Job Description P55138 Confidence 98.55% Date Thu Jan 5 12:06:08 GMT 2012 Rank 37 Aligned Residues 297 % Identity 15% Template c3cqyA_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:anhydro-n-acetylmuramic acid kinase; PDBTitle: crystal structure of a functionally unknown protein (so_1313) from2 shewanella oneidensis mr-1 Resolution 2.30 Å

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		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.			.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.				.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.							.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.						50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.	.												.	.	.													.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.
Query SS confidence														.	.												.	.	.													.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.
Query Sequence		K	K	Y	I	I	G	I	D	G	G	S	Q	.	.	S	T	K	V	V	M	Y	D	L	E	G	.	.	.	N	V	V	C	E	G	K	G	L	L	Q	P	.	.	.	.	.	.	M	H	T	P	D	A	D	T	A	E	H	P	.	.	.	.	.	D	D	D	L	W	A	S	L	C	F	A	G	H	D	L	M	S
Query Conservation														.	.												.	.	.													.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.
Alig confidence														.	.												.	.	.													.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	A	Y	Y	I	G	L	X	S	G	T	S	X	D	G	V	D	A	V	L	V	D	F	A	G	E	Q	P	Q	L	I	G	T	H	T	E	T	I	P	T	H	L	L	K	G	L	Q	R	L	C	L	P	G	T	D	E	I	N	R	L	G	R	L	D	R	S	V	G	K	L	F	A	L	A	V	N	N	L	L	A
Template Known Secondary structure												T	T												S	S	S	S																					G	G	G		T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.
		67	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	F	A	G	N	K	E	D	I	V	G	I	G	L	G	S	I	R	C	C	R	A	L	L	K	A	D	G	T	P	A	A	P	L	I	S	W	Q	D	A	R	V	T	R	P	Y	E	H	T	N	P	D	V	A	Y	V	T	S	F	S	G	Y	L	T	H	R	L	T	G	E	F	K	D	N	I	A	N	Y	F	G
Query Conservation
Alig confidence																			.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																			.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	T	K	I	A	K	D	E	I	I	A	I	G	S	H	G	Q	.	.	.	T	V	R	H	X	P	N	L	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure							G	G	G										.	.	.						T	T	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.				100	.	.	.	.	.	.	.	.
		147	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220
Predicted Secondary structure																																																																												.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																												.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	W	P	V	D	Y	K	S	W	A	W	S	E	D	A	A	V	M	D	K	F	N	I	P	R	H	M	L	F	D	V	Q	M	P	G	T	V	L	G	H	I	T	P	Q	A	A	L	A	T	H	F	P	A	G	L	P	V	V	C	T	T	S	D	K	P	V	E	A	L	G	A	G	L	L	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																												.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.										.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.										.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	G	F	T	L	Q	I	G	D	.	P	N	T	I	A	T	E	T	G	.	.	.	.	I	D	V	I	A	D	F	R	R	K	D	I	A	L	G	G	Q	G	A	P	L	V	P	A	F	H
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S							S		.									S	.	.	.	.	S													T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.										.	.	.	.
Template SS confidence
																																	109	110	.	.	.	.	.	.	.		.	.	120	.	.	.	.	.	.					.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.
									221	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	D	D	E	T	A	V	I	S	L	G	T	Y	I	A	L	M	M	N	G	K	A	L	P	K	D	P	V	A	Y	W	P	I	M	S	S	I	P	Q	T	L	L	Y	E	G	Y	G	I	R	K	G	M	W	T	V	S	W	L	R	D	M	L	G	E	S	L	I	Q	D	A	R	A	Q	D
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																															.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	Q	T	F	A	Q	V	G	K	K	R	V	I	L	N	I	G	G	I	A	N	I	T	Y	L	P	G	N	S	.	.	.	.	.	E	E	V	L	G	F	D	T	G	P	G	N	T	L	I	D	A	W	V	Q	Q	V	K	N	E	S	Y	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	N	G	A	W	A	A	S	G
Template Known Secondary structure								T	T									S	S									S	S	S	.	.	.	.	.	S										S	S														S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G						S
Template Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		153	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.						.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.										210	.	.	.	.	.	.	.	.
		294	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.									.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	S	P	E	D	L	L	N	K	K	A	S	C	V	P	P	G	C	N	G	L	M	T	V	L	D	W	L	T	N	P	W	E	P	Y	K	R	G	I	M	.	.	.	.	.	.	.	.	I	G	F	D	S	S	M	D	Y	A	W	I	Y	R	S	I	L	E	S	V	A	L	T	L	K	N	N	Y	D	N	M	C
Query Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.																																.
Template Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																												.
Template Sequence		K	T	D	P	Q	L	L	A	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	L	S	H	P	Y	F	S	L	A	Y	P	K	S	T	G	R	E	L	F	N	Q	A	W	L	E	Q	Q	L	S	A	F	N	Q	L	N	E	E	D	I	Q	S	T	L	L	D	L	T	C	H	S	I	A	Q	D	I	L	K	L	.
Template Known Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T		G	G	G	G	S		S	S					S	S	S	S	S								T	T	T		T	T	S																									.
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																												.
Template SS confidence
		219	220	.	.	.	.	.	.	.												.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.
		366	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.		.	.	.	.	400	.	.	.	.	.			.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																.											.	.
Query SS confidence																																.											.	.
Query Sequence		N	E	M	N	H	F	A	K	H	V	I	I	T	G	G	G	S	N	S	D	L	F	M	Q	I	F	A	D	V	F	.	N	L	P	A	R	R	N	A	I	N	.	.	G	C	A	S	L	G	A	A	I	N	T	A	V	G
Query Conservation																																.											.	.
Alig confidence		.	.	.	.																											.											.	.
Template Conservation		.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	A	Q	E	G	E	L	F	V	C	G	G	G	A	F	N	A	E	L	X	Q	R	L	A	A	L	L	P	G	Y	R	I	D	T	T	S	A	L	G	V	D	P	K	W	A	E	G	I	A	F	A	W	L	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.		S	S							S	G	G	G	G													T	T						G	G	G	G	T			T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.
Template SS confidence
						287	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.