Job Description P0AD99 Confidence 99.76% Date Thu Jan 5 11:20:24 GMT 2012 Rank 3 Aligned Residues 385 % Identity 15% Template c3lrcC_ PDB info PDB header:transport protein Chain: C: PDB Molecule:arginine/agmatine antiporter; PDBTitle: structure of e. coli adic (p1) Resolution 4.00 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.			.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																															.	.
Query SS confidence																																																															.	.
Query Sequence		T	H	Q	L	R	S	R	D	I	I	A	L	G	F	M	T	F	A	L	F	V	G	A	G	N	I	I	F	P	P	M	V	G	L	Q	A	G	E	H	V	W	T	A	A	F	G	F	L	I	T	A	V	G	L	P	V	L	T	V	V	A	.	.	L	A	K	V	G	G	G	V	D	S	L	S	T	P	I	G	K
Query Conservation																																																															.	.
Alig confidence																.	.	.																																													.	.
Template Conservation																.	.	.
Template Sequence		A	H	K	V	G	L	I	P	V	T	L	M	V	S	.	.	.	G	N	I	M	G	S	G	V	F	L	L	P	A	N	L	A	S	T	G	G	I	A	I	Y	G	W	L	V	T	I	I	G	A	L	G	L	S	M	V	Y	A	K	M	S	F	L	D	P	S	P	G	G	S	Y	A	Y	A	R	R	C	F	G	P
Template Known Secondary structure			S	S												.	.	.		T	T	S	S	S	S	T	T	T					T	T	S	S					S																						T	T				S	S		T	T	T	G	G	G	G	T	T
Template Predicted Secondary structure																.	.	.
Template SS confidence
		7	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20				.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.
		80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	A	G	V	L	L	A	T	V	C	Y	L	A	V	G	P	L	F	A	T	P	R	T	A	T	V	S	F	E	V	G	I	A	P	L	T	G	D	S	A	L	P	L	F	I	Y	S	L	V	Y	F	A	I	V	I	L	V	S	L	Y	P	G	K	L	L	D	T	V	G	N	F	L	A	P	L	K	I	I	A	L
Query Conservation
Alig confidence																																								.
Template Conservation																																								.
Template Sequence		F	L	G	Y	Q	T	N	V	L	Y	W	L	A	C	W	I	G	N	I	A	M	V	V	I	G	V	G	Y	L	S	Y	F	F	P	I	L	K	D	.	P	L	V	L	T	I	T	C	V	V	V	L	W	I	F	V	L	L	N	I	V	G	P	K	M	I	T	R	V	Q	A	V	A	T	V	L	A	L	I	P	I
Template Known Secondary structure													T	T	T	T											T	G	G	G	S	S	S	S					S	.	S	S																			S		S
Template Predicted Secondary structure																																								.
Template SS confidence
		84	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.		.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.
		160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	I	L	S	V	A	A	I	V	W	P	A	G	S	I	S	T	A	T	E	A	Y	Q	N	A	A	F	S	N	G	F	V	N	G	Y	L	T	M	D	T	L	G	A	M	V	F	G	I	V	I	V	N	A	A	R	S	R	G	V	T	E	A	R	L	L	T	R	Y	T	V	W	A	G	L	M	A	G	V	G	L
Query Conservation
Alig confidence																.	.	.	.
Template Conservation																.	.	.	.
Template Sequence		V	G	I	A	V	F	G	W	F	W	F	R	G	E	.	.	.	.	T	Y	M	A	A	W	N	V	S	G	L	G	T	F	G	A	I	Q	S	T	L	N	V	T	L	W	S	F	I	G	V	E	S	A	S	V	A	A	G	V	V	K	N	P	K	R	N	V	P	I	A	T	I	G	G	V	L	I	A	A	V	C
Template Known Secondary structure											S			S	S	.	.	.	.							S		S	S	S						T								S	T	T		T	T	G	G	G					G	G	G	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																.	.	.	.
Template SS confidence
		163	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.					.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.
		240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.														.	.
Predicted Secondary structure																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	L	L	Y	L	A	L	F	R	L	G	S	D	S	A	S	L	V	D	Q	S	A	N	G	A	A	I	L	H	A	Y	V	Q	H	T	F	G	G	G	G	S	F	L	L	A	A	L	I	F	I	A	C	L	V	T	A	V	G	L	T	C	A	C	A	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	F
Query Conservation																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	V	L	S	T	T	A	I	M	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	I	P	N	T	A	G	A	I	V	S	F	C	A	A	A	G	C	L	G	S	L	G	G	W	T	L	L	A	G	Q	T	A	K	A	A	A	D	D	G	L	F	P	P	I	F
Template Known Secondary structure						T	T				S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						T										T																T	T	S	S	T	T	T	S	S		S
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		239	240	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.
		307	.	.	310	.		.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.									.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure							.																						.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence							.																						.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	Q	Y	V	P	.	L	S	Y	R	T	L	V	F	I	L	G	G	F	S	M	V	V	S	N	L	G	.	.	.	.	.	.	.	.	L	S	Q	L	I	Q	I	S	V	P	V	L	T	A	I	Y	P	P	C	I	A	L	V	V	L	S	F	T	R	S	W	W	H	N	S	S	R	V	I	A	P	P	M	F	I
Query Conservation							.																						.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.																						.	.	.	.	.	.	.	.																	.
Template Conservation																																																					.
Template Sequence		A	R	V	N	K	A	G	T	P	V	A	G	L	I	I	V	G	I	L	M	T	I	F	Q	L	S	S	I	S	P	N	A	T	K	E	F	G	L	V	S	S	V	S	V	I	F	T	L	V	P	Y	.	L	Y	T	C	A	A	L	L	L	L	G	H	G	H	F	G	K	A	R	P	A	Y	L	A	V	T	T	I
Template Known Secondary structure						S	S	S	S																	T	T	S	S	S		S	S	S	S	S			S	S	T	T						T	T				.										T		T	T		S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																					.
Template SS confidence
		315	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.		.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.
		378	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	L	L	F	G	I	L	D	G	I	K	A	S	A	F	S	D	I	L	P	S	W	A	Q	R	L	P	L	A	E	Q	G	L	A	W	L	M	P	T	V	V	M	V	V	L	A	I	I	W	D	R	A	A	G	R	Q	V	T
Query Conservation
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	F	L	Y	C	I	W	A	V	V	G	S	G	A	K	E	V	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	S	F	V	T	L	M	V	I	T	A	M	Y	A	L	N	Y	N	R	L	H	K	N	P
Template Known Secondary structure												S	S							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												T	T	T	S						S	S
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		394	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.