Job Description P16869 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:35:50 GMT 2012 Rank 11 Aligned Residues 539 % Identity 15% Template d2gufa1 SCOP info Transmembrane beta-barrels Porins Ligand-gated protein channel Resolution 1.95

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		62	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.			130	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																						.	.
Query SS confidence																																																																						.	.
Query Sequence		V	T	S	T	S	A	G	T	K	M	Q	M	T	Q	R	D	I	P	Q	S	V	T	I	V	S	Q	Q	R	M	E	D	Q	Q	L	Q	T	L	G	E	V	M	E	N	T	L	G	I	S	K	S	Q	A	D	S	D	R	A	L	Y	Y	S	R	G	F	Q	I	D	N	.	.	Y	M	V	D	G	I	P	T	Y	F
Query Conservation																																																																						.	.
Alig confidence																																																							.	.	.	.												.	.
Template Conservation																																																							.	.	.	.
Template Sequence		D	T	L	V	V	T	A	N	R	F	E	Q	P	R	S	T	V	L	A	P	T	T	V	V	T	R	Q	D	I	D	R	W	Q	S	T	S	V	N	D	V	L	R	R	L	P	G	V	D	I	T	Q	L	S	.	.	.	.	S	I	F	I	R	G	T	N	A	S	H	V	L	V	L	I	D	G	V	R	L	N	L
Template Known Secondary structure		T				S	T	T	T	S	S				G	G	G			S														T		S	S	S					T	T	S	T	T								.	.	.	.					T	T			G	G	G						T	T
Template Predicted Secondary structure																																																							.	.	.	.
Template SS confidence
		6	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.					.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.
		140	.		.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.
Query SS confidence				.
Query Sequence		E	S	.	R	W	N	L	G	D	A	L	S	D	M	A	L	F	E	R	V	E	V	V	R	G	A	T	G	L	M	T	G	T	G	N	P	S	A	A	I	N	M	V	R	K	H	A	T	S	R	E	F	K	G	D	V	S	A	E	Y	G	S	W	N	K	E	R	Y	V	A	D	L	Q	S	P	L	T	E	D	G
Query Conservation				.
Alig confidence				.																																															.
Template Conservation																																																			.
Template Sequence		A	G	V	S	G	S	A	D	L	S	Q	F	P	I	A	L	V	Q	R	V	E	Y	I	R	G	P	R	S	A	V	Y	G	S	D	A	I	G	G	V	V	N	I	I	T	T	R	D	E	P	.	G	T	E	I	S	A	G	W	G	S	N	S	Y	Q	N	Y	D	V	S	T	Q	Q	Q	L	G	D	K	T	R	V
Template Known Secondary structure			S	T	T	G	G	G	G	G	G	G	S		G	G	G		S							S								T	T		S	S													.										T	T	T												S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																			.
Template SS confidence
		88	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.		.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.
		219	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	I	R	A	R	I	V	G	G	Y	Q	N	N	D	S	W	L	D	R	Y	N	S	E	K	T	F	F	S	G	I	V	D	A	D	L	G	D	L	T	T	L	S	A	G	Y	E	Y	Q	R	I	D	V	N	S	P	T	W	G	G	L	P	R	W	N	T	D	G	S	S	N	S	Y	D	R	A	R	S	T	A	P
Query Conservation
Alig confidence																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	L	L	G	D	Y	A	H	T	H	D	G	F	L	S	K	T	L	Y	G	A	L	E	H	N	F	T	D	A	W	S	G	F	V	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure																											S	S	S	S							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		167	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.
		299	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	W	A	Y	N	D	K	E	I	N	K	V	F	M	T	L	K	Q	Q	F	A	D	T	W	Q	A	T	L	N	A	T	H	S	E	V	E	F	D	S	K	M	M	Y	V	D	A	Y	V	N	K	A	D	G	M	L	V	G	P	Y	S	N	Y	G	P	G	F	D	Y	V	G	G	T	G	W	N	S	G	K	R	K
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	Y	G	Y	D	N	R	T	N	Y	D	T	R	K	L	Y	S	Q	S	W	D	A	G	L	R	Y	N	G	E	L	I	K	S
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.
