Job Description P00393 Confidence 99.48% Date Thu Jan 5 10:56:36 GMT 2012 Rank 126 Aligned Residues 230 % Identity 22% Template c3i3lA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:alkylhalidase cmls; PDBTitle: crystal structure of cmls, a flavin-dependent halogenase Resolution 2.20 Å

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		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	T	T	P	L	K	K	I	V	I	V	G	G	G	A	G	G	L	E	M	A	T	Q	L	G	H	K	L	G	R	K	K	K	A	K	I	T	L	V	D	R	N	H	S	H	L	W	K	P	L	L	H	E	V	A	T	G	S	L	D	E	G	V	D	A	L	S	Y	L	A	H	A	R	N	H	G	F	Q	F	Q
Query Conservation
Alig confidence						.	.																							.	.	.	.	.																		.	.
Template Conservation						.	.																							.	.	.	.	.																		.	.
Template Sequence		M	T	R	S	.	.	K	V	A	I	I	G	G	G	P	A	G	S	V	A	G	L	T	L	H	K	L	G	.	.	.	.	.	H	D	V	T	I	Y	E	R	S	A	F	P	R	Y	R	V	G	.	.	E	S	L	L	P	G	T	M	S	I	L	N	R	L	G	L	Q	E	K	I	D	A	Q	N	Y	V	K	K
Template Known Secondary structure						.	.								S													T	T	.	.	.	.	.								S	S		S	S						.	.		B												T	T
Template Predicted Secondary structure						.	.																							.	.	.	.	.																		.	.
Template SS confidence
		1	.	.	.			.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.						.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.			.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.
		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	G	S	V	I	D	I	D	R	E	A	K	T	I	T	I	A	E	L	R	D	E	K	G	E	L	L	V	P	E	R	K	I	A	Y	D	T	L	V	M	A	L	G	S	T	S	N	D	F	N	T	P	G	V	K	E	N	C	I	F	L	D	N	P	H	Q	A	R	R	F	H	Q	E	M	L	N	L	F	L	K
Query Conservation
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	S	A	T	F	L	W	G	Q	D	Q	A	P	W	T	F	S	F	A	A	P	A	P	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure									S	S	S													T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		72	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.
		161	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	S	A	N	L	G	A	N	G	K	V	N	I	A	I	V	G	G	G	A	T	G	V	E	L	S	A	E	L	H	N	A	V	K	Q	L	H	S	Y	G	Y	K	G	L	T	N	E	A	L	N	V	T	L	V	E	A	G	E	R	I	L	P	A	L	P	P	R	I	S	A	A	A	H	N	E	L	T	K	L	G
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	F	D	H	A	V	Q	V	K	R	E	E	F	D	K	L	L	L	D	E	A	R	S	R	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S																					T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																									98	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.
		241	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.				.	.	.	.	.	.	260						.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.	.								.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.	.	.								.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	R	V	L	T	Q	T	M	V	T	S	A	D	.	.	.	E	G	G	L	H	T	K	.	.	.	.	.	D	G	E	Y	I	E	A	D	L	M	V	W	A	A	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation															.	.	.								.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.	.	.								.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	T	V	H	E	E	T	P	V	T	D	V	D	L	S	D	P	D	R	V	V	L	T	V	R	R	G	G	E	S	V	T	V	E	S	D	F	V	I	D	A	G	G	S	G	G	P	I	S	R	K	L	G	V	R	Q	Y	D	E	F	Y	R	N	F	A	V	W	S	Y	F	K	L	K	D	P	F	E	G	D	L
Template Known Secondary structure						T	T										S	T	T									T	T								S							G	G	G								T																						S			S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		123	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.
																																																					276	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	K	A	P	D	F	L	K	D	I	G	G	L	E	T	N	R	I	N	Q	L	V	V	E	P	T	L	Q	T
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	G	T	T	Y	S	I	T	F	E	D	G	W	V	W	M	I	P	I	K	D	D	L	Y	S	V	G	L	V	V	D	R	S	K	S	A	E	V	R	E	Q	G	A	D	A	F	Y	S	S	T	L	A	K	C	A	K	A	M	D	I	L	G	G	A	E	Q	V	D	E	V	R	I	V	Q	D	W	S	Y	D	T
Template Known Secondary structure		T	T								T	T									S	S	S										G	G	G																		T	T									T	T					S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		203	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.
		305	.	.			.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.
Predicted Secondary structure					.	.
Query SS confidence					.	.
Query Sequence		T	R	D	.	.	P	D	I	Y	A	I	G	D	C	A	S	C	P	R	P	E	G	G	F	V	P	P	R	A	Q	A	A	H	Q	M	A	T	C	A	M	N	N	I	L	A	Q	M	N	G	K	P
Query Conservation					.	.
Alig confidence					.	.																				.	.	.
Template Conservation																										.	.	.
Template Sequence		E	V	F	S	A	D	R	F	F	L	C	G	D	A	A	C	F	T	D	P	L	F	S	Q	.	.	.	G	V	H	L	A	S	Q	S	A	V	S	A	A	A	A	I	D	R	I	T	R	H	G	D
Template Known Secondary structure		S		S			T	T					G	G	G	T		B			G	G	G			.	.	.																							G	G
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.
Template SS confidence
		283	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.				.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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