Job Description P27298 Confidence 100.00% Date Wed Jan 25 15:20:46 GMT 2012 Rank 13 Aligned Residues 463 % Identity 18% Template c1wgzC_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: C: PDB Molecule:carboxypeptidase 1; PDBTitle: crystal structure of carboxypeptidase 1 from thermus thermophilus Resolution 2.60 Å

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		47	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.				.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.	.
Query SS confidence																														.	.	.
Query Sequence		Y	T	W	E	N	L	C	Q	P	L	A	E	V	D	D	V	L	G	R	I	F	S	P	V	S	H	L	N	.	.	.	S	V	K	N	S	P	E	L	R	E	A	Y	E	Q	T	L	P	L	L	S	E	Y	S	T	W	V	G	Q	H	E	G	L	Y	K	A	Y	R	D	L	R	D	G	D	H	Y	A	T	L	N
Query Conservation																														.	.	.
Alig confidence																														.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		M	T	P	E	A	A	Y	Q	N	L	L	E	F	Q	R	E	T	A	Y	L	A	S	L	G	A	L	A	A	W	D	Q	R	T	M	I	P	K	K	G	H	E	H	R	A	R	Q	M	A	A	L	A	R	L	L	H	Q	R	M	T	D	P	R	I	G	E	W	L	E	K	V	E	G	S	P	L	V	Q	D	P	L
Template Known Secondary structure																																	T	T	T			T	T																					T												T	T	S	G	G	G	S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80
		124	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	A	Q	K	K	A	V	D	N	A	L	R	D	F	E	L	S	G	I	G	L	P	K	E	K	Q	Q	R	Y	G	E	I	A	T	R	L	S	E	L	G	N	Q	Y	S	N	N	V	L	D	A	T	M	G	W	T	K	L	V	T	D	E	A	E	L	A	G	M	P	E	S	A	L	A	A	A	K	A	Q	A	E
Query Conservation
Alig confidence																					.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	D	A	A	V	N	V	R	E	W	R	Q	A	Y	E	R	A	R	A	.	I	P	E	R	L	A	V	E	L	A	Q	A	E	S	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S																			.	S															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																					.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.		100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.
		204	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																											.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																											.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	K	E	L	E	G	Y	L	L	T	L	D	I	P	S	Y	L	P	V	M	T	Y	C	D	N	Q	A	L	R	E	E	M	Y	R	A	Y	S	T	R	A	S	D	Q	G	P	N	A	G	K	W	D	N	S	K	V	M	E	E	I	L	A	L	R	H	E	L	A	Q	L	L	G	F	E	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																											.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	E	S	F	W	E	E	A	R	P	R	D	D	W	R	G	F	L	P	Y	L	K	R	V	Y	A	L	T	K	E	K	A	E	V	L	F	A	L	P	P	A	P	G	D	P
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									T	T	T	T																									T	S			S	T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																					115	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.
					277	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.		290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.														.
Query SS confidence		.	.	.														.
Query Sequence		.	.	.	N	Y	A	F	K	S	L	A	T	K	M	A	E	.	N	P	Q	Q	V	L	D	F	L	T	D	L	A	K	R	A	R	P	Q	G	E	K	E	L	A	Q	L	R	A	F	A	K	A	E	F	G	V	D	E	L	Q	P	W	D	I	A	Y	Y	S	E	K	Q	K	Q	H	L	Y	S	I	S	D	E	Q
Query Conservation		.	.	.														.
Alig confidence		.	.	.														.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	Y	G	E	L	Y	D	A	L	L	D	G	Y	E	P	G	M	R	A	R	E	L	L	P	L	F	A	E	L	K	E	G	L	K	G	L	L	D	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	L	G	S	G	K	R	P	D	T	S	I
Template Known Secondary structure					S										S	T	T																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	T						G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210
		353	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.		.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.
Predicted Secondary structure																																																													.
Query SS confidence																																																													.
Query Sequence		L	R	P	Y	F	P	E	N	K	A	V	N	G	L	F	E	V	V	K	R	I	Y	G	I	T	A	K	E	R	K	D	V	D	V	W	H	P	D	V	R	F	F	E	L	Y	D	E	N	N	E	L	R	G	S	F	Y	L	D	L	.	Y	A	R	E	N	K	R	G	G	A	W	M	D	D	C	V	G	Q	M	R
Query Conservation																																																													.
