Job Description P04805 Confidence 99.75% Date Thu Jan 5 10:58:21 GMT 2012 Rank 38 Aligned Residues 234 % Identity 22% Template c2zufA_ PDB info PDB header:ligase/rna Chain: A: PDB Molecule:arginyl-trna synthetase; PDBTitle: crystal structure of pyrococcus horikoshii arginyl-trna2 synthetase complexed with trna(arg) Resolution 2.30 Å

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		2	.	.	.	.	.	.		.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.						.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.
Predicted Secondary structure									.																								.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence									.																								.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	I	K	T	R	F	A	.	P	S	P	T	G	Y	L	H	V	G	G	A	R	T	A	L	Y	S	W	L	F	A	R	.	.	.	.	.	N	H	G	G	E	F	V	L	R	I	E	D	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation									.																								.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.																								.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	V	I	V	E	H	T	S	V	N	P	T	K	P	L	H	M	G	H	A	R	N	A	I	L	G	D	V	M	A	R	I	L	R	F	L	G	Y	E	V	E	V	Q	N	Y	I	D	D	L	G	I	Q	F	A	Q	V	Y	W	G	Y	L	R	L	K	E	E	F	E	R	I	M	N	E	L	R	E	R	G	L	K
Template Known Secondary structure												T	T	S			B																				T	T											T	T	S																										T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																							45	.	.	.	.	50	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.		.	.	.	80	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	L	E	R	S	T	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	A	I	E	A	I	M	D	G	M	N	W	L	S	L	E	W	D	E	G	P	Y	Y	Q	T	.	K	R	F	D	R	Y
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.
Template Conservation
Template Sequence		D	N	P	I	D	H	A	L	G	L	L	Y	V	E	V	N	R	R	L	E	D	N	P	E	L	E	N	E	I	R	D	I	M	K	K	L	E	S	G	E	L	Y	G	R	K	L	A	E	E	V	V	R	A	Q	M	V	T	T	Y	K	L	G	V	K	Y	D	L	L	V	W	E	S	D	I	V	R	R	K	L	F
Template Known Secondary structure		S		T																				T	T															S	S	S																				T	T				S											T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	A	V	I	D	Q	M	L	E	E	G	T	A	Y	K	C	Y	C	S	K	E	R	L	E	A	L	R	E	E	Q	M	A	K	G	E	K	P	R	Y	D	G	R	C	R	H	S	H	E	H	H	A	D	D	E	P	C	V	V	R	F	A	N	P	Q	E	G	S	V	V	F	D	D	Q	I	R	G	P	I	E	F
Query Conservation
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	I	A	L	E	L	L	S	K	N	E	N	F	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	P	S	D	G	K	Y	R	G	.	.	.	A	F	V	M	D	L	R	K	L	F	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure										T	S	T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S	S	S	T	T	T	T	.	.	.							T	T	T		S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	300	.	.				.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.
		163	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.			.	200	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.
Query SS confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.
Query Sequence		S	N	Q	E	L	D	D	L	I	I	R	R	T	D	G	S	P	T	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	F	C	V	V	V	D	D	W	D	M	E	I	T	H	V	I	.	.	R	G	E	D	H	I	N	N	T	P
Query Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.
Alig confidence		.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.
Template Conservation		.
Template Sequence		.	D	M	K	N	P	I	L	V	L	R	R	S	D	G	T	A	T	Y	T	G	K	D	I	A	Y	H	L	W	K	F	G	K	I	D	V	D	L	L	Y	K	E	W	D	S	T	T	W	T	T	A	P	D	G	K	S	M	P	N	K	F	G	N	A	N	I	V	I	N	V	I	G	A	E	Q	K	H	P	Q	L
Template Known Secondary structure		.	S	S	S									T	T	S		B														T	T		S									S	S	S	S												T	T	S	S				S								G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.
Template SS confidence
			314	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.
		209	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.			.	.	.	.	.	.	230		.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.			.	.	.	250	.	.	.	.																												.	.
Predicted Secondary structure																	.	.								.																	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																	.	.								.																	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	Q	I	N	I	L	K	A	L	K	A	P	V	P	V	.	.	Y	A	H	V	S	M	I	.	N	G	D	D	G	K	K	L	S	K	R	H	G	A	V	S	.	.	V	M	Q	Y	R	D	D	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	L
Query Conservation																	.	.								.																	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																	.	.								.																	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	I	K	Y	A	L	Q	L	L	G	F	E	D	A	A	A	N	L	Y	H	L	A	Y	E	H	V	E	R	P	E	G	K	F	S	G	R	K	G	T	W	V	G	F	T	V	D	E	V	I	Q	E	A	V	K	R	A	R	E	L	I	E	E	K	N	P	A	L	S	D	E	E	K	A	E	V	A	E	K	V	G
Template Known Secondary structure										T	T							T											B	T	T	B				T	T	T	T	T	T	T	T		B																					T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		393	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.
		257	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	E	A	L	L	N	Y	L	V	R	L	G	W	S	H	G	D	Q	E	I	F	T	R	E	E	M	I	K
Query Conservation
Alig confidence										.	.
Template Conservation										.	.
Template Sequence		I	G	A	I	R	Y	N	L	.	.	I	K	Y	S	P	D	K	K	I	I	F	R	W	E	D	V	L	N
Template Known Secondary structure										.	.		S	S		T	T	S						T
Template Predicted Secondary structure										.	.
Template SS confidence
		473	.	.	.	.	.	.	480			.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Please cite: Protein structure prediction on the web: a case study using the Phyre server
Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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