Job Description P16869 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:35:50 GMT 2012 Rank 14 Aligned Residues 626 % Identity 15% Template d1fepa_ SCOP info Transmembrane beta-barrels Porins Ligand-gated protein channel Resolution 2.40

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		62	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.		.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.						.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.			130	.	.	.
Predicted Secondary structure																																				.																								.	.	.	.	.												.	.
Query SS confidence																																				.																								.	.	.	.	.												.	.
Query Sequence		V	T	S	T	S	A	G	T	K	M	Q	M	T	Q	R	D	I	P	Q	S	V	T	I	V	S	Q	Q	R	M	E	D	Q	Q	L	.	Q	T	L	G	E	V	M	E	N	T	L	G	I	S	K	S	Q	A	D	S	D	R	A	.	.	.	.	.	L	Y	Y	S	R	G	F	Q	I	D	N	.	.	Y	M	V	D
Query Conservation																																				.																								.	.	.	.	.												.	.
Alig confidence													.	.	.					.																.																								.	.	.	.	.												.	.
Template Conservation													.	.	.					.
Template Sequence		D	T	I	V	V	T	A	A	E	Q	N	.	.	.	L	Q	A	P	.	G	V	S	T	I	T	A	D	E	I	R	K	N	P	V	A	R	D	V	S	K	I	I	R	T	X	P	G	V	N	L	T	G	N	S	T	S	G	Q	R	G	N	N	R	Q	I	D	I	R	G	X	G	P	E	N	T	L	I	L	I	D
Template Known Secondary structure													.	.	.	T	T	S	T	.	T												S			S	S		T					T	T	S	T	T						S		T	T		T	T	T	T							T	T	S		G	G	G						T
Template Predicted Secondary structure													.	.	.					.
Template SS confidence
		12	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.				.	.	.	.		.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.
		134	.	.	.	.	.	140	.	.											.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	I	P	T	Y	F	E	S	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	N	L	G	D	A	L	S	D	M	A	L	F	E	R	V	E	V	V	R	G	A	T	G	L	M	T	G	T	G	N	P	S	A	A	I	N	M	V	R	K	H	A	T	S	R	E	F	K	G	D	V	S	A	E	Y	G	S	W	N	K
Query Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																														.
Template Conservation																																																																		.
Template Sequence		G	K	P	V	S	S	R	N	S	V	R	Q	G	W	R	G	E	R	D	T	R	G	D	T	S	W	V	P	P	E	X	I	E	R	I	E	V	L	R	G	P	A	A	A	R	Y	G	N	G	A	A	G	G	V	V	N	I	I	T	K	K	G	S	G	.	E	W	H	G	S	W	D	A	Y	F	N	A	P	E	H
Template Known Secondary structure		T					G	G	G	G	S				T	T	S				S			S	T	T	S	S		G	G	G									T					T	T		T	T		S	S												S	.	S													S	S
Template Predicted Secondary structure																																																																		.
Template SS confidence
		88	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.		.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.
		204	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	R	Y	V	A	D	L	Q	S	P	L	T	E	D	G	K	I	R	A	R	I	V	G	G	Y	Q	N	N	D	S	W	L	D	R	Y	N	S	E	K	T	F	F	S	G	I	V	D	A	D	L	G	D	L	T	T	L	S	A	G	Y	E	Y	Q	R	I	D	V	N	S	P	T	W	G	G	L	P	R	W	N	T
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		K	E	E	G	A	T	K	R	T	N	F	S	L	T	G	P	L	G	D	E	F	S	F	R	L	Y	G	N	L	D	K	T	Q	A	D	A	W	D	I	N	Q	G	H	Q	S	A	R	A	G	T	Y	A	T	T	L	P	A	G	R	E	G	V	I	N	K	D	I	N	G	V	V	R	W	D	F	A	P	L	Q	S
Template Known Secondary structure		T	T	S															S	S	S																	T	T	T	T	T	T	T						G	G	G	T	T																								T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		167	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.
		284	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	G	S	S	N	S	Y	D	R	A	R	S	T	A	P	D	W	A	Y	N	D	K	E	I	N	K	V	F	M	T	L	K	Q	Q	F	A	D	T	W	Q	A	T	L	N	A	T	H	S	E	V	E	F	D	S	K	M	M	Y	V	D	A	Y	V	N	K	A	D	G	M	L	V	G	P	Y	S	N	Y	G	P	G
Query Conservation
Alig confidence																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	E	L	E	A	G	Y	S	R	Q	G	N	L	Y	A	G	D	T	Q	N	T	N	S	D	S	Y	T	R	S	K	Y	G	D	E	T	N	R	L	Y	R	Q	N	Y	A	L	T	W	N	G	G	W	D	N	G	V	T	T	S	N	W	V	Q	Y	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure																		S					S	S								T	T	S																			T	T	S											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		247	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310
		364	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	D	Y	V	G	G	T	G	W	N	S	G	K	R	K	V	D	A	L	D	L	F	A	D	G	S	Y	E	L	F	G	R	Q	H	N	L	M	F	G	G	S	Y	S	K	Q	N	N	R	Y	F	S	S	W	A	N	I	F	P	D	E	I	G	S	F	Y	N	F	N	G	N	F	P	Q	T	D	W	S	P	Q	S
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	T	R	N	S	R	I	P	E	G	L	A	G	Q	D	F	V	D	I	D	L	D	D	V	X	L	H	S	E	V	N	L	P	I	D	F	L	V	N	Q	T	L	T	L	G	T	E	W	N	Q	Q	R	X	K	D	L	S	S	N	T	Q	A	D
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										S																										S	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																			311	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.
