Job Description P16869 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:35:50 GMT 2012 Rank 9 Aligned Residues 622 % Identity 16% Template d1kmoa_ SCOP info Transmembrane beta-barrels Porins Ligand-gated protein channel Resolution 2.00

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		63	.	.	.	.	.					.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.						.	120	.	.	.	.	.	.						.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.	.																																																			.	.	.	.	.									.	.	.	.	.
Query SS confidence								.	.	.	.																																																			.	.	.	.	.									.	.	.	.	.
Query Sequence		T	S	T	S	A	G	.	.	.	.	T	K	M	Q	M	T	Q	R	D	I	P	Q	S	V	T	I	V	S	Q	Q	R	M	E	D	Q	Q	L	Q	T	L	G	E	V	M	E	N	T	L	G	I	S	K	S	Q	A	D	S	D	R	A	.	.	.	.	.	L	Y	Y	S	R	G	F	Q	.	.	.	.	.	I	D
Query Conservation								.	.	.	.																																																			.	.	.	.	.									.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.																																																			.	.	.	.	.									.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	L	T	V	V	G	D	W	L	G	D	A	R	E	N	D	V	F	E	H	A	G	A	R	D	V	I	R	R	E	D	F	A	K	T	G	A	T	T	M	R	E	V	L	N	R	I	P	G	V	S	A	P	E	N	N	G	T	G	S	H	D	L	A	M	N	F	G	I	R	G	L	N	P	R	L	A	S	R	S
Template Known Secondary structure									S	S	T	T								T		S	S							G	G	G	T	G	G	G	T			S						T	T	S	T	T						S	B	T	T	B		S	T	T	S						T	T	S			G	G	G		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160
		129	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.			.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.					.	.	.	.	200	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.																																																				.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.																																																				.	.	.	.
Query Sequence		N	Y	M	V	D	G	I	P	T	Y	F	E	S	R	W	N	.	.	L	G	D	A	L	S	D	M	A	L	F	E	R	V	E	V	V	R	G	A	T	G	L	M	T	G	T	G	N	P	S	A	A	I	N	M	V	R	K	H	A	T	S	R	E	F	K	G	D	V	S	.	.	.	.	A	E	Y	G	S	W	N
Query Conservation																		.	.																																																				.	.	.	.
Alig confidence																		.	.																																																				.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	V	L	M	D	G	I	P	V	P	F	A	P	Y	G	Q	P	Q	L	S	L	A	P	V	S	L	G	N	M	D	A	I	D	V	V	R	G	G	G	A	V	R	Y	G	P	Q	S	V	G	G	V	V	N	F	V	T	R	A	I	P	Q	D	F	G	I	E	A	G	V	E	G	Q	L	S	P	T	S	S	Q	N
Template Known Secondary structure						T	T				S	S	S	T	T	T					S	S					G	G	G									S	S		T	T	T	S		S	S	G	G	G												S	S													T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		161	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240
		203	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	E	R	Y	V	A	D	L	Q	S	P	L	T	E	D	G	K	I	R	A	R	I	V	G	G	Y	Q	N	N	D	S	W	L	D	R	Y	N	S	E	K	T	F	F	S	G	I	V	D	A	D	L	G	D	L	T	T	L	S	A	G	Y	E	Y	Q	R	I	D	V	N	S	P	T	W	G	G	L	P	R	W	N
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		N	P	K	E	T	H	N	L	M	V	G	G	T	A	D	N	G	F	G	T	A	L	L	Y	S	G	T	R	G	S	D	W	R	E	H	S	A	T	R	I	D	D	L	M	L	K	S	K	Y	A	P	D	E	V	H	T	F	N	S	L	L	Q	Y	Y	D	G	E	A	D	M	P	G	G	L	S	R	A	D	Y	D
Template Known Secondary structure																T	T	S															S	S	S	S																S	S	S	S																				B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		241	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320
		283	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	D	G	S	S	N	S	Y	D	R	A	R	S	T	A	P	D	W	A	Y	N	D	K	E	I	N	K	V	F	M	T	L	K	Q	Q	F	A	D	T	W	Q	A	T	L	N	A	T	H	S	E	V	E	F	D	S	K	M	M	Y	V	D	A	Y	V	N	K	A	D	G	M	L	V	G	P	Y	S	N	Y	G	P
Query Conservation
Alig confidence																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	D	R	W	Q	S	T	R	P	Y	D	R	F	W	G	R	R	K	L	A	S	L	G	Y	Q	F	Q	P	D	S	Q	H	K	F	N	I	Q	G	F	Y	T	Q	T	L	R	S	G	Y	L	E	Q	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				S	S			S		T	T																		S	S	T	T																					T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		321	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.
		363	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	F	D	Y	V	G	G	T	G	W	N	S	G	K	R	K	V	D	A	L	D	L	F	A	D	G	S	Y	E	L	F	G	R	Q	H	N	L	M	F	G	G	S	Y	S	K	Q	N	N	R	Y	F	S	S	W	A	N	I	F	P	D	E	I	G	S	F	Y	N	F	N	G	N	F	P	Q	T	D	W	S	P	Q
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	K	R	I	T	L	S	P	R	N	Y	W	V	R	G	I	E	P	R	Y	S	Q	I	F	M	I	G	P	S	A	H	E	V	G	V	G	Y	R	Y	L	N	E	S	T	H	E	M	R	Y	Y	T	A	T	S	S	G	Q	L	P	S	G	S	S	P	Y	D	R	D	T	R	S	G	T	E	A	H
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	T																									T	T																									T	T	S	S	S				T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.
