Job Description P27298 Confidence 100.00% Date Wed Jan 25 15:20:46 GMT 2012 Rank 4 Aligned Residues 561 % Identity 16% Template c3ce2A_ PDB info PDB header:structural genomics, unknown function Chain: A: PDB Molecule:putative peptidase; PDBTitle: crystal structure of putative peptidase from chlamydophila abortus Resolution 2.60 Å

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		5	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.								.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.				.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.
Query SS confidence																.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.
Query Sequence		L	L	T	P	F	E	L	P	P	F	S	K	I	L	.	.	.	.	.	.	.	P	E	H	V	V	P	A	V	T	K	A	L	N	D	C	R	E	N	V	E	.	.	.	R	V	V	A	Q	G	A	P	Y	T	W	E	N	L	C	Q	P	L	A	E	V	D	D	V	L	G	R	I	F	S	P	V	S	H	L	N
Query Conservation																.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	R	P	R	S	E	I	S	P	Q	D	C	W	D	I	T	P	L	Y	L	N	R	K	A	W	K	A	D	L	D	S	F	G	L	K	S	P	T	W	P	A	L	Q	A	T	Q	Y	Q	L	D	N	S	E	S	L	L	S	L	L	T	T	L	F	S	I	E	R	K	L	N	K	L	Y	V	Y	A	H	L	T	H
Template Known Secondary structure					G	G	G	S		G	G	G	S				T	T	T		S	S											T						S		S	T	T		G	G	G			T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		75	.	.	.	.		80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.
Predicted Secondary structure							.
Query SS confidence							.
Query Sequence		S	V	K	N	S	.	P	E	L	R	E	A	Y	E	Q	T	L	P	L	L	S	E	Y	S	T	W	V	G	Q	H	E	G	L	Y	K	A	Y	R	D	L	R	D	G	D	H	Y	A	T	L	N	T	A	Q	K	K	A	V	D	N	A	L	R	D	F	E	L	S	G	I	G	L	P	K	E	K	Q	Q	R	Y	G
Query Conservation							.
Alig confidence							.																							.	.	.
Template Conservation																														.	.	.
Template Sequence		D	Q	D	I	T	N	Q	E	G	I	A	D	L	K	S	I	T	H	L	H	T	L	F	A	E	E	T	S	.	.	.	W	V	Q	P	A	L	T	S	L	S	E	S	L	I	A	Q	H	L	S	A	P	C	L	A	P	Y	R	F	Y	L	E	K	I	F	R	L	S	I	H	T	G	T	P	G	E	E	K	I	L
Template Known Secondary structure					T	T																						T	T	.	.	.	T							T	S												S	T	T	G	G	G									T	T	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																														.	.	.
Template SS confidence
		93	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120				.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		154	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	I	A	T	R	L	S	E	L	G	N	Q	Y	S	N	N	V	L	D	A	T	M	G	W	T	K	L	V	T	D	E	A	E	L	A	G	M	P	E	S	A	L	A	A	A	K	A	Q	A	E	A	K	E	L	E	G	Y	L	L	T	L	D	I	P	S	Y	L	P	V	M	T	Y	C	D	N	Q	A	L	R	E
Query Conservation
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.
Template Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.
Template Sequence		A	S	A	F	T	P	L	E	V	A	S	K	A	F	S	S	L	S	D	S	E	I	P	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	Q	A	T	D	S	E	G	N	S	H	P	L	S	H	A	L	A	S	L	Y	M	Q	.	S	T	D	R	E	L	R	K
Template Known Secondary structure					T	T	G	G	G												T	T	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						S	S																T	.		S
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.
Template SS confidence
		170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.		.	.	.	220	.	.	.	.
		234	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	M	Y	R	A	Y	S	T	R	A	S	D	Q	G	P	N	A	G	K	W	D	N	S	K	V	M	E	E	I	L	A	L	R	H	E	L	A	Q	L	L	G	F	E	N	Y	A	F	K	S	L	A	T	K	M	A	E	N	P	Q	Q	V	L	D	F	L	T	D	L	A	K	R	A	R	P	Q	G	E	K	E	L
Query Conservation
Alig confidence																		.	.	.	.	.																																		.	.																				.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.																																		.	.																				.	.	.	.
Template Sequence		T	S	Y	L	A	Q	C	E	R	Y	H	S	Y	R	H	T	.	.	.	.	.	F	A	N	L	L	N	G	K	I	Q	A	H	V	F	Y	A	K	N	K	R	Y	N	S	C	L	Q	A	A	L	Y	H	N	N	.	.	I	P	T	T	V	Y	T	N	L	I	D	I	V	K	K	N	S	S	L	.	.	.	.	I
Template Known Secondary structure													T	T				.	.	.	.	.																			T	T		S	S							T	T	T	T	.	.															T	T				.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.																																		.	.																				.	.	.	.
Template SS confidence
		225	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240						.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.			.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.					.
		314	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	Q	L	R	A	F	A	K	A	E	F	G	V	D	E	L	Q	P	W	D	I	A	Y	Y	S	E	K	Q	K	Q	H	L	Y	S	I	S	D	E	Q	L	R	P	Y	F	P	E	N	K	A	V	N	G	L	F	E	V	V	K	R	I	Y	G	I	T	A	K	E	R	K	D	V	D	V	W	H	P	D	V	R	F
Query Conservation
Alig confidence																													.	.											.	.	.	.	.	.	.														.															.	.	.	.	.	.
