Job Description Q46829 Confidence 98.10% Date Thu Jan 5 12:34:51 GMT 2012 Rank 124 Aligned Residues 199 % Identity 17% Template c2y2wC_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: C: PDB Molecule:arabinofuranosidase; PDBTitle: elucidation of the substrate specificity and protein2 structure of abfb, a family 51 alpha-l-arabinofuranosidase3 from bifidobacterium longum. Resolution 2.50 Å

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		74	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	E	D	I	K	L	F	A	E	M	G	F	K	C	F	R	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	I	A	W	T	R	I	F	P	K	G	D	E	A	Q	P	N	E	E	G	L	K	F	Y	D	D	M	F	D	E	L	L	K	Y	N	I	E	P
Query Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																							.			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	D	V	L	D	L	V	K	E	L	G	V	T	C	V	R	Y	P	G	G	N	F	V	S	N	Y	N	W	E	D	G	I	G	P	R	E	N	R	P	M	R	R	D	L	A	W	H	C	T	E	T	N	E	.	M	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	D	D	F	Y	R	W	S	Q	K	A	G	T	E	I
Template Known Secondary structure												T							S		S	G	G	G	G	G			G	G	G	G	S	S		G	G	G							T	T	T	T						S	.	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.												T
Template Predicted Secondary structure																																																							.			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		94	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.		.	.										.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.
		129	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.																170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.
Predicted Secondary structure																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	I	T	L	S	H	F	E	M	P	L	H	L	V	Q	Q	Y	G	S	W	T	N	R	K	V	V	D	F	F	V	R	F	A	E	V	V	F	E	R	Y	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	K	V	K	Y	W	M	T	F	N	E	I	N	N	Q	R	N	W	R	A	P	L	F	G
Query Conservation																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		M	L	A	V	N	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	T	R	G	L	K	A	A	L	D	E	L	E	Y	V	N	G	A	P	G	T	A	W	A	D	Q	R	V	A	N	G	I	E	E	P	M	D	I	K	M	W	C	I	G	N	E	M	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S																	T	T	S									T	T			S										S	S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		164	.	.	.	.	.																170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.
		194	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	C	C	S	G	V	V	Y	T	E	H	E	N	P	E	E	T	M	Y	Q	V	L	H	H	Q	F	V	A	S	A	L	A	V	K	A	A	R	R	I	N	P	E	M	K	V	G	C	M	L	A	M	V	P	L	Y	P	Y	S	C	N	P	D	D	V	M	F	A	Q	E	S	M	R	E	R	Y	V	F	T	D	V
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	G	P	W	Q	V	G	H	M	S	P	E	E	Y	A	G	A	V	D	.	.	.	.	.	.	.	.	K	V	A	H	A	M	K	L	A	E	S	G	L	E	L	V	A	C	G	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	S	T	T	S	T	T													.	.	.	.	.	.	.	.											T	T									S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
						218	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.									.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.																													.
		274	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	L	R	G	Y	Y	P	S	Y	V	L	N	E	W	E	R	R	G	F	N	I	K	M	E	D	G	D	L	D	V	L	R	E	G	T	C	D	Y	L	G	F	S	Y	Y	M	T	N	A	V	K	A	E	G	G	T	G	D	A	I	S	G	F	E	G	S	V	P	N	P	Y	V	K	A	S	D	W	G	W	Q	I
Query Conservation
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	Y	M	P	T	F	G	T	W	E	K	T	V	L	T	K	A	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	N	L	D	F	V	S	C	H	A	Y	Y	F	D	R	G	H	K	T	R	A	A	A	S	M	Q	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	L	A
Template Known Secondary structure		T	T		T	T	T	T											G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G													T	T	T	T	T	T								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		258	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.																.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.																		.	.	.
		354	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.												370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	P	V	G	L	R	Y	A	L	C	E	L	Y	E	R	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	R	P	L	F	I	V	E	N	G	F
Query Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	S	E	D	M	T	K	F	I	A	T	V	S	D	A	A	D	Q	A	R	E	A	N	N	G	T	K	D	I	A	L	S	F	D	E	W	G	V
Template Known Secondary structure		T																							T		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		306	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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