Job Description Q46829 Confidence 99.84% Date Thu Jan 5 12:34:51 GMT 2012 Rank 71 Aligned Residues 284 % Identity 22% Template c2bs9B_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: B: PDB Molecule:beta-xylosidase; PDBTitle: native crystal structure of a gh39 beta-xylosidase xynb12 from geobacillus stearothermophilus Resolution 2.2 Å

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		73	.	.	.	.	.	.	80		.	.	.	.	.	.	.	.	.	90									.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.
Predicted Secondary structure										.											.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence										.											.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	K	E	D	I	K	L	F	.	A	E	M	G	F	K	C	F	R	T	.	.	.	.	.	.	.	.	S	I	A	W	T	R	I	F	P	K	G	D	E	A	Q	P	N	E	E	G	L	K	F	Y	D	D	M	F	D	E	L	L	K	Y	N	I	E	P	V	I	T	L	S	H	F	E	M	P	L	H	L	V	Q
Query Conservation										.											.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.											.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.																					.	.
Template Conservation																																																			.	.	.																					.	.
Template Sequence		Y	L	D	H	L	K	L	V	Q	E	K	I	G	F	R	Y	I	R	G	H	G	L	L	S	D	D	V	G	I	Y	R	E	V	E	I	D	G	E	M	K	P	F	Y	N	F	T	Y	I	D	.	.	.	R	I	V	D	S	Y	L	A	L	N	I	R	P	F	I	E	F	G	F	M	.	.	P	K	A	L	A	S
Template Known Secondary structure													S			S					S		T	T	S	T	T	T									T	T													.	.	.									T	T										B	.	.		G	G	G	B	S
Template Predicted Secondary structure																																																			.	.	.																					.	.
Template SS confidence
		35	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.				.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.			.	.	.	.	.	.
										144	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.						.	.	.	.			.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.					.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.					.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	Q	Y	G	S	W	T	N	R	K	V	V	D	F	F	V	R	F	A	E	V	V	F	E	R	Y	K	H	K	.	.	.	.	.	V	K	Y	W	.	.	M	T	F	N	E	I	N	N	Q	R	N	W	R	A	P	L	F	G	Y	C	C	S	G	V	V	Y	T	E	H	E	N	P	E
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.					.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.		.																											.	.	.	.	.					.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	D	Q	T	V	F	Y	W	K	.	G	N	V	T	P	P	K	D	Y	N	K	W	R	D	L	I	V	A	V	V	S	H	F	I	E	R	Y	G	I	E	E	V	R	T	W	L	F	E	V	W	N	E	P	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	V	N	F	W	K	D	A	N	K	Q	E	Y
Template Known Secondary structure		S					T	T	T	T	.				S		B	S																										T	T						S	S		T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	T	T	T	S	G	G	G
Template Predicted Secondary structure											.																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		110	.	.	.	.	.	.	.	.		.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.														.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.
		209	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	T	M	Y	Q	V	L	H	H	Q	F	V	A	S	A	L	A	V	K	A	A	R	R	I	N	P	E	M	K	V	G	C	M	L	A	M	V	P	L	Y	P	Y	S	C	N	P	D	D	V	M	F	A	Q	E	S	M	R	E	R	Y	V	F	T	D	V	Q	L	R	G	Y	Y	P	S	Y	V	L	N	E	W	E
Query Conservation
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	K	L	Y	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	T	A	R	A	V	K	S	V	D	P	H	L	Q	V	G	G	P	A	I	C	G	G	S	D	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	I	T	D	F	L	H	F	C	A
Template Known Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											T	T										S	S		T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		176	.	.	.	180											.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	210	.	.	.	.	.	.
		289	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	R	G	F	N	I	K	M	E	D	G	D	L	D	V	L	R	E	G	T	C	D	Y	L	G	F	S	Y	Y	M	T	N	A	V	K	A	E	G	G	T	G	D	A	I	S	G	F	E	G	S	V	P	N	P	Y	V	K	A	S	D	W	G	W	Q	I	D	P	V	G	L	R	Y	A	L	C	E	L	Y	E	R
Query Conservation
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	R	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	P	V	D	F	V	S	R	H	A	Y	T	S	K	A	P	H	K	K	T	F	E	Y	Y	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	E	L	E	P	P	E	D	M	L	E	Q	F	K	T	V	R	A	L
Template Known Secondary structure			T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													B		S		S				S	S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			B
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		217	.	.																220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.
		369							370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.																																																																									.
Query SS confidence			.	.	.	.	.	.																																																																									.
Query Sequence		Y	.	.	.	.	.	.	Q	R	P	L	F	I	V	E	N	G	F	G	A	Y	D	K	V	E	E	D	G	S	I	N	D	D	Y	R	I	D	Y	L	R	A	H	I	E	E	M	K	K	A	V	T	Y	D	G	V	D	L	M	G	Y	T	P	W	G	C	I	D	C	V	S	F	T	T	G	Q	Y	S	K	R	.
Query Conservation			.	.	.	.	.	.																																																																									.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.																						.									.	.										.	.							.
Template Conservation																									.	.	.	.	.	.	.																						.									.	.										.	.
Template Sequence		I	R	Q	S	P	F	P	H	L	P	L	H	I	T	E	Y	N	T	S	Y	S	P	I	.	.	.	.	.	.	.	N	P	V	H	D	T	A	L	N	A	A	Y	I	A	R	I	L	S	E	G	G	.	D	Y	V	D	S	F	S	Y	.	.	W	T	F	S	D	V	F	E	E	.	.	M	D	V	P	K	A	L
Template Known Secondary structure					S	S		T	T										S		S		T	T	.	.	.	.	.	.	.		G	G	G	G	S														G	G	.	G	T		S					.	.	S		S	B	S				T	.	.	T	S	S		S	S	S
Template Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.	.																						.									.	.										.	.
Template SS confidence
		264	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.								.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.		.	.	310	.	.	.	.	.			.	.	.	.	320	.	.	.	.			.	.	.	.	.	330	.
						442	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	Y	G	F	I	Y	V	N	K	H	D	D	G	T	G	D	M	S	R	S	R	K	K	S	F	N	W	Y	K
Query Conservation		.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	H	G	G	F	G	L	V	A	L	H	S	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	K	P	T	F	H	A	F	T
Template Known Secondary structure		S	S			S		S			T	T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		332	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.											.	.	.	.	.	350	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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