Job Description Q9JMS5 Confidence 92.11% Date Wed Jan 25 15:21:16 GMT 2012 Rank 27 Aligned Residues 276 % Identity 13% Template d1osma_ SCOP info Transmembrane beta-barrels Porins Porin Resolution 3.20

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		1423	.	.	.	.	.	.	1430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1500	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		W	Y	L	S	V	D	M	R	P	E	P	G	A	F	I	N	N	S	K	S	M	L	D	M	F	A	L	Q	R	Y	D	I	P	G	Q	H	R	Y	P	T	L	F	E	N	L	Y	N	N	G	M	W	I	Q	F	N	N	N	S	G	S	N	S	E	V	Y	D	N	L	K	T	S	Y	S	L	N	T	M	M	I	G
Query Conservation
Alig confidence																																																																											.	.
Template Conservation																																																																											.	.
Template Sequence		G	Q	W	E	Y	N	V	Q	A	N	N	T	E	S	S	S	D	Q	A	W	T	R	L	A	F	A	G	L	K	F	G	D	A	G	S	F	D	Y	G	R	N	Y	G	V	V	Y	D	V	T	S	W	T	D	V	L	P	E	F	G	G	D	T	Y	G	S	D	N	F	L	Q	S	R	A	.	.	N	G	V	A	T
Template Known Secondary structure											S	S		T	T																	T	T	S											T	T					G	G	G				S	S	S				S	S		T	T	S	T	T	S	S			.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																											.	.
Template SS confidence
		59	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.			.	.	.	.	.
		1503	.	.	.	.	.	.	1510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1530		.	.	.	.	.	.	.	.	.	1540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1580	.
Predicted Secondary structure																														.
Query SS confidence																														.
Query Sequence		G	D	I	Y	N	W	T	D	G	Y	N	Y	S	H	I	G	I	M	G	G	M	G	S	A	A	N	K	T	.	T	S	T	N	N	K	R	A	T	G	N	V	D	G	Y	T	L	G	L	Y	H	V	F	Q	Q	N	I	S	D	G	L	N	E	S	E	R	Q	G	L	W	T	Y	S	S	I	Q	Y	M	D	Y	D
Query Conservation																														.
Alig confidence																														.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	R	N	S	D	F	F	G	L	V	D	G	L	N	F	A	L	Q	Y	Q	G	K	N	G	S	V	S	G	E	G	A	T	N	N	G	R	G	A	L	K	Q	N	G	D	G	F	G	T	S	V	T	Y	D	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	D	G	I	S	A	G	F	A	Y	A	N	S	K
Template Known Secondary structure					S	S	G	G	G	S	S	T	T											B			S	S	T	T	T			T	T				G	G	G		B		S											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T
Template Predicted Secondary structure																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		139	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.													.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.
		1582	.		.	.	.	.	.	.	1590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1660
Predicted Secondary structure				.
Query SS confidence				.
Query Sequence		N	S	.	V	S	S	T	N	N	F	K	A	N	Y	G	V	N	G	F	R	L	T	G	E	V	G	Y	L	K	N	I	G	G	I	Q	P	S	D	F	Y	V	E	P	K	L	Y	L	S	H	T	E	L	S	G	G	V	V	E	D	L	Q	G	G	K	I	T	Y	P	N	S	L	T	I	I	E	P	G	V	F	F
Query Conservation				.
Alig confidence				.																					.	.							.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																									.	.							.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	T	D	D	Q	N	Q	L	L	L	G	E	G	D	H	A	E	T	Y	T	G	G	L	.	.	K	Y	D	A	N	N	.	.	.	.	.	.	.	I	Y	L	A	T	Q	Y	T	Q	T	Y	N	A	T	R	A	G	S	L	G	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure								T	S	S	B				S										.	.					T	T	.	.	.	.	.	.	.												S		S			T	T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																									.	.							.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		196	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.			.	220	.	.	.	.								.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.
		1661	.	.	.	.	.	.	.	.	1670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1680	.	.	.	.	.	.	.		.	.	1690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1730	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																													.
Query SS confidence																													.
Query Sequence		S	Y	R	K	T	H	E	S	T	S	N	D	E	A	M	F	K	D	Y	I	K	Q	S	V	V	D	A	.	W	F	G	G	G	Y	S	F	K	T	G	N	Y	S	R	T	N	F	D	S	D	M	V	E	Y	N	T	S	D	N	F	A	L	K	S	G	V	E	F	E	F	L	K	D	A	R	L	L	L	T	S	S
Query Conservation																													.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	N	K	A	Q	N	F	E	V	A	A	Q	Y	Q	F	D	F	G	L	R	P	S	V	A	Y	L	Q	S	K	G	K	D	L	N	G	Y	G	D	Q	D	I	L	K	Y	V	D	V	G	A	T	Y	Y	F	N	K	N	M	S	T	Y	V	D	Y	K
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S														T	T	S																S	S	S		S																	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																		251	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.
		1740	.	.	.	.	.											.	.	.	.	1750	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	S	I	N	N	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	N	L	S	F	I	L	G	G	N	Y	Y	F
Query Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	N	L	L	D	D	N	S	F	T	R	S	A	G	I	S	T	D	D	V	V	A	L	G	L	V	Y	Q	F
Template Known Secondary structure															T				S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		315	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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