Job Description Q46829 Confidence 98.95% Date Thu Jan 5 12:34:51 GMT 2012 Rank 110 Aligned Residues 250 % Identity 21% Template c2w62A_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:glycolipid-anchored surface protein 2; PDBTitle: saccharomyces cerevisiae gas2p in complex with2 laminaripentaose Resolution 1.85 Å

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		72	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.				.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																													.	.	.
Query SS confidence																																													.	.	.
Query Sequence		H	Y	K	E	D	I	K	L	F	A	E	M	G	F	K	C	F	R	T	S	I	A	W	T	R	I	F	P	K	G	D	E	A	Q	P	N	E	E	G	L	K	F	Y	.	.	.	D	D	M	F	D	E	L	L	K	Y	N	I	E	P	V	I	T	L	S	H	F	E	M	P	L	H	L	V	Q	Q	Y	G	S	W
Query Conservation																																													.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	C	L	R	D	I	P	F	L	K	M	L	G	V	N	T	L	R	V	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	I	D	P	T	K	S	H	D	I	C	M	E	A	L	S	A	E	G	M	Y	V	L	L	D	L	S	E	P	D	I	S	.	.	.	.	.	.	.	I	N	R
Template Known Secondary structure														T		S					S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				T	T	S												T	T							S		B	T	T	B	S	.	.	.	.	.	.	.			T
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		88	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.								140	.	.
		149	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.			.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.	.
Query SS confidence																									.	.
Query Sequence		T	N	R	K	V	V	D	F	F	V	R	F	A	E	V	V	F	E	R	Y	K	H	K	.	.	V	K	Y	W	M	T	F	N	E	I	N	N	Q	R	N	W	R	A	P	L	F	G	Y	C	C	S	G	V	V	Y	T	E	H	E	N	P	E	E	T	M	Y	Q	V	L	H	H	Q	F	V	A	S	A	L	A	V
Query Conservation																									.	.
Alig confidence																									.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	N	P	S	W	D	V	H	I	F	E	R	Y	K	S	V	I	D	A	M	S	S	F	P	N	L	L	G	Y	F	A	G	N	E	V	T	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	H	T	N	T	F	A	S	P	F	.	.	.	.	.	.	V	K	A	A	I	R	D	A
Template Known Secondary structure		T	S																			T	T		T	T									S	S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	T	T		G	G	G				.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		143	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				180	.	.	.	.	.	.	.	.	.							190	.	.	.	.	.	.	.
		227	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	A	A	R	R	I	N	P	E	M	K	V	G	C	M	L	A	M	V	P	L	Y	P	Y	S	C	N	P	D	D	V	M	F	A	Q	E	S	M	R	E	R	Y	V	F	T	D	V	Q	L	R	G	Y	Y	P	S	Y	V	L	N	E	W	E	R	R	G	F	N	I	K	M	E	D	G	D	L	D	V	L	R	E
Query Conservation
Alig confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	E	Y	I	S	H	S	N	H	R	K	I	P	V	G	Y	S	T	N	D	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	M	T	R	D	N	L	A	R	Y	F	V	C	G	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure								S	S	S													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	T								T	T	B	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		198	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.
		307	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	T	C	D	Y	L	G	F	S	Y	Y	M	T	N	A	V	K	A	E	G	G	T	G	D	A	I	S	G	F	E	G	S	V	P	N	P	Y	V	K	A	S	D	W	G	W	Q	I	D	P	V	G	L	R	Y	A	L	C	E	L	Y	E	R	Y	Q	R	P	L	F	I	V	E	N	G	F	G	A	Y	D	K	V
Query Conservation
Alig confidence													.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.
Template Conservation													.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.
Template Sequence		V	K	A	D	F	Y	G	I	N	M	Y	.	.	.	.	.	E	W	C	G	Y	S	T	Y	G	T	S	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	R	E	R	T	K	E	F	.	E	G	Y	P	I	P	V	F	F	S	E	F	G	C	N	L	V	R	P	R
Template Known Secondary structure					S								.	.	.	.	.				S	S							S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	T	T		S	S											S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.
Template SS confidence
		234	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.						.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	260	.	.	.	.		.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.
		387	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	E	D	G	S	I	N	D	D	Y	R	I	D	Y	L	R	A	H	I	E	E	M	K	K	A	V	T	Y	D	G	V	D	L	M	G	Y	T	P	W	G	C	I	D	C	V	S	F	T	T	G	Q	Y	S	K	R	Y	G	F	I	Y	V	N	K	H	D	D	G	T	G	D	M	S	R	S	R	K	K	S	F	N
Query Conservation
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.						.	.	.	.	.	.	.													.	.												.	.	.	.	.	.
Template Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.						.	.	.	.	.	.	.													.	.												.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	F	T	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	S	A	L	Y	G	N	.	K	M	S	S	V	.	.	.	.	.	.	.	W	S	G	G	L	A	Y	M	Y	F	E	E	.	.	E	N	E	Y	G	V	V	K	I	N	D	.	.	.	.	.	.	N	D	G	V	D	I	L	P	D	F	K
Template Known Secondary structure				T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					T	S		.				T	T	.	.	.	.	.	.	.							S		S	B			.	.	S	S	S			S					T	.	.	.	.	.	.	T	S
Template Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.						.	.	.	.	.	.	.													.	.												.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		285	.	.	.															.	290	.	.	.	.	.		.	.	.	.	300								.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.			.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.							.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.
		467	.	.	470	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		W	Y	K	E	V	I	A	S
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		N	L	K	K	E	F	A	K
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		335	.	.	.	.	340	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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