Job Description Q46829 Confidence 99.28% Date Thu Jan 5 12:34:51 GMT 2012 Rank 107 Aligned Residues 249 % Identity 16% Template c3fn9B_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: B: PDB Molecule:putative beta-galactosidase; PDBTitle: crystal structure of putative beta-galactosidase from bacteroides2 fragilis Resolution 2.70 Å

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		66	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	V	D	F	Y	G	H	Y	K	E	D	I	K	L	F	A	E	M	G	F	K	C	F	R	T	S	I	A	W	T	R	I	F	P	K	G	D	E	A	Q	P	N	E	E	G	L	K	F	Y	D	D	M	F	D	E	L	L	K	Y	N	I	E	P	V	I	T	L	S	H	F	E	M	P	L	H	L	V	Q	Q	Y
Query Conservation
Alig confidence																														.	.	.	.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																														.	.	.	.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	A	L	K	N	E	H	H	D	F	D	L	A	A	I	M	D	V	G	A	T	T	V	R	F	A	H	Y	.	.	.	.	.	Q	Q	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	Y	L	Y	S	R	C	D	T	L	G	L	I	I	W	A	E	I	P	C	V	N	R	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T																		T		S					T	T	S	.	.	.	.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											T										B	S		.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		332	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.						360	.	.														.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.
		146	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.			.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.
Predicted Secondary structure																												.	.
Query SS confidence																												.	.
Query Sequence		G	S	W	T	N	R	K	V	V	D	F	F	V	R	F	A	E	V	V	F	E	R	Y	K	H	K	.	.	V	K	Y	W	M	T	F	N	E	I	N	N	Q	R	N	W	R	A	P	L	F	G	Y	C	C	S	G	V	V	Y	T	E	H	E	N	P	E	E	T	M	Y	Q	V	L	H	H	Q	F	V	A	S	A
Query Conservation																												.	.
Alig confidence		.	.	.																								.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	V	T	G	Y	E	T	E	N	A	Q	S	Q	L	R	E	L	I	R	Q	S	F	N	H	P	S	I	Y	V	W	G	L	H	N	E	V	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	P	H	E	Y	T	A	A	L	T	R
Template Known Secondary structure		.	.	.			S	S																T	T	T		T	T									S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
					386	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.
		224	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	A	V	K	A	A	R	R	I	N	P	E	M	K	V	G	C	M	L	A	M	V	P	L	Y	P	Y	S	C	N	P	D	D	V	M	F	A	Q	E	S	M	R	E	R	Y	V	F	T	D	V	Q	L	R	G	Y	Y	P	S	Y	V	L	N	E	W	E	R	R	G	F	N	I	K	M	E	D	G	D	L	D	V
Query Conservation
Alig confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	L	H	D	L	A	K	T	E	D	P	D	R	Y	T	V	S	V	N	G	Y	G	H	M	D	H	P	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure												T	T	S							S	S	S		S	S		T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		433	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460
		304	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.		.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.
Predicted Secondary structure																																																																						.
Query SS confidence																																																																						.
Query Sequence		L	R	E	G	T	C	D	Y	L	G	F	S	Y	Y	M	T	N	A	V	K	A	E	G	G	T	G	D	A	I	S	G	F	E	G	S	V	P	N	P	Y	V	K	A	S	D	W	G	W	Q	I	D	P	V	G	L	R	Y	A	L	C	E	L	Y	E	R	Y	Q	R	.	P	L	F	I	V	E	N	G	F	G	A
Query Conservation																																																																						.
Alig confidence		.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.
Template Conservation		.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	N	L	N	A	D	I	Q	G	M	N	R	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	G	W	Y	E	K	K	I	Q	D	I	K	P	W	V	E	Q	L	E	K	D	Y	P	Y	Q	K	L	M	L	T	E	Y	G	A	D	A
Template Known Secondary structure		.	.				S	S								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	B	T	T	T	B	S		G	G	G													T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
				461	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.
		383	.	.							.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.							430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450
Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.																																													.	.	.	.	.	.
Query SS confidence					.	.	.	.	.	.																																													.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	D	K	.	.	.	.	.	.	V	E	E	D	G	S	I	N	D	D	Y	R	I	D	Y	L	R	A	H	I	E	E	M	K	K	A	V	T	Y	D	G	V	D	L	M	G	Y	T	P	W	G	C	I	D	.	.	.	.	.	.	C	V	S	F	T	T	G	Q	Y	S	K	R	Y	G	F	I	Y	V	N	K	H
Query Conservation					.	.	.	.	.	.																																													.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.	.																													.																.	.	.	.	.	.								.									.	.	.	.	.
Template Conservation																																							.																													.									.	.	.	.	.
Template Sequence		N	L	A	H	Q	T	E	Y	L	G	D	A	L	N	W	G	K	P	F	Y	P	E	T	F	Q	T	K	T	H	E	Y	Q	W	S	I	I	K	.	D	H	P	Y	I	I	A	S	Y	L	W	N	M	F	D	F	A	V	P	M	W	T	R	G	G	V	P	A	.	R	N	M	K	G	L	I	T	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		B	T	T				S				S	S			T	T	S	S			B																	.	T		T	T	S						S		S	B										T	T				.						S	B		.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																							.																													.									.	.	.	.	.
Template SS confidence
		509	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.		.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.		.	.	.	.	.	.	580	.
		451	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	D	G	T	G	D	M	S	R	S	R	K	K	S	F	N	W	Y	K
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	F	D	R	K	T	K	K	D	S	Y	F	W	Y	K
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	T	T	S			B
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.
Template SS confidence
							582	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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