Alig confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				.
Template Conservation																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	H	R	P	Y	P	V	E	A	Q	R	R	F	A	L	E	L	L	S	A	C	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	D	L	E	A	G	R	L	D	P	T	A	H	P	F	E	I	A	I	G	P	G	D	V
Template Known Secondary structure		G	G	S																			T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			G	G	G							S	S								T	T
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		211	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.
		432	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460			.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																															.	.
Query SS confidence																															.	.
Query Sequence		K	A	D	G	S	L	Q	K	P	V	A	Y	L	T	C	N	F	N	R	P	V	N	G	K	P	A	L	F	T	.	.	H	D	E	V	I	T	L	F	H	E	F	G	H	G	L	H	H	M	L	T	R	I	E	T	A	G	V	S	G	I	S	G	V	P	W	D	A	V	E	L	P	S	Q	F	M	E	N	W	C
Query Conservation																															.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.		.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	I	T	T	R	Y	Y	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	F	F	N	A	G	I	F	G	T	L	H	E	M	G	H	A	L	Y	E	Q	G	L	P	K	E	H	W	G	T	P	R	G	D	A	V	S	L	G	V	H	E	S	Q	S	R	T	W	E	N	L	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T																						S		G	G	G	T	T	S	G	G	G	S		S														T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
													257	.	.	260	.	.	.	.										.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.
			510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.						.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.							.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.															.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.															.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	W	E	P	E	A	L	A	F	I	S	G	H	Y	E	.	.	.	.	.	T	G	E	P	L	P	K	E	L	L	D	K	M	L	A	A	K	N	Y	Q	A	.	.	.	.	.	.	A	L	F	I	L	R	Q	L	E	F	G	L	F	D	F	R	L	H	A	E	F	R	P	D	Q	G	A	K	I	L	E	T	L
Query Conservation		.															.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.															.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.																			.	.
Template Conservation																																																																			.	.
Template Sequence		G	R	S	L	G	F	W	E	R	F	F	P	R	A	R	E	V	F	A	S	L	G	D	V	S	L	E	D	F	H	F	A	V	N	A	V	E	P	S	L	I	R	V	E	A	D	E	V	T	Y	N	L	H	I	L	V	R	L	E	L	E	L	A	L	F	.	.	R	G	E	L	S	P	E	D	L	P	E	A	W
Template Known Secondary structure		T	T	S																G	G	G	T	T										T	T						S		T	T	T			T	T	T																	.	.	T	T	S			G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																																																			.	.
Template SS confidence
		317	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.			.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.
		578	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.										.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	E	I	K	K	L	V	A	V	V	P	S	P	S	W	G	R	F	P	H	A	F	S	H	I	F	A	G	G	Y	A	A	G	Y	Y	S	Y	L	W	A	D	V	L	A	A	D	A	F	S	R	F	E	E	E	G	I	F	N	R	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	G	Q	S	F	L	D	N	I	L	S
Query Conservation																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																										.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																										.
Template Sequence		A	E	K	Y	R	D	H	L	G	V	A	P	K	D	Y	K	D	G	V	M	Q	D	V	H	.	W	A	G	G	L	F	G	Y	F	P	T	Y	T	L	G	N	L	Y	A	A	Q	F	F	Q	K	A	E	A	E	L	G	P	L	E	P	R	F	A	R	G	E	F	Q	P	F	L	D	W	T	R	A	R	I	H	A
Template Known Secondary structure										S				S	S	S	T	T	T	G	G	G		S	G	.	G	G	G	T			S		T																														T	T													T	G	G
Template Predicted Secondary structure																										.
Template SS confidence
		395	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.		.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.
		649	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	G	G	S	E	E	P	M	D	L	F	K	R	F	R	G	R	E	P	Q	L	D	A	M	L	E	H	Y
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		E	G	S	R	F	R	P	R	V	L	V	E	R	V	T	G	E	A	P	S	A	R	P	F	L	A	Y	L
Template Known Secondary structure		G	T	T	S	S											S	S				S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		474	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.