Job Description P17888 Confidence 100.00% Date Wed Jan 25 15:20:40 GMT 2012 Rank 41 Aligned Residues 338 % Identity 18% Template c2i4iA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:atp-dependent rna helicase ddx3x; PDBTitle: crystal structure of human dead-box rna helicase ddx3x Resolution 2.20 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		157	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	L	E	F	N	D	A	A	L	Q	A	L	R	K	K	G	L	C	D	L	A	S	E	T	P	E	F	S	D	W	R	T	N	Y	A	V	S	G	E	R	L	R	L	N	T	E	Q	A	T	A	V	G	A	I	H	S	A	A	D	T	F	S	A	W	L	L	A	G	V	T	G	S	G	K	T	E	V	Y	L	S
Query Conservation
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.
Template Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.
Template Sequence		D	V	E	M	G	E	I	I	M	G	N	I	E	L	T	R	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	R	P	T	P	V	Q	K	H	A	I	P	I	I	K	E	.	.	.	.	K	R	D	L	M	A	C	A	Q	T	G	S	G	K	T	A	A	F	L	L
Template Known Secondary structure		G	S														T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S														T	.	.	.	.	T									T	T	S
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.
Template SS confidence
		184	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.					.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.
		237	.	.	240	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.				.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.
Query SS confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.
Query Sequence		V	L	E	N	V	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	Q	G	K	Q	A	L	V	M	V	P	E	I	G	L	T	P	Q	T	I	A	R	F	R	E	R	F	N	A	.	.	.	P	V	E	V	L	H	S	G	L	N	D	S	E	R	L	S	A	W	L	K	A
Query Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.																					.
Template Conservation																																																																																	.
Template Sequence		P	I	L	S	Q	I	Y	S	D	G	P	G	E	A	L	R	A	M	K	E	N	G	R	Y	G	R	R	K	Q	Y	P	I	S	L	V	L	A	P	T	R	E	L	A	V	Q	I	Y	E	E	A	R	K	F	S	Y	R	S	R	V	R	P	C	V	V	Y	G	G	A	D	I	G	Q	Q	I	R	D	L	E	R	.
Template Known Secondary structure																							B	T	T	B	S		S	B			S						S	S																T	T	S	S								S	S	S										T	T	.
Template Predicted Secondary structure																																																																																	.
Template SS confidence
		237	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.
		293	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310								.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																				.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	N	G	E	A	A	I	V	I	G	T	R	S	A	L	F	T	P	.	.	.	.	.	.	.	F	K	N	L	G	V	I	V	I	D	E	E	H	D	S	S	Y	K	Q	Q	E	G	W	R	Y	H	A	R	D	L	A	V	Y	R	A	H	S	E	Q	I	P	I	I	L	G	S	A	T	P	A	L	E	T	L	C
Query Conservation																				.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.																.	.	.	.	.	.	.																						.
Template Conservation		.	.	.																																												.
Template Sequence		.	.	.	G	C	H	L	L	V	A	T	P	G	R	L	V	D	M	M	E	R	G	K	I	G	L	D	F	C	K	Y	L	V	L	D	E	A	D	R	M	L	D	M	G	F	E	.	P	Q	I	R	R	I	V	E	Q	D	T	M	P	P	K	G	V	R	H	T	M	M	F	S	A	T	F	P	K	E	I	Q	M
Template Known Secondary structure		.	.	.			S															T	T	S	B			T	T							S	S							T	T			.								T	S	S	S				B	T	T	B							S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.																																												.
Template SS confidence
					316	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.		.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.
		366	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	V	Q	Q	K	K	Y	R	L	L	R	L	T	R	R	A	G	N	A	R	P	A	I	Q	H	V	L	D	L	K	G	Q	K	V	Q	A	G	L	A	P	A	L	I	T	R	M	R	Q	H	L	Q	A	D	N	Q	V	I	L	F	L	N	R	R	G	F	A	P	A	L	L	C	H	D	C	G	W	I	A	E	C
Query Conservation
Alig confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	A	R	D	F	L	D	E	Y	I	F	L	A	V	G	T	S	E	N	I	T	Q	K	V	V	W	V	E	E	S	D	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure								S	S										S	S										G	G	G		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		392	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.
		446	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	R	C	D	H	Y	Y	T	L	H	Q	A	Q	H	H	L	R	C	H	H	C	D	S	Q	R	P	V	P	R	Q	C	P	S	C	G	S	T	H	L	V	P	V	G	L	G	T	E	Q	L	E	Q	T	L	A	P	L	F	P	G	V	P	I	S	R	I	D	R	D	T	T	S	R	K	G	A	L	E	Q	Q	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	S	F	L	L	D	L	L	N	A	T	G	K	D	S	L	T	L	V	F	V	E	T	K	K	G	A	D	S	L	E	D	F	L	Y	H	E	G	Y	A	C	T	S	I	H	G	D	R	S	Q	R	D	R	E	E	A	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										T			T	T								S	S														T	T								T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																									428	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.
		526	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	E	V	H	R	G	G	A	R	I	L	I	G	T	Q	M	L	A	K	G	H	H	F	P	D	V	T	L	V	A	L	L	D	V	D	G	A	L	F	S	A	D	F	R	S	A	E	R	F	A	Q	L	Y	T	Q	V	A	G	R	A	G	R	A	G	K	Q	G	E	V	V	L	Q	T	H	H	P	E	H	P	L
Query Conservation
Alig confidence																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.
Template Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.
Template Sequence		H	Q	F	R	S	G	K	S	P	I	L	V	A	T	A	V	A	A	R	G	L	D	I	S	N	V	K	H	V	I	N	F	D	L	P	S	D	I	E	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	V	H	R	I	G	R	T	G	R	.	.	N	L	G	L	A	T	S	F	F	N	E	R	N	I	N	I
Template Known Secondary structure							T	S	S											T	T	S											S	S			S	S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						T	T	B			.	.											G	G	G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.
Template SS confidence
		485	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.													.	.	.	.	.	530	.	.	.	.			.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550
		606	.	.	.	610	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	Q	T	L	L	Y
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		T	K	D	L	L	D
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		553	.	.	.	.	.