Job Description P32136 Confidence 99.86% Date Thu Jan 5 11:49:21 GMT 2012 Rank 5 Aligned Residues 387 % Identity 12% Template c2xutC_ PDB info PDB header:transport protein Chain: C: PDB Molecule:proton/peptide symporter family protein; PDBTitle: crystal structure of a proton dependent oligopeptide (pot)2 family transporter. Resolution 3.62 Å

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		21	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.							.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																											.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	G	D	V	G	S	N	L	M	L	C	I	G	T	L	Y	L	L	K	F	Y	T	D	E	L	.	.	.	.	.	.	G	M	P	A	Y	Y	G	G	I	I	F	L	V	A	K	F	F	T	A	F	T	D	M	L	T	G	F	L	L	D	S	R	K	N	I	G	P	K	G	K	F	R	P	F	I	L	Y	A	A
Query Conservation																											.	.	.	.	.	.
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																		.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	S	E	A	C	E	R	F	S	F	Y	G	M	R	N	I	L	T	P	F	L	M	T	A	L	L	L	S	I	P	E	E	L	R	G	A	V	A	K	D	V	F	H	S	F	V	I	G	V	Y	F	F	P	L	L	G	G	W	I	A	D	R	F	F	.	.	.	.	.	.	G	K	Y	N	T	I	L	W	L	S
Template Known Secondary structure																									S		S	S			S	S	S	T	T	T	T	T															T									T	T	S	S	.	.	.	.	.	.		S
Template Predicted Secondary structure																																																																		.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		19	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.							.	.	.	.	.	.	.	90	.	.
		95	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.			.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.
Predicted Secondary structure																																																							.	.
Query SS confidence																																																							.	.
Query Sequence		V	P	A	A	L	I	A	T	L	Q	F	I	A	T	T	F	C	L	P	V	K	T	T	I	A	T	A	L	F	M	M	F	G	L	S	Y	S	L	M	N	C	S	Y	G	A	M	I	P	A	I	T	K	N	.	.	P	N	E	R	A	Q	L	A	A	Y	R	Q	G	G	A	T	I	G	L	L	I	C	T	V	A
Query Conservation																																																							.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.																																	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.
Template Sequence		L	I	Y	C	V	G	H	A	F	L	A	I	F	E	H	S	.	.	.	.	.	V	Q	G	F	Y	T	G	L	F	L	I	A	L	G	S	G	G	I	K	P	L	V	S	S	F	M	G	D	Q	F	D	Q	S	N	K	S	L	A	Q	K	A	F	D	M	F	Y	F	T	I	N	F	G	S	F	F	A	S	L	S
Template Known Secondary structure														T	S	S		.	.	.	.	.																	T	T											T		S	T	T	T	T	T																							T
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.
Template SS confidence
		93	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.						.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.
		173	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	I	P	L	Q	S	L	F	S	D	S	T	V	G	Y	A	C	A	A	L	M	F	S	I	G	G	F	I	F	M	M	L	C	Y	R	G	V	K	E	H	Y	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		M	P	L	L	L	K	N	F	G	A	A	V	A	F	G	I	P	G	V	L	M	F	V	A	T	V	F	F	W	L	G	R	K	R	Y	I	H	M	P	V	E	G	K	G	N	I	G	L	V	L	A	L	I	G	G	V	S	A	A	Y	A	L	V	N	I	P	T	L	G	I	V	A	G	L	C	C	A	M	V	L
Template Known Secondary structure		S	T					T	S																						S	S	S	S	S							T	T																			T	G	G	G	T	T	T	T		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		168	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.
									215	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	D	T	T	P	T	G	H	K	A	S	I	L	K	S	F	C	A	I	F	R	N	P	P	L	L	V	L	C	I	A	N	L	C	T	L	A	A	F	N	I	K	L	A	I	Q	V	Y	Y	T	Q	Y	V	L	N	D	I	N	L	L	S	W	M	G	F	F	S	M	G	C	I	L	I	G
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	M	G	F	V	G	A	G	A	S	L	Q	L	E	R	A	R	K	S	H	P	D	A	A	V	D	G	V	R	S	V	L	R	I	L	V	L	F	A	L	V	T	P	F	W	S	L	F	D	Q	K	A	S	T	W	I	L	Q	A	N	D	M	V	K	P	Q	W	F	E	P	A	M	M	Q	A	L	N	P	L	L
Template Known Secondary structure								T	G	G	G	T					S			S			S	S	S	S	T	T	T	T	T									T	T	S					T	T	T	S	S	T	T	T									S				S	S	S							T	T	S	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		268	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.
		288	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.									.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																				.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	L	L	V	P	L	T	V	K	C	F	G	K	K	Q	V	Y	L	A	G	M	V	L	W	A	V	G	D	I	L	N	Y	F	W	.	.	.	.	.	.	.	.	G	S	N	S	F	T	F	V	M	F	S	C	V	A	F	F	G	T	A	F	V	N	S	L	N	W	A	L	V	P	D	T	V	D	Y	G	E	W
Query Conservation																																				.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																				.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.
Template Conservation																																																																														.	.	.	.
Template Sequence		V	M	L	L	I	P	F	N	N	F	V	T	A	L	R	K	M	G	A	G	I	A	I	T	G	L	S	W	I	V	V	G	T	I	Q	L	M	M	D	G	G	S	A	L	S	I	F	W	Q	I	L	P	Y	A	L	L	T	F	G	E	V	L	V	S	A	T	G	L	E	F	A	Y	S	Q	A	P	.	.	.	.
Template Known Secondary structure						G	G	G	T	T	T									T											T	T	T	T	T	T	T	T	T	T	T	T					S																						T	T	T							.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																														.	.	.	.
Template SS confidence
		348	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.
		360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	T	G	I	R	A	E	G	S	V	Y	T	G	Y	T	F	F	R	K	I	S	A	A	L	A	G	F	L	P	G	I	M	L	T	Q	I	G	Y	V	P	N	I	A	Q	S	D	A	T	L	Q	G	L	R	Q	L	I	F	I	W	P	C	A	L	A	I	I
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.
Template Conservation		.	.	.
Template Sequence		.	.	.	K	A	M	K	G	T	I	M	S	F	W	T	L	S	V	T	V	G	N	L	W	V	L	L	A	N	V	S	V	K	S	P	T	V	T	E	Q	I	V	Q	T	G	M	S	V	T	A	F	Q	M	F	F	F	A	G	F	A	I	L	A	A	I	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	T	T			T	T	T					G	G	G															T	T	S												S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.
Template SS confidence
					436	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.