Job Description P17846 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:36:18 GMT 2012 Rank 4 Aligned Residues 310 % Identity 16% Template c2v4jA_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:sulfite reductase, dissimilatory-type subunit PDBTitle: the crystal structure of desulfovibrio vulgaris2 dissimilatory sulfite reductase bound to dsrc provides3 novel insights into the mechanism of sulfate respiration Resolution 2.10 Å

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		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.											.	.	.	.	.	60											.	.
Predicted Secondary structure																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	K	H	P	G	P	L	V	V	E	G	K	L	T	D	A	E	R	M	K	H	E	S	N	Y	L	R	G	T	I	A	E	D	L	N	D	G	L	T	G	G	F	K	G	D	N	F	L	L	I	R	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	G	M	Y	Q	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	D
Query Conservation																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.						.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation										.	.	.	.	.	.	.						.
Template Sequence		E	S	G	P	W	P	S	F	.	.	.	.	.	.	.	V	S	D	I	K	.	Q	E	A	A	Y	R	A	A	N	P	K	G	L	D	Y	Q	V	P	V	D	C	P	E	D	L	L	G	V	L	E	L	S	Y	D	E	G	E	T	H	W	K	H	G	G	I	V	G	V	F	G	Y	G	G	G	V	I	G	R	Y
Template Known Secondary structure		G	S	S	S	S				.	.	.	.	.	.	.						.										T	T					S	S		T	T																T	S			B		S							T	T		S		S					B
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.						.
Template SS confidence
		13	.	.	.	.	.	.	20								.	.	.	.	.		.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.
		63	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.		.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.		.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140
Predicted Secondary structure																															.																												.
Query SS confidence																															.																												.
Query Sequence		R	D	I	R	A	E	R	A	E	Q	K	L	E	P	R	H	A	M	L	L	R	C	R	L	P	G	G	V	I	.	T	T	K	Q	W	Q	A	I	D	K	F	A	G	E	N	T	I	Y	G	S	I	R	L	T	N	R	Q	.	T	F	Q	F	H	G	I	L	K	K	N	V	K	P	V	H	Q	M	L	H	S	V
Query Conservation																															.																												.
Alig confidence							.	.	.	.																					.															.													.
Template Conservation							.	.	.	.																																				.
Template Sequence		C	D	Q	P	E	.	.	.	.	K	F	P	G	V	A	H	F	H	T	V	R	V	A	Q	P	S	G	K	Y	Y	S	A	D	Y	L	R	Q	L	C	D	I	W	D	L	.	R	G	S	G	L	T	N	M	H	G	S	T	G	D	I	V	L	L	G	T	Q	T	P	Q	L	E	E	I	F	F	E	L	T	H	N
Template Known Secondary structure		B	S	S	T	T	.	.	.	.	T		G	G	G	S	B										T	T																		.		S		S				S			T	T	S																						T
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.																																				.
Template SS confidence
		85	.	.	.	.					90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.		.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		141	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.		.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																								.
Query SS confidence																								.
Query Sequence		G	L	D	A	L	A	T	A	N	D	M	N	R	N	V	L	C	T	S	N	P	Y	.	E	S	Q	L	H	A	E	A	Y	E	W	A	K	K	I	S	E	H	L	L	P	R	T	R	A	Y	A	E	I	W	L	D	Q	E	K	V	A	T	T	D	E	E	P	I	L	G	Q	T	Y	L	P	R	K	F	K	T	T
Query Conservation																								.
Alig confidence																								.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	N	T	D	L	G	G	S	G	S	N	L	R	T	P	E	S	C	L	G	K	S	R	C	E	F	A	C	Y	D	S	Q	A	A	C	Y	E	L	T	M	E	Y	Q	D	E	L	H	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	A	F	P	Y	K	F	K	F	K
Template Known Secondary structure		S				B				S	S	S	B								G	G	G	S		T	T		S	S													T						S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S	S	S		B
Template Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	210	.	.	.	.	.	.	.
		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230		.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.
Predicted Secondary structure													.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	V	I	P	P	Q	N	D	I	D	L	.	H	A	N	D	M	N	F	V	A	I	A	E	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation													.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	D	A	C	P	N	G	C	V	A	S	I	A	R	S	D	F	S	V	I	G	T	W	K	D	D	I	K	I	D	A	E	A	V	K	A	Y	V	A	G	E	F	K	P	N	A	G	A	H	S	G	R	D	W	G	K	F	D	I	E	A	E	V	V	N	R	C	P	S	K	C	M	K	W	D	G	S	K	L	S
Template Known Secondary structure				S	S	T	T		T	T							S								S	S														T	T	S	S		G	G	G	G	T	T	T	T	S				S							T	G	G	G		T	T							S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		218	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.
																								244	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	K	L	V	G	F	N	L	L	V	G	G	G	L	S	I	E	H	G	N	K	K	T	Y	A	R	T	A	S	E	F	G	Y	L	P	L	E	H	T	L	A	V	A	E	A	V	V	T	T	Q	R	D	W	G	N	R	T	D
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																							.	.	.	.
Template Conservation																																																																														.	.	.	.
Template Sequence		I	D	N	K	E	C	V	R	C	M	H	C	I	N	T	M	P	R	A	L	H	I	G	D	E	R	G	A	S	I	L	C	G	A	K	A	P	I	L	D	G	A	Q	M	G	S	L	L	V	P	F	V	A	A	E	E	P	F	D	E	I	K	E	V	V	E	K	I	W	D	W	W	M	E	E	G	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				G	G	G					S							T	T	T					S	S										B		S	T	T	T			B													T	T																			S	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																														.	.	.	.
Template SS confidence
		298	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.
		302	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.				.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.		.	.	.	350	.
Predicted Secondary structure																												.	.	.																				.
Query SS confidence																												.	.	.																				.
Query Sequence		R	K	N	A	K	T	K	Y	T	L	E	R	V	G	V	E	T	F	K	A	E	V	E	R	R	A	.	.	.	G	I	K	F	E	P	I	R	P	Y	E	F	T	G	R	G	D	R	I	.	G	W	V	K	G
Query Conservation																												.	.	.																				.
Alig confidence																												.	.	.																				.
Template Conservation
Template Sequence		K	N	R	E	R	L	G	E	T	M	K	R	L	S	F	Q	K	L	L	E	V	T	E	I	A	P	V	P	Q	H	V	K	E	P	R	T	N	P	Y	I	F	F	K	E	E	E	V	P	G	G	W	D	R	D
Template Known Secondary structure			T	T																			T	T					G	G	G		S	S			S	S							G	G	G	S	T	T		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		374	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.