Job Description P55138 Confidence 98.94% Date Thu Jan 5 12:06:08 GMT 2012 Rank 27 Aligned Residues 245 % Identity 16% Template d2ewsa1 SCOP info Ribonuclease H-like motif Actin-like ATPase domain Fumble-like Resolution 2.05

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		7	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	G	I	D	G	G	S	Q	S	T	K	V	V	M	Y	D	L	E	G	N	V	V	C	E	G	K	G	L	L	Q	P	M	H	T	P	D	A	D	T	A	E	H	P	D	D	D	L	W	A	S	L	C	F	A	G	H	D	L	M	S	Q	F	A	G	N	K	E	D	I	V	G	I	G	L	G	S	I	R	C	C
Query Conservation
Alig confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.													.	.
Template Conservation																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.													.	.
Template Sequence		V	G	I	D	A	G	G	T	L	I	K	I	V	Q	E	Q	D	N	Q	R	T	F	K	T	E	L	T	K	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	D	Q	V	V	E	W	L	N	Q	.	.	Q	Q	I	E	K	L	C	L	T	G	G	N	.	.
Template Known Secondary structure								S	S									S	S									G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										T	.	.	S			S						S	T	T	.	.
Template Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.													.	.
Template SS confidence
		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	40	.			.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.
		87	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	A	L	L	K	A	D	G	T	P	A	A	P	L	I	S	W	Q	D	A	R	V	T	R	P	Y	E	H	T	N	P	D	V	A	Y	V	T	S	F	S	G	Y	L	T	H	R	L	T	G	E	F	K	D	N	I	A	N	Y	F	G	Q	W	P	V	D	Y	K	S	W	A	W	S	E	D	A	A	V	M	D	K
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		167	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.								.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																						.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																						.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	N	I	P	R	H	M	L	F	D	V	Q	M	P	G	T	V	L	G	H	I	T	P	Q	A	A	L	A	T	H	F	P	A	G	L	P	V	V	C	T	T	S	D	K	P	V	E	A	L	G	A	G	.	.	.	.	.	.	.	L	L	D	D	E	T	A	V	I	S	L	G	T	Y	I	A	L	M	M	N	G
Query Conservation																																																						.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	G	V	I	A	E	N	I	N	I	P	A	Q	I	.	.	.	.	.	F	V	E	F	D	A	A	S	Q	G	L	G	I	L	L	K	E	Q	G	H	D	L	A	D	Y	I	F	A	N	V	G	T	G	T	S	L	H	Y	F	D
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						T	T	S	S	S					.	.	.	.	.																		T	T				S								S	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.
Template SS confidence
																							54	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.						.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.
		240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	A	L	P	K	D	P	V	A	Y	W	P	I	M	S	S	I	P	Q	T	L	L	Y	E	G	Y	G	I	R	K	G	M	W	T	V	S	W	L	R	D	M	L	G	E	S	L	I	Q	D	A	R	A	Q	D	L	S	P	E	D	L	L	N	K	K	A	S	C	V	P	P	G	C	N	G	L	M	T	V	L	D
Query Conservation
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	Q	S	Q	R	R	V	G	G	I	G	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G	M	I	Q	G	L	G	Y	L	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	Q	I	T	D	Y	K	Q	L	T	D	M	A	Q	H	G	D	R	N	T	I	D	L	K	V	R	H	I
Template Known Secondary structure		S	S									S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														T	T				T	T	T				T	T	T
Template Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		108	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.											.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380		.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																															.																.	.	.
Query SS confidence																																																															.																.	.	.
Query Sequence		W	L	T	N	P	W	E	P	Y	K	R	G	I	M	I	G	F	D	S	S	M	D	Y	A	W	I	Y	R	S	I	L	E	S	V	A	L	T	L	K	N	N	Y	D	N	M	C	N	E	M	N	H	F	A	K	H	V	I	I	T	G	G	.	G	S	N	S	D	L	F	M	Q	I	F	A	D	V	F	.	.	.
Query Conservation																																																															.																.	.	.
Alig confidence																																																				.	.										.																.	.	.
Template Conservation																																																				.	.
Template Sequence		I	P	G	D	L	T	A	A	N	F	G	H	V	L	H	H	L	D	A	D	F	T	P	S	N	K	L	A	A	V	I	G	V	V	G	E	V	V	T	T	M	A	I	T	V	A	R	E	F	K	.	.	T	E	N	I	V	Y	I	G	S	S	F	H	N	N	A	L	L	R	K	V	V	E	D	Y	T	V	L	R
Template Known Secondary structure				T	T	S				T	T	T	T	G	G	G		T	T	S																														T	T	.	.								S	G	G	G	T	T															T
Template Predicted Secondary structure																																																				.	.
Template SS confidence
		167	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.			.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.
		396	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.		.	.	.	410	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.
Query SS confidence													.
Query Sequence		N	L	P	A	R	R	N	A	I	N	G	.	C	A	S	L	G	A	A	I	N	T
Query Conservation													.
Alig confidence													.
Template Conservation
Template Sequence		G	C	K	P	Y	Y	V	E	N	G	A	F	S	G	A	I	G	A	L	Y	L	E
Template Known Secondary structure		T							T	T	G	G	G									T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		245	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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