Template SS confidence
							373	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.
		443	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	L	A	Q	D	D	T	T	H	M	K	S	L	Y	A	A	T	R	V	T	L	A	D	P	L	H	L	I	L	G	A	R	Y	T	N	W	R	V	D	T	L	T	Y	S	M	E	K	N	H	T	T	P	Y	A	G	L	V	F	D	I	N	D	N	W	S	T	Y	A	S	Y	T	S	I	F	Q	P	Q	N	D	R
Query Conservation
Alig confidence																														.	.	.	.	.	.
Template Conservation																														.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	W	Y	L	D	D	K	I	D	I	G	N	W	T	I	T	P	G	M	R	F	E	H	I	E	S	Y	Q	.	.	.	.	.	.	N	N	A	I	T	G	T	H	E	E	V	S	Y	N	A	P	L	P	A	L	N	V	L	Y	H	L	T	D	S	W	N	L	Y	A	N	T	E	G	S	F	G	T	V	Q	Y	S
Template Known Secondary structure												T	T																	.	.	.	.	.	.			T	T	T																							T	T																G	G
Template Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		448	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.							.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.
		523					.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.
Query SS confidence			.	.	.	.
Query Sequence		D	.	.	.	.	S	S	G	K	Y	L	A	P	I	T	G	N	N	Y	E	L	G	L	K	S	D	W	M	N	S	R	L	T	T	T	L	A	I	F	R	I	E	Q	D	N	V	A	Q	S	T	G	T	P	I	P	G	S	N	G	E	T	A	Y	K	A	V	D	G	T	V	S	K	G	V	E	F	E	L	N	G
Query Conservation			.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.																							.	.																														.
Template Conservation																													.	.																														.
Template Sequence		Q	I	G	K	A	V	Q	S	G	N	V	E	P	E	K	A	R	T	W	E	L	G	T	R	Y	D	D	.	.	G	A	L	T	A	E	M	G	L	F	L	I	N	F	N	N	Q	Y	D	S	N	Q	T	N	D	T	V	T	A	.	R	G	K	T	R	H	T	G	L	E	T	Q	A	R	Y	D	L	G	T	L	T
Template Known Secondary structure		G							T	S																			.	.	S	S																S	S			S	S	S			T	T		.																	G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure																													.	.																														.
Template SS confidence
		522	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.			.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.		.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.
		599	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620					.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.					.	.	.	670
Predicted Secondary structure																								.	.	.	.																																															.	.	.	.
Query SS confidence																								.	.	.	.																																															.	.	.	.
Query Sequence		A	I	T	D	N	W	Q	L	T	F	G	A	T	R	Y	I	A	E	D	N	E	G	.	.	.	.	N	A	V	N	P	N	L	P	R	T	T	V	K	M	F	T	S	Y	R	L	P	V	M	P	E	L	T	V	G	G	G	V	N	W	Q	N	R	V	Y	T	D	T	V	T	P	Y	.	.	.	.	G	T	F	R
Query Conservation																								.	.	.	.																																															.	.	.	.
Alig confidence																								.	.	.	.																				.	.	.																									.	.	.	.
Template Conservation																																															.	.	.
Template Sequence		P	T	L	D	N	V	S	I	Y	A	S	Y	A	Y	V	N	A	E	I	R	E	K	G	D	T	Y	G	N	L	V	P	F	S	P	K	H	K	G	T	L	G	V	D	Y	K	.	.	.	P	G	N	W	T	F	N	L	N	S	D	F	Q	S	S	Q	F	A	D	N	A	N	T	V	K	E	S	A	D	G	S	T
Template Known Secondary structure		G	G	G	T	T																S	S	S	T	T	T	T		B		T	T			S											.	.	.		T	T													B		S	S	T	T				S			T	T	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																															.	.	.
Template SS confidence
		599	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.				.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.
		671	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.				.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.					.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																				.	.	.																								.	.	.	.
Query SS confidence																				.	.	.																								.	.	.	.
Query Sequence		A	E	Q	G	S	Y	A	L	V	D	L	F	T	R	Y	Q	V	T	.	.	.	K	N	F	S	L	Q	G	N	V	N	N	L	F	D	K	T	Y	D	T	N	V	E	G	.	.	.	.	S	I	V	Y	G	T	P	R	N	F	S	I	T	G	T	Y	Q	F
Query Conservation																				.	.	.																								.	.	.	.
Alig confidence																				.	.	.																								.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	R	I	P	G	F	M	L	W	G	A	R	V	A	Y	D	F	G	P	Q	M	A	D	L	N	L	A	F	G	V	K	N	I	F	D	Q	D	Y	F	I	R	S	Y	D	D	N	N	K	G	I	Y	A	G	Q	P	R	T	L	Y	M	Q	G	S	L	K	F
Template Known Secondary structure		S		B																T	T	T	T										S	T	T										S	S	T	T									S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		676	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.