Job Description Q46829 Confidence 99.34% Date Thu Jan 5 12:34:51 GMT 2012 Rank 106 Aligned Residues 242 % Identity 18% Template d1jz8a5 SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases beta-glycanases Resolution 1.50

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		71	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	H	Y	K	E	D	I	K	L	F	A	E	M	G	F	K	C	F	R	T	S	I	A	W	T	R	I	F	P	K	G	D	E	A	Q	P	N	E	E	G	L	K	F	Y	D	D	M	F	D	E	L	L	K	Y	N	I	E	P	V	I	T	L	S	H	F	E	M	P	L	H	L	V	Q	Q	Y	G	S	W	T	N
Query Conservation
Alig confidence																							.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.
Template Conservation																							.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.
Template Sequence		Q	T	M	V	Q	D	I	L	L	M	K	Q	N	N	F	N	A	V	R	C	S	.	.	.	.	.	H	Y	P	N	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	L	W	Y	T	L	C	D	R	Y	G	L	Y	V	V	D	E	A	N	I	E	T	H	G	M	V	P	M	N	.	.	R	L	T	D	D
Template Known Secondary structure														T	T							T	.	.	.	.	.	T	S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											T								S				T	T	S	S	S	T	T	.	.	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.
Template SS confidence
		370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390						.	.	.	.	.														.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.			.	.	.	.	.
		151	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.			.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.	.
Query SS confidence																							.	.
Query Sequence		R	K	V	V	D	F	F	V	R	F	A	E	V	V	F	E	R	Y	K	H	K	.	.	V	K	Y	W	M	T	F	N	E	I	N	N	Q	R	N	W	R	A	P	L	F	G	Y	C	C	S	G	V	V	Y	T	E	H	E	N	P	E	E	T	M	Y	Q	V	L	H	H	Q	F	V	A	S	A	L	A	V	K	A
Query Conservation																							.	.
Alig confidence																							.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	R	W	L	P	A	M	S	E	R	V	T	R	M	V	Q	R	D	R	N	H	P	S	V	I	I	W	S	L	G	N	E	S	G	H	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	N	H	D	A	L	Y	R	W
Template Known Secondary structure		G	G	G																T	T		T	T								S	S					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	470	.	.	.	.
		229	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	R	R	I	N	P	E	M	K	V	G	C	M	L	A	M	V	P	L	Y	P	Y	S	C	N	P	D	D	V	M	F	A	Q	E	S	M	R	E	R	Y	V	F	T	D	V	Q	L	R	G	Y	Y	P	S	Y	V	L	N	E	W	E	R	R	G	F	N	I	K	M	E	D	G	D	L	D	V	L	R	E	G	T
Query Conservation
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	K	S	V	D	P	S	R	P	V	Q	Y	E	G	G	G	A	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	A
Template Known Secondary structure							T	T	S						T	T	T	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	T	T
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		475	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.																																																												.	.	.
		309	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		C	D	Y	L	G	F	S	Y	Y	M	T	N	A	V	K	A	E	G	G	T	G	D	A	I	S	G	F	E	G	S	V	P	N	P	Y	V	K	A	S	D	W	G	W	Q	I	D	P	V	G	L	R	Y	A	L	C	E	L	Y	E	R	Y	Q	R	P	L	F	I	V	E	N	G	F	G	A	Y	D	K	V	E	E
Query Conservation
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.																					.	.
Template Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.																					.	.
Template Sequence		T	D	I	I	C	P	M	Y	A	R	V	D	E	D	Q	P	F	P	A	V	P	K	W	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	K	K	W	L	S	L	.	.	P	G	E	T	R	P	L	I	L	C	Q	Y	A	H	A	M	G	N	S	L	.	.
Template Known Secondary structure			S	S	B			B	S			S	S			B			S	S	S		B			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					T	T	S	.	.	T	T											S				S	S			.	.
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.																					.	.
Template SS confidence
		496	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										520	.	.	.	.	.	.			.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.
		389	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.											.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	G	S	I	N	D	D	Y	R	I	D	Y	L	R	A	H	I	E	E	M	K	K	A	V	T	Y	D	G	V	D	L	M	G	Y	T	P	W	G	C	I	D	C	V	S	F	T	T	G	Q	Y	S	K	R	Y	G	F	I	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	N	K	H	D	D	G	T	G	D	M	S
Query Conservation																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.																						.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.																						.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	F	A	K	Y	W	Q	A	F	R	Q	.	Y	P	R	L	Q	G	G	F	V	W	D	W	V	D	Q	S	L	I	K	Y	D	.	E	N	G	N	P	W	S	A	Y	G	G	D	F	G	D	T	P	N	D	R	Q	F	C	M	N	G	L	V	F	A	D
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T											.		T	T							S		S	B									.	T	T								T	T	T	T	S		S	S			G	G	G	G				S	B		T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.																						.
Template SS confidence
																547	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.		.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.		580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610
		459	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	S	R	K	K	S	F	N	W	Y	K	E	V
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		R	T	P	H	P	A	L	T	E	A	K	H	Q
Template Known Secondary structure		S		B		T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		611	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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