Job Description P04805 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:58:21 GMT 2012 Rank 15 Aligned Residues 370 % Identity 15% Template c1u0bB_ PDB info PDB header:ligase/rna Chain: B: PDB Molecule:cysteinyl trna; PDBTitle: crystal structure of cysteinyl-trna synthetase binary2 complex with trnacys Resolution 2.30 Å

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		7	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.						.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.														.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																												.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	A	P	S	P	T	G	Y	L	H	V	G	G	A	R	T	A	L	Y	S	W	L	F	A	R	N	.	.	.	.	.	H	G	G	E	F	V	L	R	I	E	D	T	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	E	R	S	T	P	E	A	I	E	A	I	M	D	G	M	N	W	L	S	L	E	W
Query Conservation																												.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																												.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		C	G	I	T	V	Y	D	L	C	H	I	G	H	G	R	T	F	V	A	F	D	V	V	A	R	Y	L	R	F	L	G	Y	K	L	K	Y	V	R	N	I	T	D	I	D	D	K	I	I	K	R	A	N	E	N	G	E	S	F	V	A	M	V	D	R	M	I	A	E	M	H	K	D	F	D	A	L	N	I	L	R
Template Known Secondary structure					B	S	S	S			B																				T	T									B	B			S											T	S																				T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		28	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.
		69	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	E	G	P	Y	Y	Q	T	K	R	F	D	R	Y	N	A	V	I	D	Q	M	L	E	E	G	T	A	Y	K	C	Y	C	S	K	E	R	L	E	A	L	R	E	E	Q	M	A	K	G	E	K	P	R	Y	D	G	R	C	R	H	S	H	E	H	H	A	D	D	E	P	C	V	V	R	F	A	N	P	Q	E	G
Query Conservation
Alig confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	D	M	E	P	R	A	T	H	H	I	A	E	I	I	E	L	T	E	Q	L	I	A	K	G	H	A	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	A	D	N	G	D	V	M	F	D	V	P	T	D	P	T	Y	G	V	L	S	R	Q	D	L	D	Q	L	Q	A	G	A	R	V	D	V	V	D	D	K
Template Known Secondary structure			S	B			B	T	T	T															T	T	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	T	S						G	G	G		T	T	T	T	T	T	T	T									T					S			S
Template Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		108	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.													.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.
		149	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.														.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.											.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	V	V	F	D	D	Q	I	R	G	P	I	E	F	S	N	Q	E	L	D	D	L	I	I	R	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	D	G	S	P	T	Y	N	F	C	V	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	D	D	W	D	M	E	I	T	H	V	I	R	G	E	D	H	I	N
Query Conservation																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																											.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	N	P	M	D	F	V	L	W	K	M	S	K	E	G	E	P	S	W	P	S	P	W	G	A	G	R	P	G	W	H	I	E	C	S	A	M	N	C	K	Q	L	G	N	H	F	D	I	H	G	G	G	S	D	L	M	F	P	.	.	.	H	H	E
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	T	T										S	S	S			B			T	T		S					T	T													S	S								G	G	G	T	T	T	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																											.	.	.
Template SS confidence
																		176	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.				.	.	.
		206	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	T	P	R	Q	I	N	I	L	K	A	L	K	A	P	V	P	V	Y	A	H	V	S	M	I	N	G	D	D	G	K	K	L	S	K	R	H	G	A	V	S	V	M	Q	Y	R	D	D	G	Y	L	P	E	A	L	L	N	Y	L	V	R	L	G	W	S	H	G	D	Q	E	I	F	T	R	E	E	M	I	K	Y
Query Conservation
Alig confidence									.	.																																																			.	.
Template Conservation									.	.																																																			.	.
Template Sequence		N	E	I	A	Q	S	T	.	.	C	A	H	D	G	Q	Y	V	N	Y	W	M	H	S	G	M	V	M	V	D	R	E	K	M	S	K	S	L	G	N	F	F	T	V	R	D	V	L	K	Y	Y	D	A	E	T	V	R	Y	F	L	.	.	M	S	G	H	Y	R	S	Q	L	N	Y	S	E	E	N	L	K	Q	A
Template Known Secondary structure									.	.			S	S	S															T	T					T	T	T	T				B					T	T	T	S										.	.	T	S	S		T	T	S
Template Predicted Secondary structure									.	.																																																			.	.
Template SS confidence
		237	.	.	240	.	.	.			.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.			.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.
		286	.						.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360
Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.
Query SS confidence				.	.	.	.	.
Query Sequence		F	T	.	.	.	.	.	L	N	A	V	S	K	S	A	S	A	F	N	T	D	K	L	L	W	L	N	H	H	Y	I	N	A	L	P	P	E	Y	V	A	T	H	L	Q	W	H	I	E	Q	E	N	I	D	T	R	N	G	P	Q	L	A	D	L	V	K	L	L	G	E	R	C	K	T	L	K	E	M	A	Q	S
Query Conservation				.	.	.	.	.
Alig confidence				.	.	.	.	.																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	A	A	L	E	R	L	Y	T	A	L	R	G	T	D	K	T	V	A	P	A	G	G	E	A	F	E	A	R	F	I	E	A	M	D	D	D	F	N	T	P	E	A	Y	S	V	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	D	M	A	R	E	V	N	R	L	K	A	E	D	M	A	A	A	N	A	M	A	S	H
Template Known Secondary structure													T	T			T	T	S				S														B	T											.	.	.	.	.	.	.	.	.												T	T
Template Predicted Secondary structure																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		313	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.										360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.
		361	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.									.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.
Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		C	R	Y	F	Y	E	D	F	A	E	F	D	A	D	A	A	K	K	.	.	.	.	.	.	.	.	H	L	R	P	V	A	R	Q	P	L	E	V	V	R	D	K	L	A	A	I	T	D	W	T	A	E	N	V	H	H	A	I	Q	A	T	A	D	E	L	E	V	G	M	G	K
Query Conservation																				.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.
Template Conservation																																																			.	.	.
Template Sequence		L	R	K	L	S	A	V	L	G	L	L	E	Q	E	P	E	A	F	L	Q	S	G	A	Q	A	D	D	S	E	V	A	E	I	E	A	L	I	Q	Q	R	L	D	A	R	K	A	K	D	W	.	.	.	A	A	A	D	A	A	R	D	R	L	N	E	M	G	I	V	L	E	D
Template Known Secondary structure								T	T	T		S		S							T			S	S	S			T	T					T	T											T	T			.	.	.													T	T
Template Predicted Secondary structure																																																			.	.	.
Template SS confidence
		384	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.				.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.