Job Description Q46829 Confidence 97.17% Date Thu Jan 5 12:34:51 GMT 2012 Rank 139 Aligned Residues 209 % Identity 19% Template d2v3ga1 SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases beta-glycanases Resolution 1.20

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		115	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	D	M	F	D	E	L	L	K	Y	N	I	E	P	V	I	T	L	S	H	F	E	M	P	L	H	L	V	Q	Q	Y	G	S	W	T	N	R	K	V	V	D	F	F	V	R	F	A	E	V	V	F	E	R	Y	K	H	K	V	K	Y	W	M	T	F	N	E	I	N	N	Q	R	N	W	R	A	P	L	F	G	Y
Query Conservation
Alig confidence																																.		.	.	.	.	.																.						.										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																.		.	.	.	.	.																.						.										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	P	Y	A	D	A	V	Y	N	N	G	S	I	L	M	I	T	W	E	P	W	E	Y	N	T	V	D	I	K	N	.	G	.	.	.	.	.	K	A	D	A	Y	I	T	R	M	A	Q	D	M	K	A	.	Y	G	K	E	I	.	W	L	R	P	L	H	E	A	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	D	W
Template Known Secondary structure											T	T										T	T								T	.	T	.	.	.	.	.	T	T														.			S			.					S			T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																.		.	.	.	.	.																.						.										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		52	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.		.						.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.		.	.	100	.	.		.	.	.	.	.	.	.	110	.										.	.	.
		195	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.		.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.
Predicted Secondary structure																																								.
Query SS confidence																																								.
Query Sequence		C	C	S	G	V	V	Y	T	E	H	E	N	P	E	E	T	M	Y	Q	V	L	H	H	Q	F	V	A	S	A	L	A	V	K	A	A	R	R	I	.	N	P	E	M	K	V	G	C	M	L	A	M	V	P	L	Y	P	Y	S	C	N	P	D	D	V	M	F	A	Q	E	S	M	R	E	R	Y	V	F	T	D	V
Query Conservation																																								.
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.	.							.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																											.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	P	W	A	I	G	Y	S	S	R	V	N	T	N	E	T	Y	I	A	A	F	R	H	I	V	.	.	.	.	.	.	.	D	I	F	R	A	N	G	A	T	N	V	K	W	V	F	N	V	N	C	D	N	V	G	N	G	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	Y	L	G
Template Known Secondary structure		S	T	T	S	T	T		T	T																	.	.	.	.	.	.	.						T	T		T	T				B					S	S			S	T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	S	T
Template Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		115	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.								140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.																			.	.	.	.
		274	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	L	R	G	Y	Y	P	S	Y	V	L	N	E	W	E	R	R	G	F	N	I	K	M	E	D	G	D	L	D	V	L	R	E	G	T	C	D	Y	L	G	F	S	Y	Y	M	T	N	A	V	K	A	E	G	G	T	G	D	A	I	S	G	F	E	G	S	V	P	N	P	Y	V	K	A	S	D	W	G	W	Q	I
Query Conservation
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		H	Y	P	G	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	Y	V	D	Y	T	S	I	D	G	Y	N	W	G	T	T	Q	S	W	G	S	Q	W	Q	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T				G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G		S	B									T	T			T	T	T						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		170	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		354	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.				370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430
Predicted Secondary structure																		.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.
Query Sequence		D	P	V	G	L	R	Y	A	L	C	E	L	Y	E	R	Y	.	.	.	Q	R	P	L	F	I	V	E	N	G	F	G	A	Y	D	K	V	E	E	D	G	S	I	N	D	D	Y	R	I	D	Y	L	R	A	H	I	E	E	M	K	K	A	V	T	Y	D	G	V	D	L	M	G	Y	T	P	W	G	C	I	D	C
Query Conservation																		.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.													.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	F	D	Q	V	F	S	R	A	Y	Q	A	L	A	S	I	N	K	P	I	I	I	A	E	F	A	S	A	E	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	N	K	A	R	W	.	.	.	.	I	T	E	A	Y	N	S	I	R	T	S	Y	N	K	V	I	A	A	V	W	F	H	E	N	K	E
Template Known Secondary structure		.	.	.	.													T	T	S	S	S											S	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S						.	.	.	.													T	T										B	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.
Template SS confidence
						200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.											.	230	.	.	.	.	.					.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.
		431	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	S	F
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		T	D	W
Template Known Secondary structure		S	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		262	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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