Template Conservation																													.	.											.	.	.	.	.	.	.														.															.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	K	Y	F	S	I	K	Q	R	C	L	N	L	K	D	F	H	F	Y	D	V	Y	A	P	L	S	Q	.	.	E	K	K	Y	T	F	Q	E	A	V	.	.	.	.	.	.	.	D	L	I	Y	T	S	L	S	P	L	G	T	E	.	Y	I	D	T	L	K	Q	G	L	T	T	Q	G	W	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure													T		S	S		B	G	G	G	T	T			S			.	.											.	.	.	.	.	.	.							T	G	G	G				.											T	S			.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																													.	.											.	.	.	.	.	.	.														.															.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		294	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320			.	.	.	.	.	.	.	.	.	330								.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.		.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.
		394	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	E	L	Y	D	E	N	N	E	L	R	G	S	F	Y	L	D	L	Y	A	R	E	N	K	R	G	G	A	W	M	D	D	C	V	G	Q	M	R	K	A	D	G	S	L	Q	K	P	V	A	Y	L	T	C	N	F	N	R	P	V	N	G	K	P	A	L	F	T	H	D	E	V	I	T	L	F	H	E	F	G	H
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	D	K	Y	E	N	L	N	K	R	S	G	A	Y	S	S	G	C	Y	D	S	H	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	V	L	L	N	Y	T	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	L	Y	D	V	S	V	I	A	H	E	G	G	H
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S			T	T				S							T	T	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.												.	.	.	.	.	.	.	390										.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.
		474	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	L	H	H	M	L	T	R	I	E	T	A	G	V	S	G	I	S	G	V	P	W	D	A	V	E	L	P	S	Q	F	M	E	N	W	C	W	E	P	E	A	L	A	F	I	S	G	H	Y	E	T	G	E	P	L	P	K	E	L	L	D	K	M	L	A	A	K	N	Y	Q	A	A	L	F	I	L	R	Q	L	E
Query Conservation
Alig confidence																	.	.																							.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																	.	.																							.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	M	H	S	Y	F	S	R	K	H	Q	P	F	H	D	.	.	A	Q	Y	P	I	F	L	A	E	I	A	S	T	L	N	E	M	L	L	M	D	S	.	.	M	L	K	E	S	D	S	K	E	E	K	I	T	I	L	T	R	C	L	D	T	I	F	S	T	.	.	.	.	.	.	.	.	L	F	R	Q	V	L
Template Known Secondary structure												S		G	G	G	.	.		S			G	G	G	T	T														.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	T
Template Predicted Secondary structure																	.	.																							.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		405	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.			420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.			.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.									.	.	.	470	.	.
		554	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.				.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.				.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																.	.	.																											.	.	.
Query SS confidence																.	.	.																											.	.	.
Query Sequence		F	G	L	F	D	F	R	L	H	A	E	F	R	P	.	.	.	D	Q	G	A	K	I	L	E	T	L	A	E	I	K	K	L	V	A	V	V	P	S	P	S	W	G	.	.	.	R	F	P	H	A	F	S	H	I	F	A	G	G	Y	A	A	G	Y	Y	S	Y	L	W	A	D	V	L	A	A	D	A	F	S	R
Query Conservation																.	.	.																											.	.	.
Alig confidence																.	.	.																											.	.	.											.	.	.
Template Conservation																																																										.	.	.
Template Sequence		F	A	S	F	E	Y	D	I	H	H	A	A	E	H	G	V	P	L	T	E	E	Y	L	S	S	T	Y	K	N	L	Q	N	E	F	Y	G	E	I	I	T	F	D	V	L	S	N	I	E	W	A	R	I	P	H	F	Y	.	.	.	Y	N	F	Y	V	Y	Q	Y	A	T	G	I	I	A	A	L	C	F	L	E	K
Template Known Secondary structure															T	T																					T	T	T		B			T	T	G	G	G	G	G	G	G	S		G	G	G	.	.	.		S	S		T
Template Predicted Secondary structure																																																										.	.	.
Template SS confidence
		473	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.				.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		628	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	E	E	E	G	I	F	N	R	E	T	G	Q	S	F	L	D	N	I	L	S	R	G	G	S	E	E	P	M	D	L	F	K	R	F	R	G	R	E	P	Q	L	D	A	M	L	E	H
Query Conservation
Alig confidence							.	.	.										.																		.
Template Conservation							.	.	.										.																		.
Template Sequence		I	L	N	N	E	.	.	.	D	N	A	L	N	S	Y	L	N	.	F	L	K	S	G	G	S	D	F	P	L	E	I	L	K	K	S	.	G	L	D	M	G	T	V	E	P	I	Q	K
Template Known Secondary structure				T	T		.	.	.	T	T								.			T	T	T	T	S	S									T	.	T			T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure							.	.	.										.																		.
Template SS confidence
		550	.	.	.	.				.	.	.	.	.	560	.	.	.		.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580		.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.