Job Description P04805 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:58:21 GMT 2012 Rank 18 Aligned Residues 370 % Identity 14% Template c3sp1B_ PDB info PDB header:ligase Chain: B: PDB Molecule:cysteinyl-trna synthetase; PDBTitle: crystal structure of cysteinyl-trna synthetase (cyss) from borrelia2 burgdorferi Resolution 2.55 Å

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		7	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.						.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.					.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.														.	.	.	.
Query SS confidence																												.	.	.	.	.														.	.	.	.
Query Sequence		F	A	P	S	P	T	G	Y	L	H	V	G	G	A	R	T	A	L	Y	S	W	L	F	A	R	N	.	.	.	.	.	H	G	G	E	F	V	L	R	I	E	D	T	D	.	.	.	.	L	E	R	S	T	P	E	A	I	E	A	I	M	D	G	M	N	W	L	S	L	E	W	D	E	G	P	Y	Y	Q	T	K
Query Conservation																												.	.	.	.	.														.	.	.	.
Alig confidence																												.	.	.	.	.														.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		C	G	P	T	V	Y	N	Y	A	H	I	G	N	F	R	T	Y	I	F	G	D	L	L	I	K	T	L	R	F	L	G	Y	K	V	N	Y	A	M	N	I	T	D	I	G	H	G	L	T	V	Y	E	I	S	E	F	F	T	E	A	F	F	N	D	C	R	K	L	N	I	V	Y	P	D	K	V	L	V	A	S	K
Template Known Secondary structure					B	S	S	S																							T	T										B		S																								T	T					S					G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		27	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.
		78	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.						.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.	.
Query Sequence		R	F	D	R	Y	N	A	V	I	D	Q	M	L	E	E	G	T	A	Y	K	.	.	.	.	.	C	Y	C	S	K	E	R	L	E	A	L	R	E	E	Q	M	A	K	G	E	K	P	R	Y	D	G	R	C	R	H	S	H	E	H	H	A	D	D	E	P	C	V	V	R	F	A	N	P	Q	E	G	S	V	V	F
Query Conservation																						.	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		H	I	P	I	M	I	E	V	V	K	I	L	E	E	K	K	I	T	Y	F	S	N	G	N	V	Y	F	D	T	S	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	K	S	Y	G	E	M	A	G	I	K	F	K	R	N	K	T	D	F	V	L	W	F	T	N	S	K	F	K	D	Q	E	M	K
Template Known Secondary structure																T	T						T	T						G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T	T	T	G	G	G					S	S	S	T	T									S				T	T
Template Predicted Secondary structure																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		126	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.																.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190
		153	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	D	Q	I	R	G	P	I	E	F	S	N	Q	E	L	D	D	L	I	I	R	R	T	D	G	S	P	T	Y	N	F	C	V	V	V	D	D	W	D	M	E	I	T	H	V	I	R	G	E	D	H	I	N	N	T	P	R	Q	I	N	I	L	K	A	L	K	A	P	V	P	V	Y	A	H	V	S	M	I	N	G
Query Conservation
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.											.	.
Template Conservation															.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.											.	.
Template Sequence		W	D	S	P	W	G	F	G	Y	P	S	W	H	.	.	.	.	.	.	.	L	E	C	A	A	M	N	L	E	Y	F	K	D	A	L	D	I	H	L	G	G	V	D	H	I	G	V	.	.	.	H	H	I	N	E	I	A	I	A	E	.	.	C	F	L	N	K	K	W	C	D	V	F	V	H	G	E	F	L	I
Template Known Secondary structure		B			T	T		S							.	.	.	.	.	.	.												T	T									G	G	G	T	T	T	.	.	.											.	.				T	S				S
Template Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.											.	.
Template SS confidence
		206	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.								.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.				.	.	.	.	250	.	.	.	.	.			.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.
		233	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	D	G	K	K	L	S	K	R	H	G	A	V	S	V	M	Q	Y	R	D	D	G	Y	L	P	E	A	L	L	N	Y	L	V	R	L	G	W	S	H	G	D	Q	E	I	F	T	R	E	E	M	I	K	Y	F	T	L	N	A	V	S	K	S	A	S	A	F	N	T	D	K	L	L	W	L	N	H	H	Y	I	N
Query Conservation
Alig confidence																.	.	.	.																	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																.	.	.	.																	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		M	D	Y	N	K	M	S	F	I	T	V	K	D	L	.	.	.	.	E	D	Q	N	F	S	P	L	D	F	R	Y	L	C	L	T	.	.	S	H	Y	R	N	Q	L	K	F	S	L	D	N	L	Q	A	S	K	I	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	E	N	L	I	N	K	L	S	Y	F	Y	E
Template Known Secondary structure		S	S	S	S	B										.	.	.	.			T	T												T	.	.	S		T	T	S																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																.	.	.	.																	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		274	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.					.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.			.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.												.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.
		313	.	.	.																.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	L	P	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	Y	V	A	T	H	L	Q	W	H	I	E	Q	E	N	I	D	T	R	N	G	P	Q	L	A	D	L	V	K	L	L	G	E	R	C	K	T	L	K	E	M	A	Q	S	C	R	Y	F	Y	E	D	F	A	E	F	D	A	D	A	A	K
Query Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	L	D	P	V	D	L	N	T	L	N	K	D	L	K	N	F	G	F	S	V	E	K	E	Y	Y	D	S	F	V	E	K	I	S	F	D	L	N	V	A	Q	G	L	A	L	L	W	E	I	I	K	S	D	N	L	S	F	V	S	K	L	R	L	A	F	I	F	D	E	I	M	S	L	N	L	R	E	E	I	L
Template Known Secondary structure		T								T	T	T	S		T	T	S		S	S																B	T																	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		342	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.
		378	.	380							.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.
Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.
Query SS confidence					.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	H	L	.	.	.	.	.	.	R	P	V	A	R	Q	P	L	E	V	V	R	D	K	L	A	A	I	T	D	W	T	A	E	N	V	H	H	A	I	Q	A	T	A	D	E	L	E	V	G	M	G	K
Query Conservation					.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.	.																						.	.	.
Template Conservation																																.	.	.
Template Sequence		K	N	L	Q	N	H	D	V	V	I	D	E	N	M	K	A	L	I	E	E	R	R	I	A	K	C	E	K	N	F	.	.	.	K	R	A	D	E	I	R	D	F	F	A	K	K	G	F	V	L	V	D
Template Known Secondary structure						T	S																					T	T			.	.	.													T	T
Template Predicted Secondary structure																																.	.	.
Template SS confidence
		422	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.				.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470