Job Description P39277 Confidence 99.10% Date Thu Jan 5 11:58:47 GMT 2012 Rank 4 Aligned Residues 407 % Identity 13% Template c2xq2A_ PDB info PDB header:transport protein Chain: A: PDB Molecule:sodium/glucose cotransporter; PDBTitle: structure of the k294a mutant of vsglt Resolution 2.73 Å

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		6	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	E	L	G	L	A	Q	G	I	G	L	L	S	T	S	L	L	G	T	G	V	F	A	V	P	A	L	A	A	L	V	A	G	N	N	S	L	W	A	W	P	V	L	I	I	L	V	F	P	I	A	I	V	F	A	I	L	G	R	H	Y	P	S	A	G	G	V	A	H	F	V	G	M	A	F	G	S	R	L	E
Query Conservation
Alig confidence																																																															.
Template Conservation																																																															.
Template Sequence		V	S	L	P	W	W	A	V	G	A	S	L	I	A	A	N	I	S	A	E	Q	F	I	G	M	S	G	S	G	Y	S	I	G	L	A	I	A	S	Y	E	W	M	S	A	I	T	L	I	I	V	G	K	Y	F	L	P	I	F	I	E	K	.	G	I	Y	T	I	P	E	F	V	E	K	R	F	N	K	K	L	K
Template Known Secondary structure															G	G	G	S	S														T		G	G	G	G																T								T	.	T			S									T
Template Predicted Secondary structure																																																															.
Template SS confidence
		30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90		.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.
		86	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.		100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																.
Query SS confidence																.
Query Sequence		R	V	T	G	W	L	F	L	S	V	I	P	V	G	.	L	P	A	A	L	Q	I	A	A	G	F	G	Q	A	M	F	G	W	H	S	W	Q	L	L	L	A	E	L	G	T	L	A	L	V	W	Y	I	G	T	R	G	A	S	S	S	A	N	L	Q	T	V	I	A	G	L	I	V	A	L	I	V	A	I	W	W
Query Conservation																.
Alig confidence																.																																								.	.
Template Conservation																																																								.	.
Template Sequence		T	I	L	A	V	F	W	I	S	L	Y	I	F	V	N	L	T	S	V	L	Y	L	G	G	L	A	L	E	T	I	L	G	I	P	L	M	Y	S	I	L	G	L	A	L	F	A	L	V	Y	S	I	Y	G	G	.	.	V	V	W	T	D	V	I	Q	V	F	F	L	V	L	G	G	F	M	T	T	Y	M	A	V
Template Known Secondary structure															T																																						T	T		.	.
Template Predicted Secondary structure																																																								.	.
Template SS confidence
		128	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.			.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.
		165	.	.																							.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.
Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	G	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	K	P	A	N	I	P	F	P	A	P	G	N	I	E	L	T	G	L	F	A	A	L	S	V	M	F	W	C	F	V	G	L	E	A	F	A	H	L	A	S	E	F	K	N	P	E	R	D	F	P	R	A	L	M
Query Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	F	I	G	G	T	D	G	W	F	A	G	V	S	K	M	V	D	A	A	P	G	H	F	E	M	I	L	D	Q	S	N	P	Q	Y	M	N	L	P	G	I	A	V	L	I	G	G	L	W	V	A	N	L	Y	Y	W	G	F	N	Q	Y	I	I	Q	R	T	L	A	A	K	S	V	S	E	A	Q	K	G	I	V
Template Known Secondary structure						G	G	G														G	G	G	S		S	S			S	S	S	G	G	G	G	T	S		T	T					S	T										T	T	T		S							T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		209	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.
		223	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.													.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290
Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	G	L	L	L	A	G	L	V	Y	W	G	C	T	V	V	V	L	H	F	D	A	Y	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	K	M	A	A	A	A	S	L	P	K	I	V	V	Q	L	F	G	V	G	A	L	W	I	A	C	V	I	G	Y	L	A	C	F	A	S	L	N	I	Y	I	Q	S	F
Query Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	A	A	F	L	A	L	I	V	P	F	L	V	V	L	P	G	I	A	A	Y	V	I	T	S	D	P	Q	L	M	A	S	L	G	N	L	P	S	A	A	N	A	D	K	A	Y	P	W	L	T	Q	F	L	P	V	G	V	K	G	V	V	F	A	A	L	A	A	A	I	V	S	S	L	A	S	M	L	N	S	T
Template Known Secondary structure							T	T	T						T											T														S	T	B	G	G	G								T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		289	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.
		291	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.			.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																			.	.
Query SS confidence																																																																			.	.
Query Sequence		A	R	L	V	W	S	Q	A	Q	H	N	P	D	H	Y	L	A	R	L	S	S	R	H	I	P	N	N	A	L	N	A	V	L	G	C	C	V	V	S	T	L	V	I	H	A	L	E	I	N	L	D	A	L	I	I	Y	A	N	G	I	F	I	M	I	Y	.	.	L	L	C	M	L	A	G	C	K	L	L	Q	G
Query Conservation																																																																			.	.
Alig confidence							.	.	.																																																										.	.
Template Conservation							.	.	.
Template Sequence		A	T	I	F	T	.	.	.	M	D	I	Y	K	E	Y	I	S	P	D	S	G	D	H	K	L	V	N	V	G	R	T	A	A	V	V	A	L	I	I	A	A	L	I	A	P	M	L	G	G	I	G	Q	C	F	Q	Y	I	Q	E	Y	T	G	L	V	S	P	G	I	L	A	V	F	L	L	G	L	F	W	K	K
Template Known Secondary structure							.	.	.			T					T		S																										G	G	G	G	G	G		B											T	T	T															T	T
Template Predicted Secondary structure							.	.	.
Template SS confidence
		374	.	.	.	.				.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450
		369	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.														.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	Y	R	L	L	A	V	V	G	G	L	L	C	V	L	L	L	A	M	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	W	K	S	L	Y	A	L	I	M	L	A	G	L	W	L	L	L	P	K	R	K	T	P	E	N	G	I	T	T
Query Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	T	S	K	G	A	I	I	G	V	V	A	S	I	P	F	A	L	F	L	K	F	M	P	L	S	M	P	F	M	D	Q	M	L	Y	T	L	L	F	T	M	V	V	I	A	F	T	S	L	S	T	S	I	N	D	D	D	P	K	G	I	S	V
Template Known Secondary structure																								S	S																													S	S	S	S		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		451	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.