Job Description P33650 Confidence 99.87% Date Thu Jan 5 11:52:32 GMT 2012 Rank 6 Aligned Residues 373 % Identity 19% Template c2qptA_ PDB info PDB header:endocytosis Chain: A: PDB Molecule:eh domain-containing protein-2; PDBTitle: crystal structure of an ehd atpase involved in membrane remodelling Resolution 3.10 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.				.	.	30	.	.	.	.							.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50																.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																												.	.	.								.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																												.	.	.								.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	K	L	T	I	G	L	I	G	N	P	N	S	G	K	T	T	L	F	N	Q	L	T	G	S	R	.	.	.	Q	R	V	G	N	W	A	.	.	.	.	.	.	G	V	T	V	E	R	K	E	G	Q	F	S	T	T	D	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	V	T	L	V	D	L
Query Conservation																												.	.	.								.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																												.	.	.								.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	K	P	M	V	L	V	A	G	Q	Y	S	T	G	K	T	S	F	I	Q	Y	L	L	E	Q	E	V	P	G	S	R	V	G	P	E	P	T	T	D	C	F	V	A	V	M	H	G	E	T	E	G	T	V	P	G	N	T	F	L	N	R	F	M	C	A	Q	L	P	N	Q	V	L	E	S	I	S	I	I	D	T
Template Known Secondary structure		S									B	T	T	S											T	S			S	S					S	S					S								S	S	S										T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		57	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.
		58	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.				.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																											.	.	.
Query SS confidence																																											.	.	.
Query Sequence		P	G	T	Y	S	L	T	T	I	S	S	Q	T	S	L	D	E	Q	I	A	C	H	Y	I	L	S	G	D	A	D	L	L	I	N	V	V	D	A	S	N	L	.	.	.	E	R	N	L	Y	L	T	L	Q	L	L	E	L	G	I	P	C	I	V	A	L	N	M	L	D	I	A	E	K	Q	N	I	R	I	E	I
Query Conservation																																											.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.										.	.																.	.	.
Template Conservation											.	.	.	.	.	.										.	.
Template Sequence		P	G	I	L	S	R	G	Y	D	.	.	.	.	.	.	F	P	A	V	L	R	W	F	A	.	.	E	R	V	D	L	I	I	L	L	F	D	A	H	K	L	E	I	S	D	E	F	S	E	A	I	G	A	L	R	G	H	E	D	K	I	R	V	V	L	N	K	A	D	M	V	E	T	Q	Q	L	M	R	V	Y
Template Known Secondary structure				B					S		.	.	.	.	.	.										.	.				S								T	T	S														T	T	T		G	G	G								G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.										.	.
Template SS confidence
		155	.	.	.	.	160	.	.	.							.	.	.	.	.	.	170	.	.			.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.
		135	.	.	.	.	140	.	.								.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence										.	.	.	.	.	.	.																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	A	L	S	A	R	L	G	.	.	.	.	.	.	.	C	P	V	I	P	L	V	S	T	R	G	R	G	I	E	A	L	K	L	A	I	D	R	Y	K	A	N	E	N	V	E	L	V	H	Y	A	Q	P	L	L	N	E	A	D	S	L	A	K	V	M	P	S	D	I	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation										.	.	.	.	.	.	.																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	A	L	M	W	A	L	G	K	V	V	G	T	P	E	V	L	R	V	Y	I	G	S	F	W	S	Q	P	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	V	P	D	N	R	R	L	F	E	L	E	E	Q	D	L	F	R	D	I	Q	G	L	P	R	H	A	A	L	R	K	L	N	D	L
Template Known Secondary structure															S	S							S			S	S	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S		T	T																	T	T	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		234	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.
					198	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.							.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.																																																				.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.																																																				.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	L	K	Q	R	R	W	L	G	L	Q	M	L	E	G	D	I	Y	S	R	A	Y	A	G	E	A	S	Q	H	L	D	A	A	L	A	R	L	R	N	E	M	D	D	P	A	L	H	I	A	D	A	R	.	.	.	.	.	.	Y	Q	C	I	A	A	I	C	D	V	V	S	N	T	L	T	A	E	P	S
Query Conservation		.	.	.																																																				.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.																							.																													.	.	.	.	.	.
Template Conservation																											.
Template Sequence		V	K	R	A	R	L	V	R	V	H	A	Y	I	I	S	Y	L	K	K	E	M	P	T	V	F	.	G	K	E	N	K	K	K	Q	L	I	L	K	L	P	V	I	F	A	K	I	Q	L	E	H	H	I	S	P	G	D	F	P	D	C	Q	K	M	Q	E	L	L	M	A	H	D	F	T	K	F	H	S	L	K	P
Template Known Secondary structure																						S		S	S	S	.												T											T	T				T	T	T														S		G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure																											.
Template SS confidence
		298	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.		.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.
		269	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.					.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																							.	.	.	.
Query SS confidence																																																							.	.	.	.
Query Sequence		R	F	T	T	A	V	D	K	I	V	L	N	R	F	L	G	L	P	I	F	L	F	V	M	Y	L	M	F	L	L	A	I	N	I	G	G	A	L	Q	P	L	F	D	V	G	S	V	A	L	F	V	H	G	.	.	.	.	I	Q	W	I	G	Y	T	L	H	F	P	D	W	L	T	I	F	L	A	Q	G	L	G
Query Conservation																																																							.	.	.	.
Alig confidence																																																							.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																					.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	L	L	E	A	L	D	D	M	L	A	Q	D	I	A	K	L	M	P	L	L	R	Q	E	E	L	E	S	V	E	A	G	V	A	G	G	A	F	E	G	T	R	M	G	P	F	V	E	W	V	V	T	K	D	K	S	K	Y	D	E	I	F	Y	N	L	A	P	.	.	.	.	.	.	.	.	A	D	G	K	L
Template Known Secondary structure																											S	S		G	G	G	S			S	S	S			G	G	G	G		S					T	T	T	T	T											T			.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																																					.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		377	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.									.	.	.	.	.
		345	.	.	.	.	350	.	.	.					.	.	.	.	.	.	360	.	.	.		.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.		.	.	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.											.																																																					.
Query SS confidence											.	.	.	.											.																																																					.
Query Sequence		G	G	I	N	T	V	L	P	L	.	.	.	.	V	P	Q	I	G	M	M	Y	L	F	.	L	S	F	L	E	D	S	G	Y	M	A	R	A	A	F	V	M	D	R	L	M	Q	A	L	G	L	P	G	K	S	F	V	P	L	I	V	G	F	G	C	N	V	P	S	V	M	G	A	R	T	L	D	.	A	P	R
Query Conservation											.	.	.	.											.																																																					.
Alig confidence											.	.	.	.											.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.
Template Conservation																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	G	S	K	A	K	T	W	M	V	G	T	K	L	P	N	S	V	L	G	R	I	W	K	L	S	D	V	D	R	D	G	M	L	D	D	E	E	F	A	L	A	S	H	L	I	E	A	K	L	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	H	G	L	P	T	N	L	P	R	R	L	V	P	P	S	K	R
Template Known Secondary structure													T	T															S	S		S	S	S																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S					S	S			G	G	G	S		S	S
Template Predicted Secondary structure																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		468	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.												.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.