Job Description P04805 Confidence 98.13% Date Thu Jan 5 10:58:21 GMT 2012 Rank 58 Aligned Residues 309 % Identity 16% Template c2yy5C_ PDB info PDB header:ligase Chain: C: PDB Molecule:tryptophanyl-trna synthetase; PDBTitle: crystal structure of tryptophanyl-trna synthetase from mycoplasma2 pneumoniae Resolution 2.55 Å

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		1	.		.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.					.	.	.	.			.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70		.	.
Predicted Secondary structure				.																																										.	.	.	.					.	.																								.
Query SS confidence				.																																										.	.	.	.					.	.																								.
Query Sequence		M	K	.	I	K	T	R	F	A	P	S	P	T	G	Y	L	H	V	G	G	A	R	T	A	L	Y	S	W	L	F	A	R	N	H	G	G	E	F	V	L	R	I	E	D	.	.	.	.	T	D	L	E	.	.	R	S	T	P	E	A	I	E	A	I	M	D	G	M	N	W	L	S	L	E	W	D	E	.	G	P
Query Conservation				.																																										.	.	.	.					.	.																								.
Alig confidence				.									.	.																					.											.	.	.	.					.	.																								.
Template Conservation													.	.																					.
Template Sequence		M	K	R	A	L	T	G	I	Q	A	S	.	.	G	K	Q	H	L	G	N	Y	L	G	V	M	Q	S	L	I	E	L	Q	E	.	Q	C	Q	L	F	V	F	V	A	D	L	H	S	I	T	V	D	F	Q	P	Q	A	L	K	Q	N	N	F	D	L	V	R	T	L	L	A	V	G	L	D	P	Q	K	A	C	L
Template Known Secondary structure													.	.	T	T		B							T	T	T	T							.		S												T	T	S																					T	T			T	T	T
Template Predicted Secondary structure													.	.																					.
Template SS confidence
		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.			.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.		.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.
		73	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	Y	Q	T	K	R	F	D	R	Y	N	A	V	I	D	Q	M	L	E	E	G	T	A	Y	K	C	Y	C	S	K	E	R	L	E	A	L	R	E	E	Q	M	A	K	G	E	K	P	R	Y	D	G	R	C	R	H	S	H	E	H	H	A	D	D	E	P	C	V	V	R	F	A	N	P	Q	E	G	S	V	V	F
Query Conservation
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	L	Q	S	D	L	L	E	H	S	M	M	G	Y	L	.	.	.	.	.	.	.	.	M	M	V	Q	S	N	L	G	E	L	Q	R	M	T	Q	F	K	A	K	K	A	L	N	I	P	T	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				G	G	G		T									.	.	.	.	.	.	.	.				T	S													G	G	G						T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		79	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.									.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120
		153	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																														.	.	.	.
Query SS confidence																																																																														.	.	.	.
Query Sequence		D	D	Q	I	R	G	P	I	E	F	S	N	Q	E	L	D	D	L	I	I	R	R	T	D	G	S	P	T	Y	N	F	C	V	V	V	D	D	W	D	M	E	I	T	H	V	I	R	G	E	D	H	I	N	N	T	P	R	Q	I	N	I	L	K	A	L	K	A	P	V	P	V	Y	A	H	V	S	.	.	.	.
Query Conservation																																																																														.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	L	T	Y	P	A	L	M	A	G	D	I	L	L	Y	Q	P	D	I	V	P	V	G	N	D	Q	K	Q	H	L	E	L	T	R	D	L	A	Q	R	I	Q	K	K	F	K	L	K	L	R	L	P	Q	F	V	Q
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														T	T			S						G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																											130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.
								229	230	.	.	.	.	.	.		.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.									.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.									.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	M	I	N	G	D	D	G	K	.	K	L	S	K	R	H	G	A	V	S	V	M	Q	Y	R	D	D	G	Y	L	P	E	A	L	L	N	Y	L	V	R	L	G	W	S	H	G	D	Q	E	I	F	T	R	E	E	M	I	K	Y	F	T	L	N	A	V	S	K	S	A	S	A	F	N	T	D
Query Conservation		.	.	.	.	.	.									.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.									.																		.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																		.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	K	D	T	N	R	I	M	D	L	F	D	P	T	K	K	M	S	K	S	S	K	N	Q	N	G	V	I	Y	L	D	D	.	.	P	K	E	V	V	V	K	K	I	R	Q	A	T	T	D	S	F	N	K	I	R	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			T	T	T	T	T		B		S	S		T	T	S	B			T	T		S		G	G	G			B	T	T		.	.																S	S				S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																		.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		185	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.			.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.
		302	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	L	L	W	L	N	H	H	Y	I	N	A	L	P	P	E	Y	V	A	T	H	L	Q	W	H	I	E	Q	E	N	I	D	T	R	N	G	P	Q	L	A	D	L	V	K	L	L	G	E	R	C	K	T	L	K	E	M	A	Q	S	C	R	Y	F	Y	E	D	F	A	E	F	D	A	D	A	A	K	K	H	L	R
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	S	K	T	Q	P	G	V	T	N	M	L	T	I	L	K	A	L	L	K	E	P	V	N	Q	S	L	T	N	Q	L	G	N	D	L	E	A	Y	F	S	T	K	S	Y	L	D	L	K	N	A	L	T
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T	T															T	T	S	G	G	G									S						T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																														239	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290
		382	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	V	A	R	Q	P	L	E	V	V	R	D	K	L	A	A	I	T	D	W	T	A	E	N	V	H	H	A	I	Q	A	T	A	D	E	L	E	V	G	M	G	K	V	G	M	P	L	R	V	A	V
Query Conservation
Alig confidence																			.	.	.
Template Conservation																			.	.	.
Template Sequence		E	A	T	V	N	L	L	V	N	I	Q	R	K	R	E	Q	I	.	.	.	S	R	E	Q	V	F	N	C	L	Q	A	G	K	N	Q	A	Q	A	T	A	R	T	T	L	A	L	F	Y	D	G	F
Template Known Secondary structure																	T	S	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.
Template SS confidence
		291	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.				.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.