I	W	S	V	L	G	A	A	N	R	Y	F	S	A	Q	E	P
Template Known Secondary structure																	S	T	T	B								.	.	.	.													T										T	T	T
Template Predicted Secondary structure																												.	.	.	.
Template SS confidence
		357	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.					.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.
		540				.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.	.	.
Query SS confidence			.	.	.
Query Sequence		L	.	.	.	S	A	E	N	E	E	V	R	N	S	R	L	K	L	A	Q	L	T	A	K	T	L	K	L	G	L	D	T	L
Query Conservation			.	.	.
Alig confidence			.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		W	V	L	R	K	S	D	A	A	E	D	Q	Q	R	F	R	T	V	L	Y	T	T	L	E	V	V	R	I	A	S	L	L	L
Template Known Secondary structure					T	T																												T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		433	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.