Job Description P24171 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:40:46 GMT 2012 Rank 4 Aligned Residues 561 % Identity 12% Template c3ce2A_ PDB info PDB header:structural genomics, unknown function Chain: A: PDB Molecule:putative peptidase; PDBTitle: crystal structure of putative peptidase from chlamydophila abortus Resolution 2.60 Å

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		6	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.				.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.
Predicted Secondary structure																																									.	.	.
Query SS confidence																																									.	.	.
Query Sequence		P	F	L	V	Q	S	T	L	P	Y	L	A	P	H	F	D	Q	I	A	N	H	H	Y	R	P	A	F	D	E	G	M	Q	Q	K	R	A	E	I	A	.	.	.	A	I	A	L	N	P	Q	M	P	D	F	N	N	T	I	L	A	L	E	Q	S	G	E	L	L	T	R	V	T	S	V	F	F	A	M	T	A	A
Query Conservation																																									.	.	.
Alig confidence															.	.	.	.	.																						.	.	.
Template Conservation															.	.	.	.	.
Template Sequence		S	P	Q	D	C	W	D	I	T	P	L	Y	L	.	.	.	.	.	N	R	K	A	W	K	A	D	L	D	S	F	G	L	K	S	P	T	W	P	A	L	Q	A	T	Q	Y	Q	L	D	N	S	E	S	L	L	S	L	L	T	T	L	F	S	I	E	R	K	L	N	K	L	Y	V	Y	A	H	L	T	H	D	Q
Template Known Secondary structure			G	G	G	S				T	T	T		S	.	.	.	.	.	S											T						S		S	T	T		G	G	G			T	T
Template Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.
Template SS confidence
		17	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.						30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.
		83	.	.		.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.		150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160
Predicted Secondary structure					.																																																																	.
Query SS confidence					.																																																																	.
Query Sequence		H	T	N	.	D	E	L	Q	R	L	D	E	Q	F	S	A	E	L	A	E	L	A	N	D	I	Y	L	N	G	E	L	F	A	R	V	D	A	V	W	Q	R	R	E	S	L	G	L	D	S	E	S	I	R	L	V	E	V	I	H	Q	R	F	V	L	A	G	A	K	.	L	A	Q	A	D	K	A	K	L	K	V
Query Conservation					.																																																																	.
Alig confidence					.																						.	.	.																																									.
Template Conservation																											.	.	.
Template Sequence		D	I	T	N	Q	E	G	I	A	D	L	K	S	I	T	H	L	H	T	L	F	A	E	E	T	.	.	.	S	W	V	Q	P	A	L	T	S	L	S	E	S	L	I	A	Q	H	L	S	A	P	C	L	A	P	Y	R	F	Y	L	E	K	I	F	R	L	S	I	H	T	G	T	P	G	E	E	K	I	L	A	S
Template Known Secondary structure			T	T																						T	.	.	.	T	T							T	S												S	T	T	G	G	G									T	T	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																											.	.	.
Template SS confidence
		95	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.				120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	N	T	E	A	A	T	L	T	S	Q	F	N	Q	R	L	L	A	A	N	K	S	G	G	L	V	V	N	D	I	A	Q	L	A	G	M	S	E	Q	E	I	A	L	A	A	E	A	A	R	E	K	G	L	D	N	K	W	L	I	P	L	L	N	T	T	Q	Q	P	A	L	A	E	M	R	D	R	A	T	R	E
Query Conservation
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.
Template Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.
Template Sequence		A	F	T	P	L	E	V	A	S	K	A	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	L	S	D	S	E	I	P	F	G	Q	A	T	D	S	E	G	N	S	H	P	L	S	H	A	L	A	S	L	Y	M	Q	.	S	T	D	R	E	L	R	K
Template Known Secondary structure			T	T	G	G	G							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						T	T	S								S	S																T	.		S
Template Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.
Template SS confidence
		172	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.		.	.	.	220	.	.	.	.
		241	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	L	F	I	A	G	W	T	R	A	E	K	N	D	A	N	D	T	R	A	I	I	Q	R	L	V	E	I	R	A	Q	Q	A	T	L	L	G	F	P	H	Y	A	A	W	K	I	A	D	Q	M	A	K	T	P	E	A	A	L	N	F	M	R	E	I	V	P	A	A	R	Q	R	A	S	D	E	L	A	S	I	Q
Query Conservation
Alig confidence											.																																									.	.																									.	.	.	.
Template Conservation											.																																									.	.																									.	.	.	.
Template Sequence		T	S	Y	L	A	Q	C	E	R	.	Y	H	S	Y	R	H	T	F	A	N	L	L	N	G	K	I	Q	A	H	V	F	Y	A	K	N	K	R	Y	N	S	C	L	Q	A	A	L	Y	H	N	N	.	.	I	P	T	T	V	Y	T	N	L	I	D	I	V	K	K	N	S	S	L	I	T	K	Y	F	.	.	.	.
Template Known Secondary structure											.			T	T																						T	T		S	S							T	T	T	T	.	.															T	T									.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure											.																																									.	.																									.	.	.	.
Template SS confidence
		225	.	.	.	.	230	.	.	.		.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.			.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.
