Job Description P36649 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:53:29 GMT 2012 Rank 17 Aligned Residues 417 % Identity 15% Template c3cdzA_ PDB info PDB header:blood clotting Chain: A: PDB Molecule:coagulation factor viii heavy chain; PDBTitle: crystal structure of human factor viii Resolution 3.98 Å

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		70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.										.	.			.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.			.	.																				.	.
Query SS confidence																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.			.	.																				.	.
Query Sequence		N	G	N	L	L	G	P	A	V	K	L	Q	R	G	K	A	V	T	V	D	I	Y	N	Q	L	T	E	E	T	T	L	H	W	H	G	L	E	V	P	G	E	V	D	G	G	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	G	.	.	I	I	P	P	G	G	K	R	S	V	T	L	N	V	D	Q	P	A	A	.	.
Query Conservation																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.			.	.																				.	.
Alig confidence																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.			.	.																				.	.
Template Conservation
Template Sequence		W	M	G	L	L	G	P	T	I	Q	A	E	V	Y	D	T	V	V	I	T	L	K	N	M	A	S	H	P	V	S	L	H	A	V	G	V	S	Y	W	K	A	S	E	G	A	E	Y	D	D	Q	T	S	Q	R	E	K	E	D	D	K	V	F	P	G	G	S	H	T	Y	V	W	Q	V	L	K	E	N	G	P	M
Template Known Secondary structure		S			S									T	T									B		S	S	S					B		S	S	S	B			T	T	S			B		S										T	T	S				T	T											G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		68	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.
									137	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	T	C	W	F	H	P	H	Q	H	G	K	T	G	R	Q	V	A	M	G	L	A	G	L	V	V	I	E	D	D	E	I	L	K	L	M	L	P	K	Q	W	G	I	D	D	V	P	V	I	V	Q	D	K	K	F	S	A	D	G	Q	I	D	Y	Q	L	D	V	M	T	A	A	V	G	W
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.										.	.																												.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.																												.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	S	D	P	L	C	L	T	Y	S	Y	L	S	H	V	D	.	.	L	V	K	D	L	N	S	G	L	I	G	A	L	L	V	C	R	E	G	S	L	A	K	E	K	T	Q	.	.	T	L	H	K	F	I	L	L	F	A	V	F	D	E	G	K	S	W	H	S	S	A	R	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S	S	S		S							B		B	S	S	.	.																	S	S		S	T	T	T	S	S	S		.	.														T	T	S	S	S							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																		.	.																												.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		148	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.			.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190			.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.
		210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.					.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.			.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.																																	.	.
Query SS confidence																			.	.	.	.																																	.	.
Query Sequence		F	G	D	T	L	L	T	N	G	A	I	Y	P	Q	H	A	A	.	.	.	.	P	R	G	W	L	R	L	R	L	L	N	G	C	N	A	R	S	L	N	F	A	T	S	D	N	R	P	L	Y	V	I	A	.	.	S	D	G	G	L	L	P	E	P	V	K	V	S	E	L	P	V	L	M	G	E	R	F	E	V
Query Conservation																			.	.	.	.																																	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.																																	.	.							.
Template Conservation																																																															.
Template Sequence		W	P	K	M	H	T	V	N	G	Y	V	N	R	S	L	P	G	L	I	G	C	H	R	K	S	V	Y	W	H	V	I	G	M	G	T	T	P	E	V	H	S	I	F	L	E	G	H	T	F	L	V	R	N	H	R	Q	A	S	L	E	I	.	S	P	I	T	F	L	T	A	Q	T	L	L	M	D	L	G	Q	F
Template Known Secondary structure								G	G	G			T	T									S	S	S											S	S									S	S					S	S	S				S	S				.		S	S											S	S
Template Predicted Secondary structure																																																															.
Template SS confidence
		228	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.		.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.
