Job Description Q46829 Confidence 98.46% Date Thu Jan 5 12:34:51 GMT 2012 Rank 117 Aligned Residues 281 % Identity 11% Template d2cyga1 SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases beta-glycanases Resolution 1.45

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		74	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	E	D	I	K	L	F	A	E	M	G	F	K	C	F	R	T	S	I	A	W	T	R	I	F	P	K	G	D	E	A	Q	P	N	E	E	G	L	K	F	Y	D	D	M	F	D	E	L	L	K	Y	N	I	E	P	V	I	T	L	S	H	F	E	M	P	L	H	L	V	Q	Q	Y	G	S	W	T	N	R	K	V
Query Conservation
Alig confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	E	V	V	S	L	Y	K	S	N	N	I	A	R	M	R	L	Y	D	P	N	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	A	L	Q	A	L	R	N	S	N	I	Q	V	L	L	D	V	P	R	S	D	V	Q	S	L	A	S	N	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure											T	T							S	S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							T	T	S																				T	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		44	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.
		154	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.			.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.
Predicted Secondary structure																	.	.
Query SS confidence																	.	.
Query Sequence		V	D	F	F	V	R	F	A	E	V	V	F	E	R	Y	.	.	K	H	K	V	K	Y	W	M	T	F	N	E	I	N	N	Q	R	N	W	R	A	P	L	F	G	Y	C	C	S	G	V	V	Y	T	E	H	E	N	P	E	E	T	M	Y	Q	V	L	H	H	Q	F	V	A	S	A	L	A	V	K	A	A	R	R
Query Conservation																	.	.
Alig confidence		.															.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	S	A	A	G	D	W	I	R	R	N	V	V	A	Y	W	P	S	V	S	F	R	Y	I	A	V	G	N	E	L	I	P	G	S	D	L	A	Q	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	L	P	A	M	R	N	I	Y	N	A	L	S	S
Template Known Secondary structure		.	T										T	G	G	G	T	T	T	S										S		T	T	T	S	T	T	G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
			95	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.
		232	.	.	.	.			.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure							.	.
Query SS confidence							.	.
Query Sequence		I	N	P	E	M	.	.	K	V	G	C	M	L	A	M	V	P	L	Y	P	Y	S	C	N	P	D	D	V	M	F	A	Q	E	S	M	R	E	R	Y	V	F	T	D	V	Q	L	R	G	Y	Y	P	S	Y	V	L	N	E	W	E	R	R	G	F	N	I	K	M	E	D	G	D	L	D	V	L	R	E	G	T	C
Query Conservation							.	.
Alig confidence							.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	G	L	Q	N	Q	I	K	V	S	T	A	V	D	T	G	V	L	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S	Y	P	P	S	A	G	A	F	S	S	A	A	Q	A	Y	L	S	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	V	Q	F	L	A	S	N	G
Template Known Secondary structure		T	T		T	T	T	S								G	G	G	B	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S	S	G	G	G			B											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									T
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		147	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.												.	.	.	.	190	.	.	.	.
		310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.			.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																												.	.
Query SS confidence																																																												.	.
Query Sequence		D	Y	L	G	F	S	Y	Y	M	T	N	A	V	K	A	E	G	G	T	G	D	A	I	S	G	F	E	G	S	V	P	N	P	Y	V	K	A	S	D	W	G	W	Q	I	D	P	V	G	L	R	Y	A	L	C	E	L	Y	E	.	.	R	Y	Q	R	P	L	F	I	V	E	N	G	F	G	A	Y	D	K	V	E
Query Conservation																																																												.	.
Alig confidence																																																												.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	P	L	L	V	N	V	Y	P	Y	F	S	Y	T	G	N	P	G	Q	I	S	L	P	Y	A	L	F	T	A	S	G	V	V	V	Q	D	G	R	F	S	Y	Q	N	L	F	D	A	I	V	D	A	V	F	A	A	L	E	R	V	G	G	A	N	V	A	V	V	V	S	E	S	G	W	P	S	A	G	G	G	A
Template Known Secondary structure																	S	T	T	T	S							T				S		S				T	T					S															T	T	T		T	T												S	S	S	S	S	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		195	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.
		388	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420						.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.
Predicted Secondary structure																																			.	.	.	.	.
Query SS confidence																																			.	.	.	.	.
Query Sequence		E	D	G	S	I	N	D	D	Y	R	I	D	Y	L	R	A	H	I	E	E	M	K	K	A	V	T	Y	D	G	V	D	L	M	.	.	.	.	.	G	Y	T	P	W	G	C	I	D	C	V	S	F	T	T	G	Q	Y	S	K	R	Y	G	F	I	Y	V	N	K	H	D	D	G	T	G	D	M	S	R	S	R	K
Query Conservation																																			.	.	.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.																.							.	.	.	.	.											.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation						.	.	.	.	.	.	.																.																						.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	A	S	T	.	.	.	.	.	.	.	S	N	A	Q	T	Y	N	Q	N	L	I	R	H	V	G	.	G	G	T	P	R	R	P	G	K	E	I	E	A	Y	I	F	E	M	F	N	E	.	N	Q	K	A	G	G	I	E	Q	N	F	G	L	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	P	N	K	Q	P	V
Template Known Secondary structure		T	S	S		.	.	.	.	.	.	.														G	G	.	G			S	S	S		S	S							S		S	B			.	T	T	S		S	S	G	G	G				S	B	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T	S		B	S
Template Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.																.																						.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		275	.	.	.								.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.		.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.		.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.											.	330	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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