Job Description Q46829 Confidence 96.82% Date Thu Jan 5 12:34:51 GMT 2012 Rank 144 Aligned Residues 279 % Identity 12% Template c3fw6A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:cellulase; PDBTitle: crystal structure of celm2, a bifunctional glucanase-2 xylanase protein from a metagenome library Resolution 2.30 Å

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		77	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	K	L	F	A	E	M	G	F	K	C	F	R	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	I	A	W	T	R	I	F	P	K	G	D	E	A	Q	P	N	E	E	G	L	K	F	Y	D	D	M	F	D	E	L	L	K	Y	N	I	E	P	V	I	T	L	S	H	F	E	M	P	L
Query Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																				.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	A	T	L	A	D	L	N	V	P	L	H	R	Y	G	G	N	N	T	S	R	Y	N	W	Q	L	N	A	D	N	R	G	A	D	W	Y	F	E	S	I	G	E	A	S	S	V	A	G	E	R	.	.	.	.	G	D	T	F	I	A	N	S	Q	A	A	G	A	Q	A	M	I	T	I	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure								T	T								S	G	G	G	G	G		B	T	T	T	T					G	G	G	T	T	T						S			S	T	T			.	.	.	.										T	T	T								.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																				.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.					110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.
		140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.																																																					.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		H	L	V	Q	Q	Y	G	S	W	T	N	R	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	V	D	F	F	V	R	F	A	E	V	V	F	E	R
Query Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	P	T	I	G	W	V	A	R	L	G	A	N	R	S	K	L	A	S	F	S	I	A	K	Y	G	A	Q	S	G	N	D	W	Q	W	F	P	D	A	G	N	G	V	L	T	S	G	Q	N	V	T	G	N	N	P	N	D	A	N	T	L	V	D	S	T	F	Q	Q	G	W	A	Q	H	L	V	S	Q
Template Known Secondary structure		.	.	.	.			S	S						B	G	G	G	B				T	T	B							B	S				T	T	T							S	B	B	T	T	S		B			S			G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.
Template SS confidence
						129	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.
		168	.	170					.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.
Predicted Secondary structure					.	.	.	.
Query SS confidence					.	.	.	.
Query Sequence		Y	K	H	.	.	.	.	K	V	K	Y	W	M	T	F	N	E	I	N	N	Q	R	N	W	R	A	P	L	F	G	Y	C	C	S	G	V	V	Y	T	E	H	E	N	P	E	E	T	M	Y	Q	V	L	H	H	Q	F	V	A	S	A	L	A	V	K	A	A	R	R	I	N	P	E	M	K	V	G	C	M	L	A
Query Conservation					.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		W	G	T	A	A	G	G	G	L	R	Y	Y	I	L	D	N	E	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	I	W	F	S	T	H	R	D	V	H	P	V	G	P	T	M	D	E	.	.	.	.	.	.	.	I	R	D	K	M	L	D	Y	G	A	K	I	K	T	V	D	P	S	A	L	I	V	G	P	E	E
Template Known Secondary structure					T	T	T	T	S								S		G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G					T	T	T	T			S							.	.	.	.	.	.	.																	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		205	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.											.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.								.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.
		244	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.				.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320
Predicted Secondary structure																											.	.	.
Query SS confidence																											.	.	.
Query Sequence		M	V	P	L	Y	P	Y	S	C	N	P	D	D	V	M	F	A	Q	E	S	M	R	E	R	Y	.	.	.	V	F	T	D	V	Q	L	R	G	Y	Y	P	S	Y	V	L	N	E	W	E	R	R	G	F	N	I	K	M	E	D	G	D	L	D	V	L	R	E	G	T	C	D	Y	L	G	F	S	Y	Y	M	T	N
Query Conservation																											.	.	.
Alig confidence																											.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		W	G	W	S	G	Y	T	L	S	G	Y	D	Q	Q	Y	G	G	L	H	G	W	S	F	M	P	D	R	N	N	H	G	G	W	D	Y	L	P	W	L	L	D	Q	L	R	Q	N	N	L	S	T	G	R	R	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	D	V	F	S	V	H	Y	Y	P	Q	G
Template Known Secondary structure			S	T					S													S	S							T	T	T	T																			S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											S	S
Template Predicted Secondary structure																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		268	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.															.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.
		321	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.			.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.		.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.	.																															.
Query SS confidence																							.	.																															.
Query Sequence		A	V	K	A	E	G	G	T	G	D	A	I	S	G	F	E	G	S	V	P	N	.	.	P	Y	V	K	A	S	D	W	G	W	Q	I	D	P	V	G	L	R	Y	A	L	C	E	L	Y	E	R	Y	Q	R	.	P	L	F	I	V	E	N	G	F	G	A	Y	D	K	V	E	E	D	G	S	I	N	D	D	Y	R
Query Conservation																							.	.																															.
Alig confidence																							.	.																															.													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	E	F	G	N	D	T	S	S	A	M	Q	L	R	R	N	R	S	T	R	S	L	W	D	P	N	Y	I	D	E	T	W	I	N	D	K	V	Q	L	I	P	R	L	K	N	W	V	S	T	Y	Y	P	G	T	L	T	A	I	T	E	Y	N	W	G	A	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	H	I	N	G
Template Known Secondary structure		S		S	S	S														G	G	G	G	T		T	T				S	S	T	T		S																S	T	T											S		T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S
Template Predicted Secondary structure																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		334	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.										400	.	.	.	.
		398	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	D	Y	L	R	A	H	I	E	E	M	K	K
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		A	T	T	Q	A	D	I	L	G	I	F	G	R
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		405	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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