		284	.	.	.	.	.	290
Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	V	E	V	N	D	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	L	F	C	H	I	S	S	H	Q	H	D	G	M	E	A	Y	V	K	V	D	S	C	P	E	E	P	K	H	P	K	T	W	V	H	Y	I	A	A	E	E	E	D	W	D	Y	A	P	L	V	L	A	P	D	D	R	S	Y	K	S	Q	Y	L	N	N	G	P	Q	R	I	G	R	K	Y	K	K	V	R	F	M
Template Known Secondary structure												T	T												S	S																					S	S		S					S	S	S	S	T	T	T	T		S		S	S	S			S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		307	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.
																														291	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	P	F	D	L	V	T	L	P	V	S	Q	M	G	M	A	I	A	P	F	D	K	P	H	P	V	M	R	I	Q	P	I	A	I	S	A	S	G	A	L	P	D	T	L	S	S	L	P	A	L	P	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.
Template Conservation
Template Sequence		A	Y	T	D	E	T	F	K	T	R	E	A	I	Q	H	E	S	G	I	L	G	P	L	L	Y	G	E	V	G	D	T	L	L	I	I	F	K	N	Q	A	S	R	P	Y	N	I	Y	P	H	G	I	T	D	V	R	P	L	Y	S	R	R	L	P	K	G	V	K	H	L	K	D	F	P	I	L	P	G	E	I	F
Template Known Secondary structure				S	S	S	S	T	T	S	B					T	T	T	T	T									T	T											S	S	S								S		S					S	S		S			S	T	T		S	S	S	S	S	S				S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																																									342	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	L	E	G	L	T	V	R	K	L	Q	L	S	M	D	P	M	L	D	M	M	G	M	Q	M	L	M	E	K	Y	G	D	Q	A	M	A	G	M	D	H	S
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	Y	K	W	T	V	T	V	E	D	G	P	T	K	S	D	P	R	C	L	T	R	Y	Y	S	S	F	V	N	M	E	R	D	L	A	S	G	L	I	G	P	L	L	I	C	Y	K	E	S	V	D	Q	R	G	N	Q	I	M	S	D	K	R	N	V	I	L	F	S	V	F	D	E	N	R	S	W	Y	L	T	E
Template Known Secondary structure									G	G	G	S			S	S	S		S										S	S	S					T	T	T												S	S	S	S	S	S		S	S															G	G	G		T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		383	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.		.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.
Predicted Secondary structure																																																													.
Query SS confidence																																																													.
Query Sequence		Q	M	M	G	H	M	G	H	G	N	M	N	H	M	N	H	G	G	K	F	D	F	H	H	A	N	K	I	N	G	Q	A	F	D	M	N	K	P	M	F	A	A	A	K	G	Q	Y	E	R	W	V	I	S	G	V	G	D	M	M	.	L	H	P	F	H	I	H	G	T	Q	F	R	I	L	S	E	N	G	K	P
Query Conservation																																																													.
Alig confidence																																							.	.																					.														.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																							.	.																																			.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	I	Q	R	F	L	P	N	P	A	G	V	Q	L	E	D	P	E	F	Q	A	S	N	I	M	H	S	I	N	G	Y	V	F	D	S	L	Q	.	.	L	S	V	C	L	H	E	V	A	Y	W	Y	I	L	S	I	G	A	Q	T	D	F	L	S	V	F	F	S	G	Y	T	F	K	H	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure						T	S	S			T	T				S							T	S						T	T	B		T	T		S		.	.		B			T	T											S			S	S							S	S			B		S	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																							.	.																																			.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.			.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660
		462	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	A	A	H	R	A	G	W	K	D	T	V	K	V	E	G	N	V	S	E	V	L	V	K	F	N	H	D	A	P	K	E	H	A	Y	M	A	H	C	H	L	L	E	H	E	D	T	G	M	M	L	G	F	T	V
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.														.														.	.
Template Conservation		.	.	.	.														.														.	.
Template Sequence		.	.	.	.	K	M	V	Y	E	D	T	L	T	L	F	P	F	.	S	G	E	T	V	F	M	S	M	E	N	P	G	.	.	L	W	I	L	G	C	H	N	S	D	F	R	N	R	G	M	T	A	L	L	K	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	T	T	S		B	S						S	S	.													S	.	.		B				B	S		T	T	T	T	T	S	B					B	B
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.														.														.	.
Template SS confidence
						661	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.		.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.			.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.