		444	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.										.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	A	Q	D	D	T	T	H	M	K	S	L	Y	A	A	T	R	V	T	L	A	D	P	L	H	L	I	L	G	A	R	Y	T	N	W	R	V	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	L	T	Y	S	M	E	K	N	H	T	T	P	Y	A	G	L	V	F	D	I	N	D	N	W	S	T	Y	A	S	Y	T	S
Query Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	S	P	Y	S	K	A	E	I	F	S	L	F	A	E	N	N	X	E	L	T	D	S	T	I	V	T	P	G	L	R	F	D	H	H	S	I	V	G	N	N	W	S	P	A	L	N	I	S	Q	G	L	G	D	D	F	T	L	K	X	G	I	A	R	A	Y	K	A	P	S	L	Y	Q	T	N	P	N	Y	I	L
Template Known Secondary structure																						S	S	S													T	T	T															S	T	T																T	T	T	T		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		401	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480
		515	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.				.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.
Predicted Secondary structure																																																																	.	.	.
Query SS confidence																																																																	.	.	.
Query Sequence		I	F	Q	P	Q	N	D	R	D	S	S	G	K	Y	L	A	P	I	T	G	N	N	Y	E	L	G	L	K	S	D	W	M	N	S	R	L	T	T	T	L	A	I	F	R	I	E	Q	D	N	V	A	Q	S	T	G	T	P	I	P	G	S	N	G	.	.	.	E	T	A	Y	K	A	V	D	G	T	V	S	K	G
Query Conservation																																																																	.	.	.
Alig confidence																																	.	.																															.	.	.
Template Conservation																																	.	.
Template Sequence		Y	S	K	G	Q	G	C	Y	L	Q	G	N	D	D	L	K	A	E	T	S	I	N	K	E	I	G	L	E	F	K	R	.	.	D	G	W	L	A	G	V	T	W	F	R	N	D	Y	R	N	K	I	E	A	G	Y	V	A	V	G	Q	N	A	V	G	T	D	L	Y	Q	W	D	N	V	P	K	A	V	V	E	G
Template Known Secondary structure				S										T	T																		.	.	T	T																				S	S		S		B		T	T	S		B
Template Predicted Secondary structure																																	.	.
Template SS confidence
		481	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.			.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.
		592	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.		.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																											.																																																						.
Query SS confidence																											.																																																						.
Query Sequence		V	E	F	E	L	N	G	A	I	T	D	N	W	Q	L	T	F	G	A	T	R	Y	I	A	E	.	D	N	E	G	N	A	V	N	P	N	L	P	R	T	T	V	K	M	F	T	S	Y	R	L	P	V	M	P	E	L	T	V	G	G	G	V	N	W	Q	N	R	V	Y	T	D	T	V	T	P	Y	G	T	F	.
Query Conservation																											.																																																						.
Alig confidence																											.																									.	.																												.
Template Conservation																																																				.	.
Template Sequence		L	E	G	S	L	N	V	P	V	S	E	T	V	X	W	T	N	N	I	T	Y	X	L	K	S	E	N	K	T	T	G	D	R	L	S	I	I	P	E	Y	T	L	N	S	T	L	S	W	Q	A	.	.	R	E	D	L	S	X	Q	T	T	F	T	W	Y	G	K	Q	Q	P	K	K	Y	N	Y	K	G	Q	P	A
Template Known Secondary structure												T	T																T	T	T				S	S				S												.	.		T	T													B				S	B		T	T	S		B
Template Predicted Secondary structure																																																				.	.
Template SS confidence
		566	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.			.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.
						670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	R	A	E	Q	G	S	Y	A	L	V	D	L	F	T	R	Y	Q	V	T	K	N	F	S	L	Q	G	N	V	N	N	L	F	D	K	T	Y	D	T	N	V	E	G	S	I	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	G	T	P	R	N	F	S	I	T	G	T	Y	Q
Query Conservation		.	.	.	.																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	G	P	E	T	K	E	I	S	P	Y	S	I	V	G	L	S	A	T	W	D	V	T	K	N	V	S	L	T	G	G	V	D	N	L	F	D	K	R	L	W	R	A	G	N	A	Q	T	T	G	D	L	A	G	A	N	Y	I	A	G	A	G	A	Y	T	Y	N	E	P	G	R	T	W	Y	X	S	V	N	T	H
Template Known Secondary structure			G	G	G	G			B															S	S	S									S	T	T				B				S		S	S					T	T	S	S	S						T	T					B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		644	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.
		729
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		F
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		724