Job Description P24171 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:40:46 GMT 2012 Rank 10 Aligned Residues 477 % Identity 16% Template c2qr4B_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: B: PDB Molecule:peptidase m3b, oligoendopeptidase f; PDBTitle: crystal structure of oligoendopeptidase-f from enterococcus faecium Resolution 2.50 Å

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		29	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.						.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.	.
Query Sequence		R	P	A	F	D	E	G	M	Q	Q	K	R	A	E	I	A	A	I	A	L	.	.	.	.	.	N	P	Q	M	P	D	F	N	N	T	I	L	A	L	E	Q	S	G	E	L	L	T	R	V	T	S	V	F	F	A	M	T	A	A	H	T	N	D	E	L	Q	R	L	D	E	Q	F	S	A	E	L	A	E	L	A
Query Conservation																						.	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.	.																																								.	.	.
Template Conservation																																																																		.	.	.
Template Sequence		D	Q	E	F	D	E	K	Y	L	E	L	S	E	E	L	K	Q	S	E	K	H	K	G	T	L	D	Q	G	A	S	Q	F	L	N	A	I	E	F	V	L	R	V	Y	R	Q	T	E	V	I	Y	V	Y	A	H	L	K	N	D	Q	D	T	G	N	T	.	.	.	D	Y	Q	A	L	Y	A	R	A	S	S	L	F
Template Known Secondary structure																G	G	G	S	T	T	T	T	T		T	T	S																																	S	T	T			.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																		.	.	.
Template SS confidence
		27	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90				.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.
		104	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	D	I	Y	L	N	G	E	L	F	A	R	V	D	A	V	W	Q	R	R	E	S	L	G	L	D	S	E	S	I	R	L	V	E	V	I	H	Q	R	F	V	L	A	G	A	K	L	A	Q	A	D	K	A	K	L	K	V	L	N	T	E	A	A	T	L	T	S	Q	F	N	Q	R	L	L	A	A	N	K	S	G
Query Conservation
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	K	V	S	E	A	V	S	W	F	E	.	.	.	.	.	.	.	.	P	E	I	L	Q	L	S	D	D	Q	I	W	Q	Y	F	K	E	E	P	K	L	E	V	Y	R	H	Y	I	Q	Q	I	V	D	N	R	A	H	V	L	S	A	E	Q	E	S	L	L	A	G	A	G	E	I	F	D	A	S	S	D	T	F
Template Known Secondary structure								T	T	T			.	.	.	.	.	.	.	.				T	T	S													G	G	G	G	G	G									T	T	G	G	G													T
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		104	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.									.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.
		184	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	L	V	V	N	D	I	A	Q	L	A	G	M	S	E	Q	E	I	A	L	A	A	E	A	A	R	E	K	G	L	D	N	K	W	L	I	P	L	L	N	T	T	Q	Q	P	A	L	A	E	M	R	D	R	A	T	R	E	K	L	F	I	A	G	W	T	R	A	E	K	N	D	A	N	D	T	R	A	I	I	Q
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.																		.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.																		.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	V	L	N	N	A	D	L	V	F	P	T	I	E	G	E	N	G	E	I	V	Q	L	S	H	G	V	Y	G	Q	L	L	E	.	S	T	D	R	R	V	R	E	A	A	F	K	G	L	Y	S	V	.	Y	E	Q	F	R	N	T	F	A	S	T	L	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						T	T									S	S	S																.		S																.				T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.																		.
Template SS confidence
																	176	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.		.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.		.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.
		264	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	L	V	E	I	R	A	Q	Q	A	T	L	L	G	F	P	H	Y	A	A	W	K	I	A	D	Q	M	A	K	T	P	E	A	A	L	N	F	M	R	E	I	V	P	A	A	R	Q	R	A	S	D	E	L	A	S	I	Q	A	V	I	D	K	Q	Q	G	G	F	S	A	Q	P	W	D	W	A	F	Y	A	E	Q
Query Conservation
Alig confidence																												.	.																										.	.	.	.																							.
Template Conservation																												.	.																										.	.	.	.																							.
Template Sequence		T	H	I	K	G	H	N	F	K	A	K	V	R	N	Y	S	S	A	R	E	A	S	L	S	N	N	.	.	H	I	P	E	S	V	Y	D	T	L	V	D	V	V	N	K	H	L	P	L	L	H	R	Y	X	.	.	.	.	E	L	R	K	R	L	L	E	V	E	K	L	H	X	Y	D	L	Y	T	P	V	L	.
