Job Description P11875 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:32:57 GMT 2012 Rank 25 Aligned Residues 393 % Identity 22% Template c1qu2A_ PDB info PDB header:ligase/rna Chain: A: PDB Molecule:isoleucyl-trna synthetase; PDBTitle: insights into editing from an ile-trna synthetase structure2 with trna(ile) and mupirocin Resolution 2.20 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	E	K	Q	T	I	V	V	D	Y	S	A	P	N	V	A	K	E	M	H	V	G	H	L	R	S	T	I	I	G	D	A	A	V	R	T	L	E	F	L	G	H	K	V	I	R	A	N	H	V	G	D	W	G	T	Q	F	G	M	L	I	A	W	L	E	K	Q	Q	Q	E	N	A	G	E	M	E	L	A	D	L
Query Conservation
Alig confidence																																																																													.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																													.	.	.	.	.
Template Sequence		K	G	N	E	T	F	I	L	H	D	G	P	P	Y	A	N	G	N	L	H	M	G	H	A	L	N	K	I	L	K	D	F	I	V	R	Y	K	T	M	Q	G	F	Y	A	P	Y	V	P	G	W	D	T	H	G	L	P	I	E	Q	A	L	T	K	K	G	V	D	R	K	K	M	S	T	A	E	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T	T	S		B									B	S	S	S																						T	T	T		B								B			S											T			S	T	T	T					.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																													.	.	.	.	.
Template SS confidence
		45	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.			.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																.	.
Query SS confidence																																																																.	.
Query Sequence		E	G	F	Y	R	D	A	K	K	H	Y	D	E	D	E	E	F	A	E	R	A	R	N	Y	V	V	K	L	Q	S	G	D	E	Y	F	R	E	M	W	R	K	L	V	D	I	T	M	T	Q	N	Q	I	T	Y	D	R	L	N	V	T	L	T	.	.	R	D	D	V	M	G	E	S	L	Y	N	P	M	L	P	G
Query Conservation																																																																.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	R	E	K	C	K	E	F	A	L	E	Q	I	E	L	Q	K	K	D	F	R	R	L	G	V	R	G	D	F	N	D	P	Y	I	T	L	K	P	E	Y	E	A	A	Q	I	R
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						T	T	T			S		T	T	S				T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																				120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.
		268	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.																																													.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.
Query SS confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.
Query Sequence		I	V	A	D	L	K	A	K	G	L	A	V	E	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	G	A	T	V	V	F	L	D	E	F	K	N	K	E	G	E	.	.	.	.	.
Query Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	F	G	E	M	A	D	K	G	L	I	Y	K	G	K	K	P	V	Y	W	S	P	S	S	E	S	S	L	A	E	A	E	I	E	Y	H	D	K	R	S	A	S	I	Y	V	A	F	N	V	K	D	D	K	G	V	V	D	A	D	A	K	F	I	I	W	T	T	T	P	W	T	I	P	S	N	V	A	I	T	V
Template Known Secondary structure									T	T													T	T	T	T					G	G	G															B				S	S	T	T	G	G	G	T	T			B					S		G	G	G	S	S			B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		166	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		H	P	E	L	K	Y	G	Q	Y	N	V	N	G	E	K	Y	I	I	A	E	A	L	S	D	A	V	A	E	A	L	D	W	D	K	A	S	I	K	L	E	K	E	Y	T	G	K	E	L	E	W	V	V	A	Q	H	P	F	L	D	R	E	S	L	V	I	N	G	D	H	V	T	T	D	A	G	T	G	C	V	H
Template Known Secondary structure			T	T								T	T	T	T														T	T	T	T			S	S										T	T	T		T	T				B			T	T			S	B							S	S			S	S	S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		246	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	A	P	G	H	G	E	D	D	Y	I	V	G	Q	Q	Y	E	L	P	V	I	S	P	I	D	D	K	G	V	F	T	E	E	G	G	Q	F	E	G	M	F	Y	D	K	A	N	K	A	V	T	D	L	L	T	E	K	G	A	L	L	K	L	D	F	I	T	H	S	Y	P	H	D	W	R	T	K	K	P	V	I
Template Known Secondary structure		B		T	T	S		S					T	T	T	S	S	S									S	S	S				T	T		S	S		S	S	S		S	S					T	T	G	G	G	S	S																			T	T	T			B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		326	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.
