Job Description P04805 Confidence 99.62% Date Thu Jan 5 10:58:21 GMT 2012 Rank 42 Aligned Residues 275 % Identity 20% Template c1qu2A_ PDB info PDB header:ligase/rna Chain: A: PDB Molecule:isoleucyl-trna synthetase; PDBTitle: insights into editing from an ile-trna synthetase structure2 with trna(ile) and mupirocin Resolution 2.20 Å

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		8	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.						.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.														.	.	.	.	.	.													50	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																										.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	P	S	P	T	G	Y	L	H	V	G	G	A	R	T	A	L	Y	S	W	L	F	A	R	.	.	.	.	.	N	H	G	G	E	F	V	L	R	I	E	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	D	L	E	R	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	P	E	A	I	E	A	I
Query Conservation																										.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																										.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	P	Y	A	N	G	N	L	H	M	G	H	A	L	N	K	I	L	K	D	F	I	V	R	Y	K	T	M	Q	G	F	Y	A	P	Y	V	P	G	W	D	T	H	G	L	P	I	E	Q	A	L	T	K	K	G	V	D	R	K	K	M	S	T	A	E	F	R	E	K	C	K	E	F	A	L	E	Q	I	E	L	Q
Template Known Secondary structure				B	S	S	S																						T	T	T		B								B			S											T			S	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		56	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.
		58	.	60	.	.	.	.	.	.			.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.		.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.	.																	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence											.	.																	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	D	G	M	N	W	L	S	L	.	.	E	W	D	E	G	P	Y	Y	Q	T	K	R	F	D	R	Y	.	N	A	V	I	D	Q	M	L	E	E	G	T	A	Y	K	C	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation											.	.																	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.																	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	K	D	F	R	R	L	G	V	R	G	D	F	N	D	P	Y	I	T	L	K	P	E	Y	E	A	A	Q	I	R	I	F	G	E	M	A	D	K	G	L	I	Y	K	G	K	K	P	V	Y	W	S	P	S	S	E	S	S	L	A	E	A	E	I	E	Y	H	D	K	R	S	A	S	I	Y	V	A	F	N	V	K
Template Known Secondary structure							T	T	T			S		T	T	S				T	T	S																	T	T													T	T	T	T					G	G	G															B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		136	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	D	K	G	V	V	D	A	D	A	K	F	I	I	W	T	T	T	P	W	T	I	P	S	N	V	A	I	T	V	H	P	E	L	K	Y	G	Q	Y	N	V	N	G	E	K	Y	I	I	A	E	A	L	S	D	A	V	A	E	A	L	D	W	D	K	A	S	I	K	L	E	K	E	Y	T	G	K	E	L	E	W
Template Known Secondary structure		S	S	T	T	G	G	G	T	T			B					S		G	G	G	S	S			B						T	T								T	T	T	T														T	T	T	T			S	S										T	T	T		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		216	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.
																																				100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.																					.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	S	K	E	R	L	E	A	L	R	E	E	Q	M	A	K	G	E	K	P	R	Y	D	G	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	V	A	Q	H	P	F	L	D	R	E	S	L	V	I	N	G	D	H	V	T	T	D	A	G	T	G	C	V	H	T	A	P	G	H	G	E	D	D	Y	I	V	G	Q	Q	Y	E	L	P	V	I	S	P	I	D	D	K	G	V	F	T	E	E	G	G	Q	F	E	G	M	F	Y	D	K	A	N	K	A	V	T
Template Known Secondary structure					B			T	T			S	B							S	S			S	S	S		S				B		T	T	S		S					T	T	T	S	S	S									S	S	S				T	T		S	S		S	S	S		S	S					T	T	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		296	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.
		126	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.					.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	170	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	H	S	H	E	H	H	A	D	D	E	P	C	V	V	R	F	A	N	P	.	.	.	.	Q	E	G	S	V	V	F	D	D	Q	I	R	G	P	I	E	F	S	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	E	L	D	D	L	I	I	R	R
Query Conservation																						.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	L	L	T	E	K	G	A	L	L	K	L	D	F	I	T	H	S	Y	P	H	D	W	R	T	K	K	P	V	I	F	R	A	T	P	Q	W	F	A	S	I	S	K	V	R	Q	D	I	L	D	A	I	E	N	T	N	F	K	V	N	W	G	K	T	R	I	Y	N	M	V	R	D	R	G	E	W	V	I	S	R
Template Known Secondary structure		G	G	S	S																			T	T	T			B																										T	S			S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		376	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.
		175	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	D	G	S	P	T	Y	N	F	C	V	V	V	D	D	W	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	R	V	W	G	V	P	L	P	V	F	Y	A	E	N	G	E	I	I	M	T	K	E	T	V	N	H	V	A	D	L	F	A	E	H	G	S	N	I	W	F	E	R	E	A	K	D	L	L	P	E	G	F	T	H	P	G	S	P	N	G	T	F	T	K	E	T	D	I	M	D	V	W	F	D	S	G	S	S	H
Template Known Secondary structure		S		S	S	S		B							T	T	S																					T						S						S	S	T	T				S	S		T	T	S																	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		456	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.
													192	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.			.	.	.	.	.	220	.		.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.								.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.								.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	E	I	T	H	V	I	R	G	E	D	H	I	N	N	T	P	R	Q	I	N	I	L	.	.	K	A	L	K	A	P	V	.	P	V	Y	A	H	V	S	M	I	N	G	D	D	G	K	K	L	S	K	R	H	G	A	V	S	V	M	Q	Y	R	D	D	G	Y	L	P
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.								.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.								.
Template Conservation
Template Sequence		R	G	V	L	E	T	R	P	E	L	S	F	P	A	D	M	Y	L	E	G	S	D	Q	Y	R	G	W	F	N	S	S	I	T	T	S	V	A	T	R	G	V	S	P	Y	K	F	L	L	S	H	G	F	V	M	D	G	E	G	K	K	M	S	K	S	L	G	N	V	I	V	P	D	Q	V	V	K	Q	K	G	A
Template Known Secondary structure				T	T	T	T	S	T	T			S	S	B	S						G	G	G	G	T	T														S	S		S	B	S											T	T	S					S	S	S	S												T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		536	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.
		258	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	A	L	L	N	Y	L	V	R	L	G	W	S	H	G	D	Q	E	I	F	T	R	E	E	M	I	K
Query Conservation
Alig confidence											.	.
Template Conservation											.	.
Template Sequence		D	I	A	R	L	W	V	S	S	.	.	T	D	Y	L	A	D	V	R	I	S	D	E	I	L	K	Q
Template Known Secondary structure										T	.	.	S		T	T	S
Template Predicted Secondary structure											.	.
Template SS confidence
		616	.	.	.	620	.	.	.	.			.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640