Template Known Secondary structure														T	T		S									T	T	.	.	T																T									.	.	.	.								T		S	S	B		G	G	G	S	S	S		S		.
Template Predicted Secondary structure																												.	.																										.	.	.	.																							.
Template SS confidence
		239	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.			.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.					290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.
		344	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	R	R	E	K	F	D	L	D	E	A	Q	L	K	P	Y	F	E	L	N	T	V	L	N	E	G	V	F	W	T	A	N	Q	L	F	G	I	K	F	V	E	R	F	D	I	P	V	Y	H	P	D	V	R	V	W	E	I	F	D	H	N	G	V	G	L	A	L	F	Y	G	D	F	F	A	R	D	S	K	S	G
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	K	E	K	A	L	E	A	L	K	P	X	G	E	E	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T						T	G	G	G					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																				312	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.
		424	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	A	W	M	G	N	F	V	E	Q	S	T	L	N	K	T	H	P	V	I	Y	N	V	C	N	Y	Q	K	P	A	A	G	E	P	A	L	L	L	W	D	D	V	I	T	L	F	H	E	F	G	H	T	L	H	G	L	F	A	R	Q	R	Y	A	T	L	S	G	T	N	T	P	R	D	F	V	E	F	P	S	Q
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	X	A	L	D	Q	L	F	T	L	V	H	E	X	G	H	S	V	H	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	I	F	L	A	E	I	A	S	T
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																						339	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.																.	.	360	.	.	.	.	.	.	.
		504	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.			.	.	580	.
Predicted Secondary structure																																																																												.	.
Query SS confidence																																																																												.	.
Query Sequence		I	N	E	H	W	A	T	H	P	Q	V	F	A	R	Y	A	R	H	Y	Q	S	G	A	A	M	P	D	E	L	Q	Q	K	M	R	N	A	S	L	F	N	K	G	Y	E	M	S	E	L	L	S	A	A	L	L	D	M	R	W	H	C	L	E	E	N	E	A	M	Q	D	V	D	D	F	E	.	.	L	R	A	L
Query Conservation																																																																												.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																						.	.
Template Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	N	E	N	I	L	T	E	Y	L	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	T	E	K	D	P	R	V	R	A	Y	V	L	N	H	Y	L	D	G	F	K	G	T	V	F	R	Q	T	Q	F	A	E	F	E	H	F	X	H	T	E	D	E	K	G	V	P	L	T	S	E	Y	L	S	D	S	Y	G	K	L
Template Known Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					S																			T																				T
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		424	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.											.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.
		582	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.				.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.	.	.
Query SS confidence																	.	.	.
Query Sequence		V	A	E	N	M	D	L	P	A	I	P	P	R	Y	R	.	.	.	S	S	Y	F	A	H	I	F	G	G	G	Y	A	A	G	Y	Y	A	Y	L	W	T	Q	M	L	A	D	D	G	Y	Q	W	F	V	E	Q	G	G	L	T	R	E	N	G	L	R	F	R	E	A	I	L	S	R	G	N	S	E	D	L	E	R
Query Conservation																	.	.	.
Alig confidence																	.	.	.										.	.	.																										.	.	.								.									.	.	.
Template Conservation																													.	.	.																										.	.	.								.									.	.	.
Template Sequence		N	A	K	Y	Y	G	P	A	V	E	E	D	P	E	I	K	F	E	W	S	R	I	P	H	F	Y	Y	.	.	.	N	Y	Y	V	F	Q	Y	S	T	G	F	S	A	A	S	A	L	A	K	K	I	L	N	Q	E	.	.	.	P	E	A	L	E	N	Y	.	L	A	Y	L	K	S	D	Y	.	.	.	P	V	E
Template Known Secondary structure								T	T	B				G	G	G	G	G	G	G	G	G		G	G	G	G	S	.	.	.	S	S		T																			T	T		.	.	.	T	T						.									.	.	.
Template Predicted Secondary structure																													.	.	.																										.	.	.								.									.	.	.
Template SS confidence
		494	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520				.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.				.	.	.	.	550	.	.		.	.	.	.	.	.	.	560				.	.	.
		659	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	Y	R	Q	W	R	G	K	A	P	K	I	M	P	M	L	Q	H
Query Conservation
Alig confidence							.
Template Conservation							.
Template Sequence		V	X	K	K	A	.	G	V	D	X	T	Q	A	A	Y	I	E	D
Template Known Secondary structure						T	.	T			T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure							.
Template SS confidence
		567	.	.	570	.		.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.