Job Description Q9JMS5 Confidence 26.55% Date Wed Jan 25 15:21:16 GMT 2012 Rank 37 Aligned Residues 220 % Identity 16% Template d1t16a_ SCOP info Transmembrane beta-barrels Porins Outer membrane protein transport protein Resolution 2.60

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		1512	.	.	.	.	.	.	.	1520					.	.	.	.	.	.	.	.	.	1530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1580	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.																																																																		.	.
Query SS confidence											.	.	.	.																																																																		.	.
Query Sequence		Y	N	Y	S	H	I	G	I	M	.	.	.	.	G	G	M	G	S	A	A	N	K	T	T	S	T	N	N	K	R	A	T	G	N	V	D	G	Y	T	L	G	L	Y	H	V	F	Q	Q	N	I	S	D	G	L	N	E	S	E	R	Q	G	L	W	T	Y	S	S	I	Q	Y	M	D	Y	D	N	S	V	S	.	.
Query Conservation											.	.	.	.																																																																		.	.
Alig confidence											.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.
Template Conservation																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	D	Q	F	G	W	G	A	S	I	T	S	N	Y	G	L	A	T	E	F	N	D	T	Y	A	G	G	S	V	G	G	T	T	D	L	E	T	M	N	L	N	L	S	G	A	Y	R	L	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	A	W	S	F	G	L	G	F	N	A	V	Y	A	R	A	K	I	E	R	F
Template Known Secondary structure		S	S	S											B								T	T		T	T	G	G	G		S																		S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		89	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.											.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.
																																			1586	.	.	.	1590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1620	.	.	.	.	.	.	.		.	.	1630	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	T	N	N	F	K	A	N	Y	G	V	N	G	F	R	L	T	G	E	V	G	Y	L	K	N	I	G	G	I	Q	P	S	D	F	Y	V	E	P	K	L	Y	L	.	S	H	T	E
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.													.
Template Conservation																																																													.	.	.	.
Template Sequence		A	G	D	L	G	Q	L	V	A	G	Q	I	M	Q	S	P	A	G	Q	T	Q	Q	G	Q	A	L	A	A	T	A	N	G	I	D	S	N	T	K	I	A	H	L	N	G	N	Q	W	G	F	G	W	N	A	G	I	L	Y	E	L	.	.	.	.	D	K	N	N	R	Y	A	L	T	Y	R	S	E	V	K	I	D
Template Known Secondary structure				S												S	G	G	G	G	S															T	T																								.	.	.	.		T	T
Template Predicted Secondary structure																																																													.	.	.	.
Template SS confidence
		159	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.					.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.
		1632	.	.	.	.	.	.	.	1640	.	.														.	.	.	.	.	.	.	1650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1680	.	.	.	.	.	.	.		.	.	1690	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																														.
Query SS confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																														.
Query Sequence		L	S	G	G	V	V	E	D	L	Q	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	K	I	T	Y	P	N	S	L	T	I	I	E	P	G	V	F	F	S	Y	R	K	T	H	E	S	T	S	N	D	E	A	M	F	K	D	Y	I	K	Q	S	V	V	D	A	.	W	F	G	G	G	Y	S	F	K	T
Query Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																														.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.								.
Template Conservation																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.
Template Sequence		F	K	G	N	Y	S	S	D	L	N	R	A	F	N	N	Y	G	L	P	I	P	T	A	T	G	G	A	T	Q	S	G	Y	L	T	L	N	L	P	E	M	W	E	V	S	G	Y	N	R	V	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	Q	W	A	I	H	Y	S	L	A	Y	T	S	W	S	.	Q	F
Template Known Secondary structure										S		G	G	G	T	T	S			S	S					T	T																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T												G	G	.	G
Template Predicted Secondary structure																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.
Template SS confidence
		235	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.													.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.		300	.
		1698	.	1700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1710	.	.	.	.				.	.	.	.	.	1720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1740	.	.	.													.	.	.	.	.	.	1750	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	N	Y	S	R	T	N	F	D	S	D	M	V	E	Y	N	T	.	.	.	S	D	N	F	A	L	K	S	G	V	E	F	E	F	L	K	D	A	R	L	L	L	T	S	S	Y	S	I	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	D	R	N	L	S	F	I	L	G	G	N	Y	Y	F
Query Conservation																			.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	Q	L	K	A	T	S	T	S	G	D	T	L	F	Q	K	H	E	G	F	K	D	A	Y	R	I	A	L	G	T	T	Y	Y	Y	D	D	N	W	T	F	R	T	G	I	A	F	D	D	S	P	V	P	A	Q	N	R	S	I	S	I	P	D	Q	D	R	F	W	L	S	A	G	T	T	Y	A	F
Template Known Secondary structure									T	T	S																									S	S	S													S	S		T	T	T			S	S	S																S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		302	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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