Job Description P0AD99 Confidence 99.44% Date Thu Jan 5 11:20:24 GMT 2012 Rank 5 Aligned Residues 405 % Identity 14% Template c3dh4A_ PDB info PDB header:transport protein Chain: A: PDB Molecule:sodium/glucose cotransporter; PDBTitle: crystal structure of sodium/sugar symporter with bound galactose from2 vibrio parahaemolyticus Resolution 2.70 Å

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		11	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.			70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																													.	.
Query SS confidence																																																													.	.
Query Sequence		I	A	L	G	F	M	T	F	A	L	F	V	G	A	G	N	I	I	F	P	P	M	V	G	L	Q	A	G	E	H	V	W	T	A	A	F	G	F	L	I	T	A	V	G	L	P	V	L	T	V	V	A	L	A	K	V	G	G	G	.	.	V	D	S	L	S	T	P	I	G	K	V	A	G	V	L	L	A	T	V
Query Conservation																																																													.	.
Alig confidence																																																													.	.
Template Conservation
Template Sequence		W	A	V	G	A	S	L	I	A	A	N	I	S	A	E	Q	F	I	G	M	S	G	S	G	Y	S	I	G	L	A	I	A	S	Y	E	W	M	S	A	I	T	L	I	I	V	G	K	Y	F	L	P	I	F	I	E	K	G	I	Y	T	I	P	E	F	V	E	K	R	F	N	K	K	L	K	T	I	L	A	V	F
Template Known Secondary structure														S					T									T		G	G	G																		T							T	T			S									T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		54	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.
		89	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.		.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																	.																														.	.	.
Query SS confidence																																																	.																														.	.	.
Query Sequence		C	Y	L	A	V	G	P	L	F	A	T	P	R	T	A	T	V	S	F	E	V	G	I	A	P	L	T	G	D	S	A	L	P	L	F	I	Y	S	L	V	Y	F	A	I	V	I	L	.	V	S	L	Y	P	G	K	L	L	D	T	V	G	N	F	L	A	P	L	K	I	I	A	L	V	I	L	S	V	.	.	.
Query Conservation																																																	.																														.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.																																		.																														.	.	.
Template Conservation											.	.	.	.	.
Template Sequence		W	I	S	L	Y	I	F	V	N	.	.	.	.	.	L	T	S	V	L	Y	L	G	G	L	A	L	E	T	I	L	G	I	P	L	M	Y	S	I	L	G	L	A	L	F	A	L	V	Y	S	I	V	V	W	T	D	V	I	Q	V	F	F	L	V	L	G	G	F	M	T	T	Y	M	A	V	S	F	I	G	G	T
Template Known Secondary structure									T		.	.	.	.	.																T	T																	T	T				S																										T	T
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.
Template SS confidence
		134	.	.	.	.	.	140	.	.						.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.
					165	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210							.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.																																															.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.																																															.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	A	A	I	V	W	P	A	G	S	I	S	T	A	T	E	A	Y	Q	N	A	A	F	S	N	G	F	V	N	G	Y	L	T	M	D	T	L	G	A	M	V	F	G	I	V	I	V	.	.	.	.	.	.	N	A	A	R	S	R	G	V	T	E	A	R	L	L	T	R	Y	T	V	W	A	G	L	M	A
Query Conservation		.	.	.																																															.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.																																															.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	G	W	F	A	G	V	S	K	M	V	D	A	A	P	G	H	F	E	M	I	L	D	Q	S	N	P	Q	Y	M	N	L	P	G	I	A	V	L	I	G	G	L	W	V	A	N	L	Y	Y	W	G	F	N	Q	Y	I	I	Q	R	T	L	A	A	K	S	V	S	E	A	Q	K	G	I	V	F	A	A	F	L	K
Template Known Secondary structure		S														G	G	G	G		S	S			S	S	S	S	G	G	G	G	S		T	T					S	T									T	T	T	T									S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		215	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.
		236	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.													250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.
Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	V	G	L	T	L	L	Y	L	A	L	F	R	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	S	D	S	A	S	L	V	D	Q	S	A	N	G	A	A	I	L	H	A	Y	V	Q	H	T	F	G	G	G	G	S	F	L	L	A	A	L	I	F	I	A	C	L	V	T	A	V	G	L	T	C	A	C	A
Query Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	I	V	P	F	L	V	V	L	P	G	I	A	A	Y	V	I	T	S	D	P	Q	L	M	A	S	L	G	D	I	A	A	T	N	L	P	S	A	A	N	A	D	K	A	Y	P	W	L	T	Q	F	L	P	V	G	V	K	G	V	V	F	A	A	L	A	A	A	I	V	S	S	L	A	S	M	L	N	S	T	A
Template Known Secondary structure				G	G	G	T	T																						T	T			S					S	S	S	G	G	G							T	T			T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		295	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.
		304	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.															.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.			.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.
Query SS confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.
Query Sequence		E	F	F	A	Q	Y	V	P	L	S	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	T	L	V	F	I	L	G	G	F	S	M	V	V	S	N	L	.	.	G	L	S	Q	L	I	Q	I	S	V	P	V	L	T	A	I	Y	P	P	C	I	A	L	V	V	L	S	F	T	R	S	W	W	H	N	S
Query Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.																														.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																											.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	I	F	T	M	D	I	Y	K	E	Y	I	S	P	D	S	G	D	H	K	L	V	N	V	G	R	T	A	A	V	V	A	L	I	I	A	C	L	I	A	P	M	L	G	G	I	G	Q	A	F	Q	Y	I	Q	E	Y	T	G	L	V	S	P	G	I	L	A	V	F	L	L	G	L	F	.	.	.	.	.	.	W
Template Known Secondary structure								T							S		S		S	S																					G	G	G	G	G	G		S											T	T	T														.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																											.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		375	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.							.
		368	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	R	V	I	A	P	P	M	F	I	S	L	L	F	G	I	L	D	G	I	K	A	S	A	F	S	D	I	L	P	S	W	A	Q	R	L	P	L	A	E	Q	G	L	A	W	L	M	P	T	V	V	M	V	V	L	A	I	I	W	D	R	A	A	G	R	Q	V	T	S	S
Query Conservation
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	K	T	T	S	K	G	A	I	I	G	V	V	A	S	I	P	F	A	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	L	K	F	M	P	L	S	M	P	F	M	D	Q	M	L	Y	T	L	L	F	T	M	V	V	I	A	F	T	S	L	S	T	S	I	N	D	D	D
Template Known Secondary structure		T	T																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				T	S	S	S																									T	T		S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		449	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.												.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.