Job Description P36649 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:53:29 GMT 2012 Rank 30 Aligned Residues 212 % Identity 22% Template c1sddB_ PDB info PDB header:blood clotting Chain: B: PDB Molecule:coagulation factor v; PDBTitle: crystal structure of bovine factor vai Resolution 2.80 Å

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		73	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.										.	.	.	140	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	L	G	P	A	V	K	L	Q	R	G	K	A	V	T	V	D	I	Y	N	Q	L	T	E	E	T	T	L	H	W	H	G	L	E	V	P	G	E	V	D	G	G	P	Q	G	I	I	P	P	G	G	K	R	S	V	T	L	N	V	D	Q	P	A	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	C	W	F	H	P	H
Query Conservation																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	L	G	P	V	I	R	A	E	V	D	D	V	I	Q	V	R	F	K	N	L	A	S	R	P	Y	S	L	H	A	H	G	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	N	A	I	Q	P	N	K	T	Y	T	Y	V	W	H	A	T	T	R	S	G	P	E	N	P	G	S	A	C	R	A	W	A	Y	Y	S	A
Template Known Secondary structure		T	S								T	T											S	S	S		B						T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				B		T	T											T	T	T	S			S	S	S		S
Template Predicted Secondary structure																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1602	.	.	.	.	.	.	.	1610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1630	.	.	.	.											.	.	.	.	.	1640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1670	.
		144	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.				220
Predicted Secondary structure																																																																														.	.	.
Query SS confidence																																																																														.	.	.
Query Sequence		Q	H	G	K	T	G	R	Q	V	A	M	G	L	A	G	L	V	V	I	E	D	D	E	I	L	K	L	M	L	P	K	Q	W	G	I	D	D	V	P	V	I	V	Q	D	K	K	F	S	A	D	G	Q	I	D	Y	Q	L	D	V	M	T	A	A	V	G	W	F	G	D	T	L	L	T	N	G	A	.	.	.	I
Query Conservation																																																																														.	.	.
Alig confidence				.	.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.
Template Conservation				.	.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	N	.	.	P	E	K	D	I	H	S	G	L	I	G	P	L	L	I	C	R	K	G	T	L	D	K	E	T	N	M	P	V	D	M	R	E	F	V	L	L	F	M	V	F	D	E	K	K	S	W	Y	Y	D	N	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	E	F	H	A	I	N	G	M	I	Y	N	L
Template Known Secondary structure		S	S	.	.						T	T	T										T	T	S	S		T	T	S				S	S													G	G	G	S	S						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							T	T	B	S	S
Template Predicted Secondary structure				.	.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1693	.			.	.	.	.	.	1700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1740	.	.	.	.	.	.												.	.	.	1750	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		221	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	P	Q	H	A	A	P	R	G	W	L	R	L	R	L	L	N	G	C	N	A	R	S	L	N	F	A	T	S	D	N	R	P	L	Y	V	I	A	S	D	G	G	L	L	P	E	P	V	K	V	S	E	L	P	V	L	M	G	E	R	F	E	V	L	V	E	V	N	D	N	K	P	F	D	L	V	T	L	P	V
Query Conservation
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	G	L	R	M	Y	E	Q	E	W	V	R	L	H	L	L	N	L	G	G	S	R	D	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure								T	T													T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1775	.	.	.	.	1780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1790	.	.	.	.	.	.	.	.
		301	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	Q	M	G	M	A	I	A	P	F	D	K	P	H	P	V	M	R	I	Q	P	I	A	I	S	A	S	G	A	L	P	D	T	L	S	S	L	P	A	L	P	S	L	E	G	L	T	V	R	K	L	Q	L	S	M	D	P	M	L	D	M	M	G	M	Q	M	L	M	E	K	Y	G	D	Q	A	M	A	G	M	D
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		381	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	S	Q	M	M	G	H	M	G	H	G	N	M	N	H	M	N	H	G	G	K	F	D	F	H	H	A	N	K	I	N	G	Q	A	F	D	M	N	K	P	M	F	A	A	A	K	G	Q	Y	E	R	W	V	I	S	G	V	G	D	M	M	L	H	P	F	H	I	H	G	T	Q	F	R	I	L	S	E	N	G	K
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	V	V	H	F	H	G	Q	T	L	L	E	N	G	T	Q	Q	H
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						T	T							S	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																																1799	1800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1810	.	.	.	.	.	.
		461	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	P	A	A	H	R	A	G	W	K	D	T	V	K	V	E	G	N	V	S	E	V	L	V	K	F	N	H	D	A	P	K	E	H	A	Y	M	A	H	C	H	L	L	E	H	E	D	T	G	M	M	L	G	F	T	V
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.											.														.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.											.														.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	Q	L	G	V	W	P	L	L	P	G	.	S	F	K	T	L	E	M	K	A	S	K	P	G	.	.	W	W	L	L	D	T	E	V	G	E	I	Q	R	A	G	M	Q	T	P	F	L	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.			S	S					T	T	.											S	S		.	.													T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.											.														.	.
Template SS confidence
										1817	.	.	1820	.	.	.	.	.	.		.	.	.	1830	.	.	.	.	.	.	.	.	.			1840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1860	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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