Job Description Q46829 Confidence 98.20% Date Thu Jan 5 12:34:51 GMT 2012 Rank 120 Aligned Residues 282 % Identity 13% Template c2wnwB_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: B: PDB Molecule:activated by transcription factor ssrb; PDBTitle: the crystal structure of srfj from salmonella typhimurium Resolution 2.00 Å

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		74	.	.	.	.	.	80				.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.											.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.		.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.
Query SS confidence									.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.
Query Sequence		K	E	D	I	K	L	F	.	.	.	A	E	M	G	F	K	C	F	R	T	S	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	W	T	R	I	F	P	K	G	D	E	A	Q	P	N	E	E	G	L	K	F	Y	D	D	.	M	F	D	E	L	L	K	Y	N	I	E	P	V	I	T	L	S	H	F	E	M	P	L
Query Conservation									.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.
Alig confidence									.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.
Template Conservation
Template Sequence		A	Q	F	L	S	L	Y	F	S	A	Q	E	H	N	Y	T	L	A	R	M	P	I	Q	S	C	D	F	S	L	G	N	Y	A	Y	V	D	S	S	A	D	L	Q	Q	G	R	L	S	F	S	R	D	E	A	H	L	I	P	L	I	S	G	A	L	R	L	N	P	H	M	K	L	M	A	S	P	W	S	P	P	A
Template Known Secondary structure											T	T	T	T										S			S	S	S	S	S				S			S						T	T											T												T	T								S				G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		69	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.
		140	.	.	.					.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.				.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.
Predicted Secondary structure						.	.	.	.																													.	.	.
Query SS confidence						.	.	.	.																													.	.	.
Query Sequence		H	L	V	Q	.	.	.	.	Q	Y	G	S	W	T	N	R	K	V	V	D	F	F	V	R	F	A	E	V	V	F	E	R	Y	K	H	K	.	.	.	V	K	Y	W	M	T	F	N	E	I	N	N	Q	R	N	W	R	A	P	L	F	G	Y	C	C	S	G	V	V	Y	T	E	H	E	N	P	E	E	T	M	Y
Query Conservation						.	.	.	.																													.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.																													.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	M	K	T	N	N	D	M	N	G	G	G	K	L	R	R	E	C	Y	A	D	W	A	D	I	I	I	N	Y	L	L	E	Y	R	R	H	G	I	N	V	Q	A	L	S	V	Q	N	E	P	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	V	K	T	W	D	S	C	L	Y	S	V	E	E	E	T
Template Known Secondary structure		G	G	B	T	T	S		S	B	S			B	B		G	G	G																	T	T	T								S		S	S	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S	S	B			B
Template Predicted Secondary structure																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		149	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.															.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.
		213	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.		.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.
Predicted Secondary structure																								.
Query SS confidence																								.
Query Sequence		Q	V	L	H	H	Q	F	V	A	S	A	L	A	V	K	A	A	R	R	I	N	P	.	E	M	K	V	G	C	M	L	A	M	V	P	L	Y	P	Y	S	C	N	P	D	D	V	M	F	A	Q	E	S	M	R	E	R	Y	V	F	T	D	V	Q	L	R	G	Y	Y	P	S	Y	V	L	N	E	W	E	R	R	G
Query Conservation																								.
Alig confidence										.	.	.	.	.	.									.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation										.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	F	A	V	Q	Y	L	R	.	.	.	.	.	.	P	R	L	A	R	Q	G	M	D	E	M	E	I	Y	I	W	D	H	D	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	G	L	V	D	W	A	E	L	A	F	A	D	E	A
Template Known Secondary structure							T			.	.	.	.	.	.						T	T		T	T										G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G									T	T	S
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		215	.	.	.	.	220	.	.							.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.
		292	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.		370
Predicted Secondary structure																																																																																.
Query SS confidence																																																																																.
Query Sequence		F	N	I	K	M	E	D	G	D	L	D	V	L	R	E	G	T	C	D	Y	L	G	F	S	Y	Y	M	T	N	A	V	K	A	E	G	G	T	G	D	A	I	S	G	F	E	G	S	V	P	N	P	Y	V	K	A	S	D	W	G	W	Q	I	D	P	V	G	L	R	Y	A	L	C	E	L	Y	E	R	Y	.	Q
Query Conservation																																																																																.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	Y	K	G	I	N	G	L	A	F	H	W	Y	T	G	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	F	S	Q	I	Q	Y	L	A	Q	C	L	P	D
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
															258	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.
		371	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.			.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																	.	.
Query SS confidence																																																																	.	.
Query Sequence		R	P	L	F	I	V	E	N	G	F	G	A	Y	D	K	V	E	E	D	G	S	I	N	D	D	Y	R	I	D	Y	L	R	A	H	I	E	E	M	K	K	A	V	T	Y	D	G	V	D	L	M	G	Y	T	P	W	G	C	I	D	C	V	S	F	.	.	T	T	G	Q	Y	S	K	R	Y	G	F	I	Y	V	N
Query Conservation																																																																	.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.																	.	.				.
Template Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.																						.
Template Sequence		K	K	L	L	F	S	E	G	C	V	P	M	E	S	.	.	.	.	.	.	.	.	D	A	G	S	Q	I	R	H	W	H	T	Y	L	H	D	M	I	G	N	F	K	S	.	.	.	G	C	S	G	F	I	D	W	N	L	L	L	N	S	E	G	G	P	N	H	Q	.	G	N	L	C	E	A	P	I	Q	Y	D
Template Known Secondary structure		S										B				.	.	.	.	.	.	.	.	S	T	T																				.	.	.	T									S				T	T	S				T	T	.				B			S
Template Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.																						.
Template SS confidence
		288	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.									.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.				.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.		.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.
		449	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	H	D	D	G	T	G	D	M	S	R	S	R	K	K	S	F	N	W	Y	K	E	V	I	A
Query Conservation
Alig confidence				.	.	.	.	.
Template Conservation				.	.	.	.	.
Template Sequence		A	Q	.	.	.	.	.	N	D	V	L	R	R	N	H	S	W	Y	G	I	G	H	F	C	R
Template Known Secondary structure		T	T	.	.	.	.	.	T	T																T
Template Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.
Template SS confidence
		356	.						.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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