Job Description P75780 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:14:03 GMT 2012 Rank 13 Aligned Residues 537 % Identity 18% Template d2gufa1 SCOP info Transmembrane beta-barrels Porins Ligand-gated protein channel Resolution 1.95

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		53	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.		.	.	.	130	.
Predicted Secondary structure																																																																												.
Query SS confidence																																																																												.
Query Sequence		L	Y	A	P	Q	Q	S	A	D	P	K	F	S	R	P	V	A	D	T	T	R	T	M	T	V	I	S	E	Q	V	I	K	D	Q	G	A	T	N	L	T	D	A	L	K	N	V	P	G	V	G	A	F	F	A	G	E	N	G	N	S	T	T	G	D	A	I	Y	M	R	G	A	D	T	S	.	N	S	I	Y	I
Query Conservation																																																																												.
Alig confidence																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.											.
Template Conservation																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	P	D	T	L	V	V	T	A	N	R	F	E	Q	P	R	S	T	V	L	A	P	T	T	V	V	T	R	Q	D	I	D	R	W	Q	S	T	S	V	N	D	V	L	R	R	L	P	G	V	D	I	T	Q	L	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	I	F	I	R	G	T	N	A	S	H	V	L	V	L	I
Template Known Secondary structure			T	T				S	T	T	T	S	S				G	G	G			S														T		S	S	S					T	T	S	T	T								.	.	.	.	.	.	.	.	.					T	T			G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.										.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.
		132	.	.	.	.	.	.									.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence									.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	G	I	R	D	I	G	.	.	.	.	.	.	.	.	S	V	S	R	D	T	F	N	T	E	Q	V	E	V	I	K	G	P	S	G	T	D	Y	G	R	S	A	P	T	G	S	I	N	M	I	S	K	Q	P	R	N	D	S	G	I	D	A	S	A	S	I	G	S	A	W	F	R	R	G	T	L	D	V	N	Q
Query Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	G	V	R	L	N	L	A	G	V	S	G	S	A	D	L	S	Q	F	P	I	A	L	V	Q	R	V	E	Y	I	R	G	P	R	S	A	V	Y	G	S	D	A	I	G	G	V	V	N	I	I	T	T	R	D	E	P	G	T	E	I	S	A	G	W	G	S	N	S	Y	Q	N	Y	D	V	S	T	Q	Q	Q	L
Template Known Secondary structure		T	T							S	T	T	G	G	G	G	G	G	G	S		G	G	G		S							S								T	T		S	S																						T	T	T												S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	I	G	D	T	T	A	V	R	L	N	V	M	G	E	K	T	H	D	A	G	R	D	K	V	K	N	E	R	Y	G	V	A	P	S	V	A	F	G	L	G	T	A	N	R	L	Y	L	N	Y	L	H	V	T	Q	H	N	T	P	D	G	G	I	P	T	I	G	L	P	G	Y	S	A	P	S	A	G	T	A	A
Query Conservation
Alig confidence																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	D	K	T	R	V	T	L	L	G	D	Y	A	H	T	H	D	G	F	L	S	K	T	L	Y	G	A	L	E	H	N	F	T	D	A	W	S	G	F	V	R	G	Y	G	Y	D	N	R	T	N	Y	D	T	R	K	L	Y	S	Q	S	W	D	A	G	L	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S	T	T																													S	S	S	S																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		161	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.
		284	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	N	H	S	G	K	V	D	T	H	N	F	Y	G	T	D	S	D	Y	D	D	S	T	T	D	T	A	T	M	R	F	E	H	D	I	N	D	N	T	T	I	R	N	T	T	R	W	S	R	V	K	Q	D	Y	L	M	T	A	I	M	G	G	A	S	N	I	T	Q	P	T	S	D	V	N	S	W	T	W	S	R
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		364	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	A	N	T	K	D	V	S	N	K	I	L	T	N	Q	T	N	L	T	S	T	F	Y	T	G	S	I	G	H	D	V	S	T	G	V	E	F	T	R	E	T	Q	T	N	Y	G	V	N	P	V	T	L	P	A	V	N	I	Y	H	P	D	S	S	I	H	P	G	G	L	T	R	N	G	A	N	A	N	G	Q	T
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		Y	N	G	E	L	I	K	S	Q	L	I	T	S	Y	S	H	S	K	D	Y	N	Y	D	P	H	Y	G	R	Y	D	S	S	A	T	L	D	E	M	K	Q	Y	T	V	Q	W	A	N	N	V	I	V	G	H	G	S	I	G	A	G	V	D	W	Q	K	Q	T	T	T	P	G	T	G	Y	V	E	D	G	Y	D	Q
Template Known Secondary structure					S	S																			T	T	T		T	T	S	T	T																				S	S																	T	T			G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		256	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.
