Job Description P17888 Confidence 99.61% Date Wed Jan 25 15:20:40 GMT 2012 Rank 109 Aligned Residues 304 % Identity 22% Template c3juxA_ PDB info PDB header:protein transport Chain: A: PDB Molecule:protein translocase subunit seca; PDBTitle: structure of the translocation atpase seca from thermotoga2 maritima Resolution 3.10 Å

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		209	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260				.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																						.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																						.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	I	H	S	A	A	D	T	F	S	A	W	L	L	A	G	V	T	G	S	G	K	T	E	V	Y	L	S	V	L	E	N	V	L	A	Q	G	K	Q	A	L	V	M	V	P	E	I	G	L	T	P	Q	.	.	.	T	I	A	R	F	R	E	R	F	N	A	P	V	E	V	L	H	S	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																						.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																						.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	V	M	G	G	I	A	L	H	E	G	K	V	A	E	M	K	T	G	E	G	K	T	L	A	A	T	M	P	I	Y	L	N	A	L	I	G	K	G	V	H	L	V	T	V	N	D	Y	L	A	R	R	D	A	L	W	M	G	P	V	Y	L	F	L	G	L	R	V	G	V	I	N	S	L	G	K	S	Y	E	V
Template Known Secondary structure											T	T							T	T	S						T									T	T	S	S							S	S																		T	T								T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																																													279	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.		.	.	310	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.							.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.							.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	L	N	D	S	E	R	L	S	A	W	L	K	A	K	N	G	E	A	A	I	V	I	G	T	R	S	A	L	.	F	T	P	F	K	N	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.							.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.												.							.
Template Conservation																																																									.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	W	K	N	P	D	L	A	R	K	A	I	E	E	N	W	S	V	W	P	D	G	F	N	G	E	V	L	K	E	E	S	M	N	K	E	A	V	E	A	F	Q	V	E	L	K	E	I	T	R	K	E	A	Y	L	.	.	.	.	.	.	C	D	V	T	Y	G	T	N	N	E	F	G	F	D	Y	L	R	D	N
Template Known Secondary structure				S	S										T	T			S	S		T	T			S	S	S			G	G	G	S						T	T	T						B									.	.	.	.	.	.	S	S																	T
Template Predicted Secondary structure																																																									.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.							.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.
														314	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	G	V	I	V	I	D	E	E	H	D	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	V	L	D	Y	N	D	K	V	Q	R	G	H	F	Y	A	I	V	D	E	A	D	S	V	L	I	D	E	A	R	T	P	L	I	I	S	G	P	S	K	E	S	P	S	V	Y	R	R	F	A	Q	I	A	K	K	F	V	K	D	K	D	F	T	V	D	E	K	A	R	T	I	I	L	T	E	E	G	V	A	K
Template Known Secondary structure		S		S	S	T	T	S													T						T	T	G	G	G	S										S												T	T	S	S		B	T	T	T						S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		234	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.
												327	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	K	Q	Q	E	G	W	R	Y	H	A	R	D	L	A	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	E	K	I	I	G	V	E	N	L	Y	D	P	G	N	V	S	L	L	Y	H	L	I	N	A	L	K	A	L	H	L	F	K	K	D	V	D	Y	V	V	M	N	G	E	V	I	I	V	D	E	F	T	G	R	L	L	P	G	R	R	Y	S	G	G	L	H	Q	A	I	E	A	K	E	G	V	P	I	K	E	E
Template Known Secondary structure							T		S		T	T	S	G	G	G																	S	T	T	T	S	S					T	T						S	S	S	S		S				S				G	G	G										S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		314	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.
														343	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	R	A	H	S	E	Q	I	P	I	I	L	G	S	A	T	P	A	L	E	T	L	C	N	V	Q	Q	K	K	Y	R	L	L	R	L	T	R	R	A	G	N	A	R	P	A	I	Q	H	V	L	D	L	K	G	Q	K	V	Q	A	G	L	A	P	A	L	I	T	R
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.	.																														.	.	.	.
Template Conservation																			.	.	.																														.	.	.	.
Template Sequence		S	I	T	Y	A	T	I	T	F	Q	N	Y	F	R	M	Y	E	.	.	.	K	L	A	G	M	T	G	T	A	K	T	E	E	S	E	F	V	Q	V	Y	G	M	E	V	V	V	I	P	T	.	.	.	.	H	K	P	M	I	R	K	D	H	D	D	L	V	F	R	T	Q	K	E	K	Y	E	K	I	V	E	E
Template Known Secondary structure															T	T	S	S	.	.	.							S	S		G	G	G								S										.	.	.	.	S	S													S	S
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.																														.	.	.	.
Template SS confidence
		394	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410				.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.					440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.
		411	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	R	Q	H	L	Q	A	D	N	Q	V	I	L	F	L	N	R	R	G	F	A	P	A	L	L	C	H	D	C	G	W	I	A	E	C	P	R	C	D	H	Y	Y	T	L	H	Q	A	Q	H	H	L	R	C	H	H	C	D	S	Q	R	P	V	P	R	Q	C	P	S	C	G	S	T	H	L	V	P	V	G	L	G
Query Conservation
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	E	K	R	Y	K	K	G	Q	P	V	L	V	G	T	T	S	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure									T								S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		467	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.
		491	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.				.	550	.	.						.	.	.	.	.	.	.	560	.	.
Predicted Secondary structure																																																												.	.	.					.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																												.	.	.					.	.	.	.	.
Query Sequence		T	E	Q	L	E	Q	T	L	A	P	L	F	P	G	V	P	I	S	R	I	D	R	D	T	T	S	R	K	G	A	L	E	Q	Q	L	A	E	V	H	R	G	G	A	R	I	L	I	G	T	Q	M	L	A	K	G	H	H	F	.	.	.	P	D	V	T	.	.	.	.	.	L	V	A	L	L	D	V	D	G	A
Query Conservation																																																												.	.	.					.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.																																									.	.															.	.	.					.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.																																									.	.
Template Sequence		.	.	E	K	S	E	L	L	S	S	M	L	K	K	K	G	I	P	H	Q	V	L	N	A	K	Y	H	E	K	E	A	E	I	V	A	K	A	G	Q	K	G	M	.	.	V	T	I	A	T	N	M	A	G	R	G	T	D	I	K	L	G	P	G	V	A	E	L	G	G	L	C	I	I	G	T	E	R	H	E	S
Template Known Secondary structure		.	.												T	T	T								S															S	T	T		.	.						T	T	T	T	T	T							T	T	T	T	T	T	T	S						S	S			S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.																																									.	.
Template SS confidence
				485	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.			.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560
		563	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	F	S	A	D	F	R	S	A	E	R	F	A	Q	L	Y	T	Q	V	A	G	R	A	G	R	A	G	K	Q	G	E	V	V	L	Q	T	H	H	P	E	H
Query Conservation
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	R	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	N	Q	L	R	G	R	A	G	R	Q	G	D	P	G	E	S	I	F	F	L	S	L	E	D	D
Template Known Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						T	T	S	S		S	S											T	T	S
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		561	.	.													.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.