Job Description P45545 Confidence 99.86% Date Thu Jan 5 12:03:04 GMT 2012 Rank 213 Aligned Residues 312 % Identity 12% Template c2vycA_ PDB info PDB header:lyase Chain: A: PDB Molecule:biodegradative arginine decarboxylase; PDBTitle: crystal structure of acid induced arginine decarboxylase2 from e. coli Resolution 2.4 Å

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		22	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.					.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																												.	.	.	.
Query SS confidence																												.	.	.	.
Query Sequence		V	D	S	I	C	R	H	F	P	G	S	E	F	L	T	G	G	D	L	G	L	T	P	G	L	N	.	.	.	.	Q	P	R	V	T	Q	R	V	E	Q	V	L	A	D	A	F	H	A	Q	A	A	A	L	V	Q	G	A	G	T	G	A	I	R	A	G	L	A	A	L	L	K	P	G	Q	R	L	L	V	H	D
Query Conservation																												.	.	.	.
Alig confidence																												.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	G	R	F	Y	H	D	Y	Y	G	E	N	L	F	R	T	D	M	G	I	E	R	T	S	L	G	S	L	L	D	H	T	G	A	F	G	E	S	E	K	Y	A	A	R	V	F	G	A	D	R	S	W	S	V	V	V	G	T	S	G	S	N	R	T	I	M	Q	A	C	M	T	D	N	D	V	V	V	V	D	R
Template Known Secondary structure																	T						T	T	T	T			T	T	T	T																T		S						S	S																T	T							S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		173	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.
		98	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.															.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.										.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	P	V	Y	P	T	T	R	V	I	I	E	Q	M	G	L	T	L	I	T	V	D	F	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	L	S	A	L	K	Q	V	V	D	E	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	P	D	A	A	L	V	Q	H	T	R	Q	Q	P	Q	D	S	Y	V	L	A
Query Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.											.
Template Conservation																																																																							.
Template Sequence		N	C	H	K	S	I	E	Q	G	L	M	L	T	G	A	K	P	V	Y	M	V	P	S	R	N	R	Y	G	I	I	G	P	I	Y	P	Q	E	M	Q	P	E	T	L	Q	K	K	I	S	E	S	P	L	T	K	D	K	A	G	Q	K	P	S	Y	C	V	V	T	N	C	.	T	Y	D	G	V	C	Y	N	A	K
Template Known Secondary structure		S																							B		T	T	S		B					G	G	G	G	S												T	T	T	G	G	G	T	T				S						S	S	.		T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																																																							.
Template SS confidence
		253	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.		.	.	.	.	.	.	.	.	330	.
		155	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.								.	180	.	.	.	.	.	.	.	.								.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.					.	.	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.
Query SS confidence																										.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.
Query Sequence		D	V	L	A	T	L	R	A	A	G	V	P	A	L	T	D	D	N	Y	A	V	M	K	V	.	.	.	.	.	.	.	A	R	I	G	C	E	C	G	A	N	.	.	.	.	.	.	.	V	S	T	F	S	C	F	K	L	F	G	P	E	G	V	G	A	V	V	G	D	A	D	V	.	.	.	.	I	N	R	I
Query Conservation																										.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.
Alig confidence																							.			.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.
Template Conservation																							.
Template Sequence		E	A	Q	D	L	L	E	K	T	S	D	R	L	H	F	D	E	A	W	Y	G	.	Y	A	R	F	N	P	I	Y	A	D	H	Y	A	M	R	G	E	P	G	D	H	N	G	P	T	V	F	A	T	H	S	T	H	L	L	N	A	L	S	Q	A	S	Y	I	H	V	R	E	G	R	G	A	I	N	F	S	R	F
Template Known Secondary structure								T	T	T		S							T	T		T	.	T	G	G	G		G	G	G	T	T	S	S	S	S		S						S	S	B												S			T	T										B	T
Template Predicted Secondary structure																							.
Template SS confidence
		332	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.		.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410
		217	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.							240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																									.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	A	T	L	Y	S	G	G	S	Q	I	Q	G	A	Q	A	L	E	V	L	R	G	L	.	.	.	.	.	.	V	F	A	P	V	M	H	A	V	Q	A	G	V	S	E	R	L	L	A	L	L	N	G	G	A	V	P	E	V	K	S	A	V	I	A	N	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																									.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																									.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	Q	A	Y	M	M	H	A	T	T	S	P	L	Y	A	I	C	A	S	N	D	V	A	V	S	M	M	D	G	N	S	G	L	S	L	T	Q	E	V	I	D	E	A	V	D	F	R	Q	A	M	A	R	L	Y	K	E	F	T	A	D	G	S	W	F	F	K	P	W	N	K	E	V	V	T	D	P	Q	T	G	K
Template Known Secondary structure								T	S		S	S																	S	T																														T	T	T							S	S		S					T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		412	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.
																																										277	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.												290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	S	K	V	L	I	V	E	F	H	Q	P	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	A	R	V	L	E	E	A	Q	K	R	G	A	L	P	Y
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.
Template Conservation																																																																															.	.	.
Template Sequence		T	Y	D	F	A	D	A	P	T	K	L	L	T	T	V	Q	D	C	W	V	M	H	P	G	E	S	W	H	G	F	K	D	I	P	D	N	W	S	M	L	D	P	I	K	V	S	I	L	A	P	G	M	G	E	D	G	E	L	E	E	T	G	V	P	A	A	L	V	T	A	W	L	G	R	H	G	I	.	.	.
Template Known Secondary structure					G	G	G	S									G	G	G	T	B			T	T		T	T	T			T	T			T	T	S					T	T							S		B		T	T	S	S	B		S	S													T	T	T		.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																															.	.	.
Template SS confidence
		492	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.
		306	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	V	G	A	E	S	K	Y	E	I	P	P	L	F	Y	R	L	S	G	T	F	R	Q	A	N	P	Q	S	E	H	C	A	I	R	I	N	P	N	R	S	G	E	E	T	V	L	R	I	L	R	E	S	I	A	S	I
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	P	T	R	T	T	D	F	Q	I	M	F	L	F	S	M	G	V	T	R	G	K	W	G	T	L	V	N	T	L	C	S	F
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S				S	S								T	T			T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																									569	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.