		321	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	V	I	D	K	Q	Q	G	G	F	S	A	Q	P	W	D	W	A	F	Y	A	E	Q	V	R	R	E	K	F	D	L	D	E	A	Q	L	K	P	Y	F	E	L	N	T	V	L	N	E	G	V	F	W	T	A	N	Q	L	F	G	I	K	F	V	E	R	F	D	I	P	V	Y	H	P	D	V	R	V	W	E	I
Query Conservation
Alig confidence																									.	.											.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																									.	.											.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	I	K	Q	R	C	L	N	L	K	D	F	H	F	Y	D	V	Y	A	P	L	S	Q	.	.	E	K	K	Y	T	F	Q	E	A	V	.	.	.	.	.	.	.	.	D	L	I	Y	T	S	L	S	P	L	G	T	E	Y	I	D	T	L	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure									T		S	S		B	G	G	G	T	T			S			.	.											.	.	.	.	.	.	.	.							T	G	G	G										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																									.	.											.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		298	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320			.	.	.	.	.	.	.	.	.	330									.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		401	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	D	H	N	G	V	G	L	A	L	F	Y	G	D	F	F	A	R	D	S	K	S	G	G	A	W	M	G	N	F	V	E	Q	S	T	L	N	K	T	H	P	V	I	Y	N	V	C	N	Y	Q	K	P	A	A	G	E	P	A	L	L	L	W	D	D	V	I	T	L	F	H	E	F	G	H	T	L	H	G	L	F
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	Q	G	L	T	T	Q	G	W	V	D	K	Y	E	N	L	N	K	R	S	G	A	Y	S	S	G	C	Y	D	S	H	P	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	V	L	L	N	Y	T	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	L	Y	D	V	S	V	I	A	H	E	G	G	H	S	M	H	S	Y	F
Template Known Secondary structure		.	.	.	.					T	S						S			T	T				S							T	T	S			.	.	.	.	.	.	.	.								S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
						352	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.									.	.	.	.	.	.	.	390										.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410
		481	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	R	Q	R	Y	A	T	L	S	G	T	N	T	P	R	D	F	V	E	F	P	S	Q	I	N	E	H	W	A	T	H	P	Q	V	F	A	R	Y	A	R	H	Y	Q	S	G	A	A	M	P	D	E	L	Q	Q	K	M	R	N	A	S	L	F	N	K	G	Y	E	M	S	E	L	L	S	A	A	L	L	D	M	R
Query Conservation
Alig confidence				.																														.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation				.																														.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	R	.	K	H	Q	P	F	H	D	A	Q	Y	P	I	F	L	A	E	I	A	S	T	L	N	E	M	L	L	M	D	S	.	.	M	L	K	E	S	D	S	K	E	E	K	I	T	I	L	T	R	C	L	D	T	I	F	S	.	.	.	.	.	.	.	.	T	L	F	R	Q	V	L	F	A	S	F	E	Y	D
Template Known Secondary structure				.			S		G	G	G		S			G	G	G	T	T														.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.		T
Template Predicted Secondary structure				.																														.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		411	.		.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.			.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.									.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		561	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.			.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.				.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.																			.	.	.
Query SS confidence																		.	.																			.	.	.
Query Sequence		W	H	C	L	E	E	N	E	A	M	Q	D	V	D	D	F	.	.	E	L	R	A	L	V	A	E	N	M	D	L	P	A	I	P	P	R	.	.	.	Y	R	S	S	Y	F	A	H	I	F	G	G	G	Y	A	A	G	Y	Y	A	Y	L	W	T	Q	M	L	A	D	D	G	Y	Q	W	F	V	E	Q	G	G	L
Query Conservation																		.	.																			.	.	.
Alig confidence																		.	.																			.	.	.											.	.	.																											.	.
Template Conservation																																																			.	.	.																											.	.
Template Sequence		I	H	H	A	A	E	H	G	V	P	L	T	E	E	Y	L	S	S	T	Y	K	N	L	Q	N	E	F	Y	G	E	I	I	T	F	D	V	L	S	N	I	E	W	A	R	I	P	H	F	Y	.	.	.	Y	N	F	Y	V	Y	Q	Y	A	T	G	I	I	A	A	L	C	F	L	E	K	I	L	N	N	E	.	.
Template Known Secondary structure								T	T																					T	T	T		B			T	T	G	G	G	G	G	G	G	S		G	G	G	.	.	.		S	S		T																			T	T		.	.
Template Predicted Secondary structure																																																			.	.	.																											.	.
Template SS confidence
		480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.				.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.
		636	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	R	E	N	G	L	R	F	R	E	A	I	L	S	R	G	N	S	E	D	L	E	R	L	Y	R	Q	W	R	G	K	A	P	K	I	M	P	M	L	Q	H
Query Conservation
Alig confidence		.										.																		.
Template Conservation		.										.																		.
Template Sequence		.	D	N	A	L	N	S	Y	L	N	.	F	L	K	S	G	G	S	D	F	P	L	E	I	L	K	K	S	.	G	L	D	M	G	T	V	E	P	I	Q	K
Template Known Secondary structure		.	T	T								.			T	T	T	T	S	S									T	.	T			T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure		.										.																		.
Template SS confidence
			555	.	.	.	.	560	.	.	.		.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580		.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.