Job Description P62601 Confidence 99.56% Date Thu Jan 5 12:07:39 GMT 2012 Rank 11 Aligned Residues 293 % Identity 17% Template c1lf6A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:glucoamylase; PDBTitle: crystal structure of bacterial glucoamylase Resolution 2.10 Å

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		158	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.				.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.					.	.	.	.	.	.	.	220	.			.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.	.																																													.	.	.	.										.	.
Query SS confidence													.	.	.																																													.	.	.	.										.	.
Query Sequence		L	P	Q	S	Y	I	V	P	G	G	R	.	.	.	F	S	E	T	Y	Y	W	D	S	Y	F	T	M	L	G	L	A	E	S	G	R	E	D	L	L	K	C	M	A	D	N	F	A	W	M	I	E	N	Y	G	H	I	P	N	.	.	.	.	G	N	R	T	Y	Y	L	S	R	.	.	S	Q	P	P	V	F	A
Query Conservation													.	.	.																																													.	.	.	.										.	.
Alig confidence													.	.	.																																													.	.	.	.										.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	P	W	G	D	G	Q	R	D	D	N	T	G	G	Y	H	L	V	W	S	R	D	L	Y	H	V	A	N	A	F	I	A	A	G	D	V	D	S	A	N	R	S	L	D	Y	L	A	K	V	V	K	D	N	G	M	I	P	Q	N	T	W	I	S	G	K	P	Y	W	T	G	I	Q	L	D	E	Q	A	D	P	I
Template Known Secondary structure			T	T	G	G	G	S	B	S	B	S			G	G	G	S	B																T																				S	S			S		B		T	T	S		B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		323	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.
		229	230	.	.	.	.			.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.
Query SS confidence								.	.
Query Sequence		L	M	V	E	L	F	.	.	E	E	D	G	V	R	G	A	R	R	Y	L	D	H	L	K	M	E	Y	A	F	W	M	D	G	A	E	S	L	I	P	N	Q	A	Y	R	H	V	V	R	M	P	D	G	S	L	L	N	R	Y	W	D	D	R	D	T	P	R	D	E	S	W	L	E	D	V	E	T	A	K	H	S
Query Conservation								.	.
Alig confidence								.	.																			.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																												.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	L	S	Y	R	L	K	R	Y	D	L	Y	D	S	L	V	K	P	L	A	D	F	I	I	K	I	.	.	.	.	.	.	G	P	K	T	G	Q	E	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure							T	T		G	G	G	T	T	T	T												.	.	.	.	.	.		S	S	B	S	S		T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		403	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.							.	430	.	.	.	.	.	.
		307	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	R	P	P	N	E	V	Y	R	D	L	R	A	G	A	A	S	G	W	D	Y	S	S	R	W	L	R	D	T	G	R	L	A	S	I	R	T	T	Q	F	I	P	I	D	L	N	A	F	L	F	K	L	E	S	A	I	A	N	I	S	A	L	K	G	E	K	E	T	E	A	L	F	R	Q	K	A	S	A	R	R
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	E	E	I	G	G	Y	S	P	A	T	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	A	E	V	A	G	L	T	C	A	A	Y	I	A	E	Q	N	K	D	Y	E	S	A	Q	K	Y	Q	E	K	A	D	N	W	Q
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S	S			B	B						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
														437	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.
		387	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.		.	.	.	.	.	.	410	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.			430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.
Predicted Secondary structure																			.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.
Query SS confidence																			.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.
Query Sequence		D	A	V	N	R	Y	L	W	D	D	E	N	G	I	Y	R	D	.	Y	D	W	R	R	E	Q	L	A	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	S	A	A	A	I	V	P	L	Y	V	G	M	A	N	H	.	.	E	Q	A	D	R	L	A	N	A	V	R	S	R
Query Conservation																			.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.
Alig confidence																			.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	L	I	D	N	L	T	Y	T	E	N	G	P	L	G	N	G	Q	Y	Y	I	R	I	A	G	L	S	D	P	D	A	D	F	M	I	N	I	A	N	G	G	G	V	Y	D	Q	K	E	I	V	D	P	S	F	L	E	L	V	R	L	G	V	K	S	A	D	D	P	K	I	L	N	T	L	K	V	V	D	S	T
Template Known Secondary structure											S	S		S	S	T	T	S					S		B	S	S	S		T	T	S							T	T	T	T					G	G	G				G	G	G	G					T	T	S	S		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		483	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.
		443	.	.	.	.		.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460														.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure							.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence							.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	L	T	P	G	.	G	I	L	A	S	E	Y	E	T	G	E	Q	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	K	P	N	G	W	A	P	L	Q	W	M	A	I	Q	G	F	K	M	Y	G	D	D	L	L	G	D	E	I	A	R	S	W	L	K	T	V	N	Q	F	Y	L	E	Q	H	K	L	I
Query Conservation							.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			.																					.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																				.																					.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	K	V	D	T	P	K	G	P	S	W	Y	R	Y	N	H	D	G	Y	G	E	P	S	K	T	E	L	Y	H	G	A	G	K	G	.	R	L	W	P	L	L	T	G	E	R	G	M	Y	E	I	A	A	G	K	D	.	.	.	.	.	.	A	T	P	Y	V	K	A	M	E	K	F	A	N	E	G	G	I	I	S
Template Known Secondary structure		S					T	T						S	S	T	T				S		S	B	T	T	B			S	S	S	S			.		B	B														T	T			.	.	.	.	.	.												S		T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																				.																					.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		563	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.		.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.							.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.
		509	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	K	Y	H	I	A	D	G	V	P	R	E	G	G	G	G	E	Y	P	L	Q	D	G	F	G	W	T	N	G	V	V	R	R	L	I	G
Query Conservation
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	Q	V	W	E	D	T	G	L	P	T	D	S	A	S	P	.	.	.	.	.	.	.	L	N	W	A	H	A	E	Y	V	I	L	F	A
Template Known Secondary structure		S		B		T	T	T			B		S	S		S	S	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		636	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.								.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.

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Please cite: Protein structure prediction on the web: a case study using the Phyre server
Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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