Job Description Q46829 Confidence 99.56% Date Thu Jan 5 12:34:51 GMT 2012 Rank 90 Aligned Residues 270 % Identity 17% Template d1qnra_ SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases beta-glycanases Resolution 1.4

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		71	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90														.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	H	Y	K	E	D	I	K	L	F	A	E	M	G	F	K	C	F	R	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	I	A	W	T	R	I	F	P	K	G	D	E	A	Q	P	N	E	E	G	L	K	F	Y	D	D	M	F	D	E	L	L	K	Y	N	I	E	P	V	I	T	L	S	H	F	E	M
Query Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	D	V	D	S	T	F	S	H	I	S	S	S	G	L	K	V	V	R	V	W	G	F	N	D	V	N	T	Q	P	S	P	G	Q	I	W	F	Q	K	L	S	A	T	G	S	T	I	N	T	G	A	D	G	L	Q	T	L	D	Y	V	V	Q	S	A	E	Q	H	N	L	K	L	I	I	P	F	V	N	N	W	S
Template Known Secondary structure														T	T													S	S			S	T	T				S					T	T							S	T	T	T	T														T							S		B	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		36	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.
		138	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.										150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.			.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.
Query SS confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.
Query Sequence		P	L	H	L	V	Q	Q	Y	G	S	W	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	R	K	V	V	D	F	F	V	R	F	A	E	V	V	F	E	R	Y	K	H	K	V	K	Y	.	.	W	M	T	F	N	E	I	N	N	Q	R	N	W	R	A	P	L	F	G	Y	C	C	S	G	V	V	Y	T	E	H	E	N
Query Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	Y	G	G	I	N	A	Y	V	N	A	F	G	G	N	A	T	T	W	Y	T	N	T	A	A	Q	T	Q	Y	R	K	Y	V	Q	A	V	V	S	R	Y	A	N	S	T	A	I	F	A	W	E	L	G	N	E	P	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	N	G	C
Template Known Secondary structure		T	T	S											S		T	T	G	G	G	G																				T	T		T	T						S		B	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T
Template Predicted Secondary structure																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		116	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.																					.	.	.	.
		207	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	E	E	T	M	Y	Q	V	L	H	H	Q	F	V	A	S	A	L	A	V	K	A	A	R	R	I	N	P	E	M	K	V	G	C	M	L	A	M	V	P	L	Y	P	Y	S	C	N	P	D	D	V	M	F	A	Q	E	S	M	R	E	R	Y	V	F	T	D	V	Q	L	R	G	Y	Y	P	S	Y	V	L	N	E
Query Conservation
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation										.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	T	D	V	I	V	Q	W	.	.	.	.	.	.	.	A	T	S	V	S	Q	Y	V	K	S	L	D	S	N	H	L	V	T	L	G	D	E	G	L	G	L	S	T	G	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			T							.	.	.	.	.	.	.													S	S	S												T	T	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		176	.	.	.	180	.	.	.								.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.
		287	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		W	E	R	R	G	F	N	I	K	M	E	D	G	D	L	D	V	L	R	E	G	T	C	D	Y	L	G	F	S	Y	Y	M	T	N	A	V	K	A	E	G	G	T	G	D	A	I	S	G	F	E	G	S	V	P	N	P	Y	V	K	A	S	D	W	G	W	Q	I	D	P	V	G	L	R	Y	A	L	C	E	L	Y
Query Conservation
Alig confidence		.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	G	A	Y	P	Y	T	Y	G	E	G	T	D	F	A	K	N	V	Q	I	K	S	L	D	F	G	T	F	H	L	Y	P	D	S	W	G	T	N	Y	T	W	G	N	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	I	Q	T	H	A	A	A	C
Template Known Secondary structure		.			G	G	G	S	S	S	S	S								T		T	T			S											T			S	T					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
			214	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	260	.	.	.	.	.
		367	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	R	Y	Q	R	P	L	F	I	V	E	N	G	F	G	A	Y	D	K	V	E	E	D	G	S	I	N	D	D	Y	R	I	D	Y	L	R	A	H	I	E	E	M	K	K	A	V	T	Y	D	G	V	D	L	M	G	Y	T	P	W	G	C	I	D	C	V	S	F	T	T	G	Q	Y	S	K	R	Y	G	F	I	Y
Query Conservation
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	A	A	G	K	P	C	V	F	E	E	Y	G	A	Q	Q	N	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	T	N	E	A	P	W	Q	T	T	S	L	T	T	R	G	M	G	G	D	M	F	W	Q	W	G	D	T	F	A	N	G	A	Q	S	N	S	D	P	Y	T	V	W	Y
Template Known Secondary structure				T	T	S										S	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													T	S	T	T							S					B		T	T	S		B					T	T				T
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		266	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.
		447	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	N
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		N	S
Template Known Secondary structure		T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		328	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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