Job Description P07762 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:00:31 GMT 2012 Rank 67 Aligned Residues 346 % Identity 16% Template d1pama4 SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases Amylase, catalytic domain Resolution 1.80

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		231	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.			.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.
Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.
Query SS confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.
Query Sequence		E	E	R	K	K	A	N	Q	F	D	A	P	I	S	I	Y	E	V	H	L	G	S	W	R	R	H	T	D	N	N	F	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	S	Y	R	E	L	A	D	Q	L	V	P	.	.	Y	A	K	W	M	G	F	T	H	L	E	L	L	P	I	N	E
Query Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.
Alig confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.		.	.
Template Conservation																																																													.
Template Sequence		D	T	S	V	S	N	K	Q	N	F	S	T	D	V	I	Y	Q	I	F	T	D	R	F	S	D	G	N	P	A	N	N	P	T	G	A	A	F	D	G	S	C	T	N	L	R	L	Y	C	G	G	D	W	Q	G	I	I	N	K	I	.	N	D	G	Y	L	T	G	M	G	I	T	A	I	W	I	S	Q	P	V	E
Template Known Secondary structure		T	T	S	T	T			S			T	T								G	G	G	T			S		G	G	G				G	G	G	B		T	T			S	T	T	S	B													.		T	T	T	T	G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure																																																													.
Template SS confidence
		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.		.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.
		292	.											.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.
Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		H	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	D	G	S	W	G	Y	Q	P	T	G	L	Y	A	P	T	R	R	F	G	T	R	D	D	F	R	Y	F	I	D	A	A	H	A	A	G	L	N	V	I	L	D	W	V	P	G	H	F	P	T	D	D	F	A	L	A	E	F	D	G	T	N	L	Y	E	H	S	D
Query Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	I	Y	S	V	I	N	Y	S	G	V	N	N	T	A	Y	H	G	Y	W	A	R	D	F	K	K	T	N	P	A	Y	G	T	M	Q	D	F	K	N	L	I	D	T	A	H	A	H	N	I	K	V	I	I	D	F	A	P	N	H	T	S	P	A	S	S	D	D	P	S	F	A	E	N	G	R	L	Y	D	N	G
Template Known Secondary structure										T	T						T	T	S		S									T	T	T																T	T									T	T							S	S		T	T	S	T	T	T	T					T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		82	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.
		362	.	.	.	.	.																										.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	R	E	G	Y	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	D	W	N	T	L	I	Y	N	Y	G	R	R	E	V	S	N	F	L	V	G	N	A	L	Y	W	I	E	R	F	G	I	D	A	L	R	V	D	A	V	A	S	M	I	Y	R	D	Y	S
Query Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.																.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																												.																.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	L	L	G	G	Y	T	N	D	T	Q	N	L	F	H	H	Y	G	G	T	D	F	S	T	I	E	N	G	I	Y	K	N	L	Y	D	L	A	D	L	N	H	N	N	S	S	V	D	V	Y	L	K	D	A	I	K	M	W	L	.	D	L	G	V	D	G	I	R	V	D	A	V	K	H	M	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure							S	T	T		T	T			B			S		B				S	S							S	B	S	T	T				B		T	T	S																.		T	T							T	T	G	G	G	S	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																												.																.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		162	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.
		417	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470		.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																								.
Query SS confidence																																																								.
Query Sequence		R	K	E	G	E	W	I	P	N	E	F	G	G	R	E	N	L	E	A	I	E	F	L	R	N	T	N	R	I	L	G	E	Q	V	S	G	A	V	T	M	A	E	E	S	T	D	F	P	G	V	S	R	P	Q	.	D	M	G	G	L	G	F	W	Y	K	W	N	L	G	W	M	H	D	T	L	D	Y	M	K	L
Query Conservation																																																								.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.																						.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	F	G	W	Q	K	S	F	M	A	T	I	N	N	.	Y	K	P	V	F	T	F	G	E	W	F	L	G	V	N	E	I	S	P	E	Y	H	Q	F	A	N	E	S	G	M	S	L	L	D	F	R	F	A	Q	K	A	R	Q	V	F	R	D
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.		S												T	T													S	S	S			B													T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.
Template SS confidence
																				235	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.		.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.
		496	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.			.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.
Predicted Secondary structure																				.	.
Query SS confidence																				.	.
Query Sequence		D	P	V	Y	R	Q	Y	H	H	D	K	L	T	F	G	I	L	Y	.	.	N	Y	T	E	N	F	V	L	P	L	S	H	D	E	V	V	H	G	K	K	S	I	L	D	R	M	P	G	D	A	W	Q	K	F	A	N	L	R	A	Y	Y	G	W	M	W	A	F	P	G	K	K	L	L	F	M	G	N	E	F	A
Query Conservation																				.	.
Alig confidence																				.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	T	D	N	M	Y	G	L	K	A	M	L	E	G	S	E	V	D	Y	A	Q	V	N	D	Q	V	T	F	I	D	N	H	D	M	E	R	F	H	T	S	N	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	R	R	K	L	E	Q	A	L	A	F	T	L	T	S	R	G	V	P	A	I	Y	Y	G	S	E	Q	Y
Template Known Secondary structure			S	S																S	T	T	G	G	G					S			T	T	S			S			T	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															S	S	S						T	T	G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		296	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.											.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.
		574	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	G	R	E	W	N	H	D	A	S	L	D	W	H	L	L	E	G	G	D	N	W	H	H	G	V	Q	R	L	V	R	D	L	N	L	T	Y	R	H	H	K	A	M	H
Query Conservation
Alig confidence																.	.	.	.
Template Conservation																.	.	.	.
Template Sequence		M	S	G	G	N	D	P	D	N	R	A	R	L	P	.	.	.	.	S	F	S	T	T	T	T	A	Y	Q	V	I	Q	K	L	A	P	L	R	K	S	N	P	A	I	A
Template Known Secondary structure						S	T	T	G	G	G					.	.	.	.				S		S										T	T
Template Predicted Secondary structure																.	.	.	.
Template SS confidence
		366	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.					380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.