		444	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	T	F	A	I	Y	A	F	D	T	L	Q	I	T	R	D	F	E	L	N	G	G	I	R	L	D	N	Y	H	T	E	Y	D	S	A	T	A	C	G	G	S	G	R	G	A	I	T	C	P	T	G	V	A	K	G	S	P	V	T	T	V	D	T	A	K	S	G	N	L	M	N	W	K	A	G	A	L	Y	H	L
Query Conservation
Alig confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	N	T	G	I	Y	L	T	G	L	Q	Q	V	G	D	F	T	F	E	G	A	A	R	S	D	D	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	Q	F	G	R	H	G	T	W	Q	T	S	A	G	W	E	F
Template Known Secondary structure															T	T													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		336	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		524	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	E	N	G	N	V	Y	I	N	Y	A	V	S	Q	Q	P	P	G	G	N	N	F	A	L	A	Q	S	G	S	G	N	S	A	N	R	T	D	F	K	P	Q	K	A	N	T	S	E	I	G	T	K	W	Q	V	L	D	K	R	L	L	L	T	A	A	L	F	R	T	D	I	E	N	E	V	E	Q	N	D	D	G
Query Conservation
Alig confidence																												.	.	.	.	.	.	.																						.	.
Template Conservation																												.	.	.	.	.	.	.																						.	.
Template Sequence		I	E	G	Y	R	F	I	A	S	Y	G	T	S	Y	K	A	P	N	L	G	Q	L	Y	G	F	Y	.	.	.	.	.	.	.	G	N	P	N	L	D	P	E	K	S	K	Q	W	E	G	A	F	E	G	L	T	.	.	A	G	V	N	W	R	I	S	G	Y	R	N	D	V	S	D	L	I	D	Y	D	D	H	T
Template Known Secondary structure			T	T																					S	T	T	.	.	.	.	.	.	.			T	T																		.	.	T	T																				T	T	T
Template Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.	.																						.	.
Template SS confidence
		380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.								.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.			.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450
			604	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.
Predicted Secondary structure		.
Query SS confidence		.
Query Sequence		.	T	Y	S	Q	Y	G	K	K	R	V	E	G	Y	E	I	S	V	A	G	N	I	T	P	A	W	Q	V	I	G	G	Y	T	Q	Q	K	A	T	I	K	N	G	K	D	V	A	Q	D	G	S	S	S	L	P	Y	T	P	E	H	A	F	T	L	W	S	Q	Y	Q	A	T	D	D	I	S	V	G	A	G	A	R
Query Conservation		.
Alig confidence		.																						.																				.	.	.	.	.	.	.																					.
Template Conservation																								.																				.	.	.	.	.	.	.																					.
Template Sequence		L	K	Y	Y	N	E	G	K	A	R	I	K	G	V	E	A	T	A	N	F	D	T	.	G	P	L	T	H	T	V	S	Y	D	Y	V	D	A	R	N	A	I	T	.	.	.	.	.	.	.	D	T	P	L	L	R	R	A	K	Q	Q	V	K	Y	Q	L	D	W	Q	L	.	Y	D	F	D	W	G	I	T	Y	Q
Template Known Secondary structure		T																						.	T	T															T	T	T	.	.	.	.	.	.	.			B		T	T			S												.	T	T
Template Predicted Secondary structure																								.																				.	.	.	.	.	.	.																					.
Template SS confidence
		451	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.		.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.								.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.		.	.	.	.	.	.	.	.	520	.
		683	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.		700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760
Predicted Secondary structure																			.
Query SS confidence																			.
Query Sequence		Y	I	G	S	M	H	K	G	S	D	G	A	V	G	T	P	A	.	F	T	E	G	Y	W	V	A	D	A	K	L	G	Y	R	V	N	R	N	L	D	F	Q	L	N	V	Y	N	L	F	D	T	D	Y	V	A	S	I	N	K	S	G	Y	R	Y	H	P	G	E	P	R	T	F	L	L	T	A	N	M	H	F
Query Conservation																			.
Alig confidence																			.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	L	G	T	R	Y	D	K	D	Y	S	S	Y	P	Y	Q	T	V	K	M	G	G	V	S	L	W	D	L	A	V	A	Y	P	V	T	S	H	L	T	V	R	G	K	I	A	N	L	F	D	K	D	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	G	R	E	Y	T	L	S	G	S	Y	T	F
Template Known Secondary structure												S	S	S	S																				S	S	S	S									S	T	T					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		522	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.															.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.