		379	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	D	A	L	D	L	F	A	D	G	S	Y	E	L	F	G	R	Q	H	N	L	M	F	G	G	S	Y	S	K	Q	N	N	R	Y	F	S	S	W	A	N	I	F	P	D	E	I	G	S	F	Y	N	F	N	G	N	F	P	Q	T	D	W	S	P	Q	S	L	A	Q	D	D	T	T	H	M	K	S	L	Y	A	A
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		Q	L	I	T	S	Y	S	H	S	K	D	Y	N	Y	D	P	H	Y	G	R	Y	D	S	S	A	T	L	D	E	M	K	Q	Y	T	V	Q	W	A	N	N	V	I	V	G	H	G	S	I	G	A	G	V	D	W	Q	K	Q	T	T	T	P	G	T	G	Y	V	E	D	G	Y	D	Q	R	N	T	G	I	Y	L	T
Template Known Secondary structure																	T	T	T		T	T	S	T	T																				S	S																	T	T			G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		264	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.
		459	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520					.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																.	.	.	.
Query SS confidence																																																																.	.	.	.
Query Sequence		T	R	V	T	L	A	D	P	L	H	L	I	L	G	A	R	Y	T	N	W	R	V	D	T	L	T	Y	S	M	E	K	N	H	T	T	P	Y	A	G	L	V	F	D	I	N	D	N	W	S	T	Y	A	S	Y	T	S	I	F	Q	P	Q	N	.	.	.	.	D	R	D	S	S	G	K	Y	L	A	P	I	T	G
Query Conservation																																																																.	.	.	.
Alig confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.
Template Conservation																								.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	L	Q	Q	V	G	D	F	T	F	E	G	A	A	R	S	D	D	N	S	Q	F	.	.	.	.	.	.	.	.	G	R	H	G	T	W	Q	T	S	A	G	W	E	F	I	E	G	Y	R	F	I	A	S	Y	G	T	S	Y	K	A	P	N	L	G	Q	L	Y	G	F	Y	G	N	P	N	L	D	P	E	K	S
Template Known Secondary structure							T	T													T	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.																T	T																					S	T	T			T	T
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		344	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.									.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.
		535	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	N	Y	E	L	G	L	K	S	D	W	M	N	S	R	L	T	T	T	L	A	I	F	R	I	E	Q	D	N	V	A	Q	S	T	G	T	P	I	P	G	S	N	G	E	T	A	Y	K	A	V	D	G	T	V	S	K	G	V	E	F	E	L	N	G	A	I	T	D	N	W	Q	L	T	F	G	A	T	R	Y	I
Query Conservation
Alig confidence													.	.																						.	.	.	.	.	.	.																									.
Template Conservation													.	.																						.	.	.	.	.	.	.																									.
Template Sequence		K	Q	W	E	G	A	F	E	G	L	T	.	.	A	G	V	N	W	R	I	S	G	Y	R	N	D	V	S	D	L	I	D	Y	D	.	.	.	.	.	.	.	D	H	T	L	K	Y	Y	N	E	G	K	A	R	I	K	G	V	E	A	T	A	N	F	D	.	T	G	P	L	T	H	T	V	S	Y	D	Y	V	D
Template Known Secondary structure													.	.	T	T																				.	.	.	.	.	.	.	T	T	T	T																					.		T	T
Template Predicted Secondary structure													.	.																						.	.	.	.	.	.	.																									.
Template SS confidence
		416	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.			.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.								.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.		.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.
		615	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	E	D	N	E	G	N	A	V	N	P	N	L	P	R	T	T	V	K	M	F	T	S	Y	R	L	P	V	M	P	E	L	T	V	G	G	G	V	N	W	Q	N	R	V	Y	T	D	T	V	T	P	Y	G	T	F	R	A	E	Q	G	S	Y	A	L	V	D	L	F	T	R	Y	Q	V	T	K	N	F	S	L	Q
Query Conservation
Alig confidence																											.	.	.
Template Conservation																											.	.	.
Template Sequence		A	R	N	A	I	T	D	T	P	L	L	R	R	A	K	Q	Q	V	K	Y	Q	L	D	W	Q	.	.	.	L	Y	D	F	D	W	G	I	T	Y	Q	Y	L	G	T	R	Y	D	K	D	Y	S	S	Y	P	Y	Q	T	V	K	M	G	G	V	S	L	W	D	L	A	V	A	Y	P	V	T	S	H	L	T	V	R
Template Known Secondary structure					T	T	T			B		T	T			S											.	.	.		T	T																			S	S	S	S																				S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																											.	.	.
Template SS confidence
		486	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510				.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.
		695	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	N	V	N	N	L	F	D	K	T	Y	D	T	N	V	E	G	S	I	V	Y	G	T	P	R	N	F	S	I	T	G	T	Y	Q	F
Query Conservation
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	K	I	A	N	L	F	D	K	D	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	G	R	E	Y	T	L	S	G	S	Y	T	F
Template Known Secondary structure						S	T	T					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		563	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.												.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.