																																												299	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.					310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	M	G	V	I	I	Q	K	K	D	G	.	.	.	.	G	Y	L	Y	T	T	T	D	I	A	C	A	K	Y	R	Y	E	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	R	A	T	P	Q	W	F	A	S	I	S	K	V	R	Q	D	I	L	D	A	I	E	N	T	N	F	K	V	N	W	G	K	T	R	I	Y	N	M	V	R	D	R	G	E	W	V	I	S	R	Q	R	V	W	G	V	P	L	P	V	F	Y	A	E	N	G	E	I	I	M	T	K	E	T	V	N	H	V	A	D
Template Known Secondary structure																									T	S			S	S																						S		S	S	S		B							T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		406	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.
																																																												327	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.		.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	L	H	A	D	R	V	L	Y	Y	I	D	S	R	Q	H	.	Q	H	L	M	Q
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.
Template Conservation
Template Sequence		L	F	A	E	H	G	S	N	I	W	F	E	R	E	A	K	D	L	L	P	E	G	F	T	H	P	G	S	P	N	G	T	F	T	K	E	T	D	I	M	D	V	W	F	D	S	G	S	S	H	R	G	V	L	E	T	R	P	E	L	S	F	P	A	D	M	Y	L	E	G	S	D	Q	Y	R	G	W	F	N	S
Template Known Secondary structure								T						S						S	S	T	T				S	S		T	T	S																	T					T	T	T	T	S	T	T			S	S	B	S						G	G	G	G	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		486	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.
		348	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	W	A	I	V	R	K	A	G	Y	V	P	E	S	V	P	L	E	H	H	M	F	G	M	M	L	G	K	D	G	K	P	F	K	T	R	A	G	G	T	V	K	L	A	D	L	L	D	E	A	L	E	R	A	R	R	L	V	A	E	K	N	P	D	M	P	A	D	E	L	E	K	L	A	N	A	V	G	I	G
Query Conservation
Alig confidence																								.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	I	T	T	S	V	A	T	R	G	V	S	P	Y	K	F	L	L	S	H	G	F	.	.	V	M	D	G	E	G	K	K	M	S	K	S	L	G	N	V	I	V	P	D	Q	V	V	K	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	G	A	D
Template Known Secondary structure											S	S		S	B	S								.	.				T	T	S					S	S	S	S												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T
Template Predicted Secondary structure																								.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		566	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.			.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.																												.	.	.	.
		428	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	V	K	Y	A	D	L	S	K	N	R	T	T	D	Y	I	F	D	W	D	N	M	L	A	F	E	G	N	T	A	P	Y	M	Q	Y	A	Y	T	R	V	L	S	V	F	R	K	A	E	I	D	E	E	Q	L	A	A	A	P	V	I	I	R	E	D	R	E	A	Q	L	A	A	R	L	L	Q	F	E	E	T	L
Query Conservation
Alig confidence																										.																																			.	.	.
Template Conservation																										.																																			.	.	.
Template Sequence		I	A	R	L	W	V	S	S	T	D	Y	L	A	D	V	R	I	S	D	E	I	L	K	Q	.	T	S	D	D	Y	R	K	I	R	N	T	L	R	F	M	L	G	N	I	N	D	F	N	P	D	T	D	S	I	P	E	S	E	L	.	.	.	L	E	V	D	R	Y	L	L	N	R	L	R	E	F	T	A	S	T
Template Known Secondary structure									T	S		T	T	S												.																		T	S	T	T										G	G	G	S	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																										.																																			.	.	.
Template SS confidence
		617	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640		.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.				.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.
		508	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.			530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																								.	.
Query SS confidence																								.	.
Query Sequence		T	V	V	A	R	E	G	T	P	H	V	M	C	A	Y	L	Y	D	L	A	G	L	.	.	F	S	G	F	Y	E	H	C	P	I	L	S	A	E	N	E	E	V	R	N	S	R	L	K	L	A	Q	L	T	A	K	T	L	K	L	G	L	D	T	L	G	I	E	T	V
Query Conservation																								.	.
Alig confidence																								.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	N	N	Y	E	N	F	D	Y	L	N	I	Y	Q	E	V	Q	N	F	I	N	V	E	L	S	N	F	Y	L	D	Y	G	K	D	I	L	Y	I	E	Q	R	D	S	H	I	R	R	S	M	Q	T	V	L	Y	Q	I	L	V	D	M	T	K	L	L	A	P	I	L	V
Template Known Secondary structure							T	T																														T	T	S		T	T																							T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		693	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.