Job Description P17888 Confidence 99.96% Date Wed Jan 25 15:20:40 GMT 2012 Rank 50 Aligned Residues 313 % Identity 20% Template c3dl8B_ PDB info PDB header:protein transport Chain: B: PDB Molecule:protein translocase subunit seca; PDBTitle: structure of the complex of aquifex aeolicus secyeg and2 bacillus subtilis seca Resolution 7.50 Å

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		197	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260				.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																		.	.	.
Query SS confidence																																																																		.	.	.
Query Sequence		L	R	L	N	T	E	Q	A	T	A	V	G	A	I	H	S	A	A	D	T	F	S	A	W	L	L	A	G	V	T	G	S	G	K	T	E	V	Y	L	S	V	L	E	N	V	L	A	Q	G	K	Q	A	L	V	M	V	P	E	I	G	L	T	P	Q	.	.	.	T	I	A	R	F	R	E	R	F	N	A	P	V
Query Conservation																																																																		.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.																																										.	.	.
Template Conservation																			.	.	.	.	.	.
Template Sequence		M	F	P	F	K	V	Q	L	M	G	G	V	A	L	H	D	G	.	.	.	.	.	.	N	I	A	E	M	K	T	G	E	G	K	T	L	T	S	T	L	P	V	Y	L	N	A	L	T	G	K	G	V	H	V	V	T	V	N	E	Y	L	A	S	R	D	A	E	Q	M	G	K	I	F	E	F	L	G	L	T	V
Template Known Secondary structure						S	T	T										S	.	.	.	.	.	.	S					S	S	S	S		T													T	T	S	S							S												T							T	T
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		79	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.							.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.
		274	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.		.	.	310	.														.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																				.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																				.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	V	L	H	S	G	L	N	D	S	E	R	L	S	A	W	L	K	A	K	N	G	E	A	A	I	V	I	G	T	R	S	A	L	.	F	T	P	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	N	L	G	V	I	V	I	D	E	E	H	D	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																				.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.												.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																			.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	L	N	L	N	S	M	S	K	D	E	K	R	E	A	Y	A	.	.	.	.	.	.	A	D	I	T	Y	S	T	N	N	E	L	G	F	D	Y	L	R	D	N	M	V	L	Y	K	E	Q	M	V	Q	R	P	L	H	F	A	V	I	D	E	V	D	S	I	L	I	D	E	A	R	T	P	L	I	I	S	G	Q
Template Known Secondary structure			B			S	S			S	S								.	.	.	.	.	.	S	S																T	T	T		S		S															T	T	T	T	T	T	T			S				B
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		153	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.							170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.
																																																					326	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	Y	K	Q	Q	E	G	W	R	Y	H	A	R	D	L	A	V	Y	R	A	H	S	E	Q	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	A	K	S	T	K	L	Y	V	Q	A	N	A	F	V	R	T	L	K	A	E	K	D	Y	T	Y	D	I	K	T	K	A	V	Q	L	T	E	E	G	M	T	K	A	E	K	A	F	G	I	D	N	L	F	D	V	K	H	V	A	L	N	H	H	I	N	Q	A	L	K	A	H	V	A	M	Q	K	D	V	D	Y
Template Known Secondary structure			S	S																		S		S	T	T				S	S	S															S	S				S				T	T	T																	S		T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		227	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.
																																																												350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	P	I	I	L	G	S	A	T	P	A	L	E	T	L	C	N	V	Q	Q	K	K
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	V	E	D	G	Q	V	V	I	V	D	S	F	T	G	R	L	M	K	G	R	R	Y	S	E	G	L	H	Q	A	I	E	A	K	E	G	L	E	I	Q	N	E	S	M	T	L	A	T	I	T	F	Q	N	Y	F	R	M	Y	E	K	L	A	G	M	T	G	T	A	K	T	E	E	E	E	F	R	N	I	Y	N
Template Known Secondary structure		B		T	T	T			B		B		T	T	T		S		B		S			S		T	T										S										B										T	T	S	S						S				S									T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		307	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.
		372	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	R	L	L	R	L	T	R	R	A	G	N	A	R	P	A	I	Q	H	V	L	D	L	K	G	Q	K	V	Q	A	G	L	A	P	A	L	I	T	R	M	R	Q	H	L	Q	A	D	N	Q	V	I	L	F	L	N	R	R	G	F	A	P	A	L	L	C	H	D	C	G	W	I	A	E	C	P	R	C	D	H	Y
Query Conservation
Alig confidence																															.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																															.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		M	Q	V	V	T	I	P	T	N	R	P	V	V	R	D	D	R	P	D	L	I	Y	R	T	M	E	G	K	F	.	.	.	.	K	A	V	A	E	D	V	A	Q	R	Y	M	T	G	Q	P	V	L	V	G	T	V	A	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure										S	S	T	T		S										S	S	T				.	.	.	.														T								S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																															.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		387	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.					.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		452	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	T	L	H	Q	A	Q	H	H	L	R	C	H	H	C	D	S	Q	R	P	V	P	R	Q	C	P	S	C	G	S	T	H	L	V	P	V	G	L	G	T	E	Q	L	E	Q	T	L	A	P	L	F	P	G	V	P	I	S	R	I	D	R	D	T	T	S	R	K	G	A	L	E	Q	Q	L	A	E	V	H	R	G
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	T	S	E	L	I	S	K	L	L	K	N	K	G	I	P	H	Q	V	L	N	A	K	N	H	E	R	E	A	Q	I	I	E	E	A	G	Q	K	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														T							S	S	S												S	S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																											440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.
		532	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.				.	550	.	.						.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.					.	.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.					.	.	.	.	.
Query Sequence		G	A	R	I	L	I	G	T	Q	M	L	A	K	G	H	H	F	.	.	.	P	D	V	T	.	.	.	.	.	L	V	A	L	L	D	V	D	G	A	L	F	S	A	D	F	R	S	A	E	R	F	A	Q	L	Y	T	Q	V	A	G	R	A	G	R	A	G	K	Q	G	E	V	V	L	Q	T	H	H	P	E	H
Query Conservation																			.	.	.					.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.																.	.	.					.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	A	V	T	I	A	T	N	M	A	G	R	G	T	D	I	K	L	G	E	G	V	K	E	L	G	G	L	A	V	V	G	T	E	R	H	E	S	R	R	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	N	Q	L	R	G	R	S	G	R	Q	G	D	P	G	I	T	Q	F	Y	L	S	M	E	D	E
Template Known Secondary structure		.	.							T	T	T	S	S								S	S	G	G	G	S	S	S						S	S			S	S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							T	S		S	S	S											T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
				479	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.													.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.