Job Description P17888 Confidence 100.00% Date Wed Jan 25 15:20:40 GMT 2012 Rank 9 Aligned Residues 327 % Identity 18% Template c1gl9B_ PDB info PDB header:topoisomerase Chain: B: PDB Molecule:reverse gyrase; PDBTitle: archaeoglobus fulgidus reverse gyrase complexed with adpnp Resolution 3.2 Å

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		198	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.
Predicted Secondary structure																																																																												.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																												.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	L	N	T	E	Q	A	T	A	V	G	A	I	H	S	A	A	D	T	F	S	A	W	L	L	A	G	V	T	G	S	G	K	T	E	V	Y	L	S	V	L	E	N	V	L	A	Q	G	K	Q	A	L	V	M	V	P	E	I	G	L	T	P	Q	T	I	A	R	F	R	E	R	F	N	A	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																												.	.	.	.	.	.
Alig confidence																	.	.	.	.																																																								.	.	.	.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.
Template Sequence		E	P	R	A	I	Q	K	M	W	A	K	R	I	L	R	.	.	.	.	K	E	S	F	A	A	T	A	P	T	G	V	G	K	T	S	F	G	L	A	M	S	L	F	L	A	L	K	G	K	R	C	Y	V	I	F	P	T	S	L	L	V	I	Q	A	A	E	T	I	R	K	Y	A	E	K	A	G	V	G	T	E
Template Known Secondary structure		S														T	.	.	.	.	T									B	T	S															T	T	T								S	S																T	T	T					T
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.
Template SS confidence
		56	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70					.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.
			272	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310				.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.							.	340	.
Predicted Secondary structure		.																																								.	.	.																													.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.																																								.	.	.																													.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	P	V	E	V	L	H	S	G	L	N	D	S	E	R	L	S	A	W	L	K	A	K	N	G	E	A	A	I	V	I	G	T	R	S	A	L	F	T	P	.	.	.	F	K	N	L	G	V	I	V	I	D	E	E	H	D	S	S	Y	K	Q	Q	E	G	W	R	Y	H	A	R	.	.	.	.	.	.	D	L	A
Query Conservation		.																																								.	.	.																													.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.																				.	.																			.	.	.																													.	.	.	.	.	.
Template Conservation																						.	.
Template Sequence		N	L	I	G	Y	Y	H	G	R	I	P	K	R	E	K	E	N	F	M	Q	.	.	N	L	R	N	F	K	I	V	I	T	T	T	Q	F	L	S	K	H	Y	R	E	L	G	H	F	D	F	I	F	V	D	D	V	D	A	I	L	K	A	S	K	N	V	D	K	L	L	H	L	L	G	F	H	Y	D	L	K	T
Template Known Secondary structure		T	T						S												T	.	.	T	T	T	S		S													S	S	S	S				S					S		S					T	S												T				B	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																						.	.
Template SS confidence
		132	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.			.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		342	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	Y	R	A	H	S	E	Q	I	P	I	I	L	G	S	A	T	P	A	L	E	T	L	C	N	V	Q	Q	K	K	Y	R	L	L	R	L	T	R	R	A	G	N	A	R	P	A	I	Q	H	V	L	D	L	K	G	Q	K	V	Q	A	G	L	A	P	A	L	I	T	R	M	R	Q	H	L	Q	A	D	N	Q	V
Query Conservation
Alig confidence																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	S	W	V	G	E	A	R	G	C	L	M	V	S	T	A	T	A	K	K	G	K	K	A	E	L	F	R	Q	L	L	N	F	D	I	G	S	S	R	I	T	V	R	N	V	E	D	V	A	V	N	D	E	S	I	S	T	L	S	S	I	L	E	K	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	T	G	G
Template Known Secondary structure		T	B							S							B	S	S				T	T	T								S					B	S													S				T	T	T	T					T	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S
Template Predicted Secondary structure																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.												.	.	.	.
		422	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	L	F	L	N	R	R	G	F	A	P	A	L	L	C	H	D	C	G	W	I	A	E	C	P	R	C	D	H	Y	Y	T	L	H	Q	A	Q	H	H	L	R	C	H	H	C	D	S	Q	R	P	V	P	R	Q	C	P	S	C	G	S	T	H	L	V	P	V	G	L	G	T	E	Q	L	E	Q	T	L	A	P	L
Query Conservation
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	I	Y	A	R	T	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	E	A	E	E	I	Y	E	S
Template Known Secondary structure						S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								T	T
Template Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		279	280	.	.	.	.	.																																																																	.	.	.	.	290	.	.	.	.
		502	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.					.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550		.	.	.	.	.	.	.	.	.	560
Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.													.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																							.	.	.	.													.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	P	G	V	P	I	S	R	I	D	R	D	T	T	S	R	K	G	A	L	E	Q	Q	L	A	E	V	H	R	G	G	A	R	I	L	I	G	.	.	.	.	T	Q	M	L	A	K	G	H	H	F	P	D	.	V	T	L	V	A	L	L	D	V	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																							.	.	.	.													.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.													.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation						.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	K	N	K	.	.	.	.	.	.	F	R	I	G	I	V	T	A	T	K	K	G	D	Y	E	K	F	V	E	G	E	I	D	H	L	I	G	T	A	H	Y	Y	G	T	L	V	R	G	L	D	L	P	E	R	I	R	F	A	V	F	V	G	C	P	S	F	R	V	T	I	E	D	I	D	S	L	S	P	Q	M
Template Known Secondary structure		S	S	S	S	.	.	.	.	.	.	S				B		S	S	S										T	T	S		S												T	G	G	G	T			T	T	T								S								T	T	T		S	S	S		G	G	G
Template Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		295	.	.	.							.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.
																																													561	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.			.	.	590	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	A	L	F	S	A	D	F	R	S	A	E	R	F	A	Q	L	Y	T	Q	V	A	G	R	A	G	R	.	.	A	G	K	Q	G	E	V	V
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	K	L	L	A	Y	L	Y	R	N	V	D	E	I	E	R	L	L	P	A	V	E	R	H	I	D	E	V	R	E	I	L	K	K	V	M	G	K	E	R	P	Q	A	K	D	V	V	V	R	E	G	E	V	I	F	P	D	L	R	T	Y	I	Q	G	S	G	R	T	S	R	L	F	A	G	G	L	T	K	G	A
Template Known Secondary structure							S	S			T	T	T	T					S	S		S	T	T		S										S	S	S	S						S	S	S	B		S	S	S																T	T					T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		369	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.
		596	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	Q	T	H	H	P	E	H	P	L	L	Q	T	L	L	Y
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		S	F	L	L	E	D	D	S	E	L	L	S	A	F	I	E
Template Known Secondary structure							S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		449	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.