Job Description P04152 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:58:12 GMT 2012 Rank 7 Aligned Residues 336 % Identity 21% Template c2r8kB_ PDB info PDB header:replication, transferase/dna Chain: B: PDB Molecule:dna polymerase eta; PDBTitle: structure of the eukaryotic dna polymerase eta in complex with 1,2-2 d(gpg)-cisplatin containing dna Resolution 3.30 Å

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		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70
Predicted Secondary structure																																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	F	A	L	C	D	V	N	A	F	Y	A	S	C	E	T	V	F	R	P	D	L	W	G	K	P	V	V	V	L	S	N	N	D	G	C	V	I	A	R	N	A	E	A	K	A	L	G	V	K	M	G	D	P	W	F	K	Q	K	D	L	F	R	R	C	G	V	V	C	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																	.	.																																.	.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																	.	.																																.	.
Template Sequence		C	I	A	H	I	D	M	N	A	F	F	A	Q	V	E	Q	M	R	C	G	L	S	K	E	D	P	V	V	C	V	Q	.	.	W	N	S	I	I	A	V	S	Y	A	A	R	K	Y	G	I	S	R	M	D	T	I	Q	E	A	L	K	K	C	S	N	.	.	L	I	P	I	H	T	A	V	F	K	K	G	E	D
Template Known Secondary structure									T	T										T	T			T	T	S							.	.	T	T											T	T	T			T	T	S							T	T		T	T	.	.											T	T		S
Template Predicted Secondary structure																																	.	.																																.	.
Template SS confidence
		25	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.			.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.			.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100
																										71	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	N	Y	E	L	Y	A	D	M	S	N	R	V	M	S	T	L	E	E	L	S	P	R	V	E	I	Y	S	I	D	E	A	F	C	D	L	T	G	V	R	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	W	Q	Y	H	D	G	C	G	S	W	V	Q	D	P	A	K	Q	I	S	V	E	D	H	K	V	S	L	E	P	Y	R	R	E	S	R	K	A	L	K	I	F	K	S	A	C	D	L	V	E	R	A	S	I	D	E	V	F	L	D	L	G	R	I	C	F	N	M	L	M	F	D	N	E	Y	E	L	T	G	D
Template Known Secondary structure		S					T	T		S	T	T		S	S	T	T	S				T	T	S																					T	T		S						S	S	S																			S					T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		101	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180
																																																											113	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	R	D	L	T	D	F	G	R	E	I	R	A	T	V	L	Q	R	T	H	L	T	V
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	K	L	K	D	A	L	S	N	I	R	E	A	F	I	G	G	N	Y	D	I	N	S	H	L	P	L	I	P	E	K	I	K	S	L	K	F	E	G	D	V	F	N	P	E	G	R	D	L	I	T	D	W	D	D	V	I	L	A	L	G	S	Q	V	C	K	G	I	R	D	S	I	K	D	I	L	G	Y	T	T
Template Known Secondary structure								T												S		T	T	S	B						G	G	G	G	G				S	S					T	T				S		S	S																								T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		181	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260
		136	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.			.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.								.	200	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																													.	.																					.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																													.	.																					.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	V	G	I	A	Q	T	K	T	L	A	K	L	A	N	H	A	A	K	K	W	Q	R	Q	T	G	G	V	V	D	L	S	N	L	E	R	Q	R	K	L	M	S	A	.	.	L	P	V	D	D	V	W	G	I	G	R	R	I	S	K	K	L	D	A	M	.	.	.	.	.	.	.	G	I	K	T	V	L	D	L
Query Conservation																																													.	.																					.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																								.	.	.	.	.	.																.	.																					.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	C	G	L	S	S	T	K	N	V	C	K	L	A	S	N	Y	K	K	P	D	A	.	.	.	.	.	.	Q	T	I	V	K	N	D	C	L	L	D	F	L	D	C	G	K	F	E	I	T	S	F	W	T	L	G	G	V	L	G	K	E	L	I	D	V	L	D	L	P	H	E	N	S	I	K	H	I	R	E	T
Template Known Secondary structure							S												S		S	S		.	.	.	.	.	.						G	G	G						T	S	S	S			G	G	G	S	S	S	S		S										T	T			S	S
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		261	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.							.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.
		207	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.		.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.
Query SS confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.
Query Sequence		A	D	T	D	I	R	F	I	R	K	H	F	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	V	L	E	R	T	V	R	E	L	R	G	E	P	C	L	Q	L	E	E	F	A	P	T	K	Q	E	I	I	C	S	R	S	F	.	G	E	R	I	T	D	Y	P	S	M	R
Query Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.														.
Template Conservation																																																								.
Template Sequence		W	P	D	N	A	G	Q	L	K	E	F	L	D	A	K	V	K	Q	S	D	Y	D	R	S	T	S	N	I	D	P	L	K	T	A	D	L	A	E	K	L	F	K	L	S	R	G	R	Y	G	L	P	L	S	S	.	R	P	V	V	K	S	M	M	S	N	K	N	L	R	G	K	S	C	N	S	I	V	D	C	I
Template Known Secondary structure		S		S		T											T	S	S	T	T			S	S	S					T	T	S												T	T	T									.															S	S	S	S		S
Template Predicted Secondary structure																																																								.
Template SS confidence
		335	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.		.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.
		265	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.							.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	A	I	C	S	Y	A	A	R	A	A	E	K	L	.	.	.	.	.	.	R	S	E	H	Q	Y	C	R	F	I	S	T	F	I	K	T	S	P	F	A	L	N	E	P	Y	Y	G	N	S	A	S	V	K	L	L	T	P	T	Q	D	S	R	D	I	I	N	A	A	T	R	S	L	D	A	I	W	Q	A	G	H
Query Conservation																.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.
Template Conservation																																											.	.	.	.
Template Sequence		S	W	L	E	V	F	C	A	E	L	T	S	R	I	Q	D	L	E	Q	E	Y	N	K	I	V	I	P	R	T	V	S	I	S	L	K	T	K	S	Y	E	V	.	.	.	.	Y	R	K	S	G	P	V	A	Y	K	G	I	N	F	Q	S	H	E	L	L	K	V	G	I	K	F	V	T	D	L	D	I	K	G	K
Template Known Secondary structure																				T	T	T		S														S	S	S			.	.	.	.											T	T	S			T																		T	S
Template Predicted Secondary structure																																											.	.	.	.
Template SS confidence
		414	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.					.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		339						340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.
Query SS confidence			.	.	.	.	.
Query Sequence		R	.	.	.	.	.	Y	Q	K	A	G	V	M	L	G	D	F	F
Query Conservation			.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	K	S	Y	Y	P	L	T	K	L	S	M	T	I	T	N	F	D
Template Known Secondary structure		S	S			S	S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.