Job Description Q46829 Confidence 98.14% Date Thu Jan 5 12:34:51 GMT 2012 Rank 122 Aligned Residues 235 % Identity 15% Template c1nofA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:xylanase; PDBTitle: the first crystallographic structure of a xylanase from2 glycosyl hydrolase family 5: implications for catalysis Resolution 1.42 Å

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		83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.					.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																	.	.	.	.
Query Sequence		M	G	F	K	C	F	R	T	S	I	A	W	T	R	I	F	P	K	G	D	E	A	Q	P	N	E	E	G	L	K	F	Y	D	D	M	F	D	E	L	L	K	Y	N	I	E	P	V	I	T	L	S	H	F	E	M	P	L	H	L	V	Q	Q	Y	.	.	.	.	G	S	W	T	N	R	K	V	V	D	F	F	V
Query Conservation																																																																	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.																			.	.												.	.	.	.
Template Conservation												.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.																			.	.
Template Sequence		I	G	L	S	I	M	R	V	R	I	.	.	.	.	.	.	.	D	P	D	S	S	K	W	N	I	Q	.	.	.	.	.	L	P	S	A	R	Q	A	V	S	L	G	A	K	I	M	A	T	P	.	.	W	S	P	P	A	Y	M	K	S	N	N	S	L	I	N	G	G	R	L	L	P	A	N	Y	S	A	Y	T
Template Known Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.		S	S	G	G	G	G	G	G	G	.	.	.	.	.										T	T								.	.	S				G	G	G	B	T	T	S	S	S	B	S			B	B		G	G	G
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.																			.	.
Template SS confidence
		75	.	.	.	.	80	.	.	.	.								.	.	.	.	.	90	.	.	.	.						.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.			.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140
		159	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170				.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.	.	.
Query SS confidence														.	.	.
Query Sequence		R	F	A	E	V	V	F	E	R	Y	K	H	.	.	.	K	V	K	Y	W	M	T	F	N	E	I	N	N	Q	R	N	W	R	A	P	L	F	G	Y	C	C	S	G	V	V	Y	T	E	H	E	N	P	E	E	T	M	Y	Q	V	L	H	H	Q	F	V	A	S	A	L	A	V	K	A	A	R	R	I	N	P	E
Query Conservation														.	.	.
Alig confidence														.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	H	L	L	D	F	S	K	Y	M	Q	T	N	G	A	P	L	Y	A	I	S	I	Q	N	E	P	D	W	K	P	D	Y	E	S	C	E	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	G	D	E	F	K	S	Y	L	K	S	Q	G	S	K	F	G	S
Template Known Secondary structure														T	T				S				S		S		T	T				S	S	B			B		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													G	G	G	G	T	T
Template Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		141	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.
		236	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	K	V	G	C	M	L	A	M	V	P	L	Y	P	Y	S	C	N	P	D	D	V	M	F	A	Q	E	S	M	R	E	R	Y	V	F	T	D	V	Q	L	R	G	Y	Y	P	S	Y	V	L	N	E	W	E	R	R	G	F	N	I	K	M	E	D	G	D	L	D	V	L	R	E	G	T	C	D	Y	L	G	F	S
Query Conservation
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	K	V	I	V	A	E	S	L	G	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	P	A	L	T	D	P	V	L	K	D	S	D	A	S	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	V	S	I	I	G	G	H
Template Known Secondary structure		S								T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		G	G	G	T					T						T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		196	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	230
		316	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	Y	M	T	N	A	V	K	A	E	G	G	T	G	D	A	I	S	G	F	E	G	S	V	P	N	P	Y	V	K	A	S	D	W	G	W	Q	I	D	P	V	G	L	R	Y	A	L	C	E	L	Y	E	R	Y	Q	R	P	L	F	I	V	E	N	G	F	G	A	Y	D	K	V	E	E	D	G	S	I	N	D	D
Query Conservation
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	Y	G	T	T	P	K	P	Y	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	A	Q	N	A	G	K	Q	L	W	M	T	E	H	Y	V	D	S	K	Q	S	A	.	.	.	.	.	.	N	N	W
Template Known Secondary structure			T	T	S							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					T	T										S		T	T	S		T	.	.	.	.	.	.	T
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		231	.	.	.	.	.	.	.	.	240																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.							.	.	.
		396	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	R	I	D	Y	L	R	A	H	I	E	E	M	K	K	A	V	T	Y	D	G	V	D	L	M	G	Y	T	P	W	G	C	I	D	C	V	S	F	T	T	G	Q	Y	S	K	R	Y	G	F	I	Y	V	N	K	H	D	D	G	T	G	D	M	S	R	S	R	K	K	S	F	N	W	Y	K	E	V	I	A
Query Conservation
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	S	A	I	E	V	G	T	E	L	N	A	S	M	V	S	.	.	.	.	.	.	N	Y	S	A	Y	V	W	W	Y	I	R	R	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	G	L	L	T	E	D	G	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	S	K	R	G	Y	V	M	S	Q	Y	A	R
Template Known Secondary structure																	T	.	.	.	.	.	.	T									S	B	S	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S	S	B		T	T	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	B												T
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		266	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.							.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.												.	.	.	.	.	300	.	.	.											.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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